解决 SimpleITK 无法调用Fiji的问题

本文介绍了解决使用SimpleITK显示图像时遇到的运行时错误的方法。通过设置环境变量SITK_SHOW_COMMAND并指定图像查看器路径,再更新系统路径变量,最终重启Jupyter Notebook来解决问题。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

问题描述:

执行:

sitk.Show(img, 'sample image', debugOn=True)

报错:

“Traceback (most recent call last):
File "", line 1, in 
sitk.Show(image)
File "C:\Python27\lib\site-packages\SimpleITK.py", line 4158, in Show
return _SimpleITK.Show(*args, **kwargs)
RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK Show: ............\Build\ITK\SimpleITK-0.7.1\Code\IO\src\sitkShow.cxx:463:

sitk::ERROR: Error in administrating child process: [参数错误。]”


解决方法:

第一步:在环境变量中新建变量,变量名为SITK_SHOW_COMMAND,变量值为D:\Program Files\Fiji.app(修改为自己的目录)

第二步:在path中添加%SITK_SHOW_COMMAND%

第三步:重启Jupyter notebook就生效

### 如何在Java中调用Fiji 为了在Java程序中集成并调用Fiji(ImageJ的一个增强版本),可以采用几种不同的方法来实现这一目标。一种常见的方式是通过命令行启动Fiji实例,并传递必要的参数给它;另一种更直接的方法是在Java应用程序内部加载Fiji库作为依赖项,从而允许以编程方式访问其功能。 #### 方法一:使用ProcessBuilder执行外部Fiji应用 如果希望保持现有项目的结构不变,则可以通过`java.lang.ProcessBuilder`类创建一个新的进程来运行独立安装的Fiji软件包。这使得能够指定输入文件路径和其他选项作为命令行参数传入。 ```java import java.io.IOException; public class CallFijiExternally { public static void main(String[] args) throws IOException, InterruptedException { ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder( "/path/to/fiji", "--headless", "-macro", "script.ijm"); // 启动子进程 Process p = pb.start(); int exitCode = p.waitFor(); System.out.println("Exit Code: " + exitCode); } } ``` 这种方法适用于不需要频繁交互的情况,因为每次都需要等待Fiji完成处理后再返回控制权给父级Java程序[^1]。 #### 方法二:嵌入式使用Maven或Gradle构建工具引入依赖 对于更加紧密耦合的需求来说,在开发环境中添加对Fiji的支持可能是更好的解决方案。借助于像Apache Maven这样的自动化构建管理器,可以在pom.xml配置文件里声明所需的依赖关系: ```xml <dependency> <groupId>sc.fiji</groupId> <artifactId>fiji</artifactId> <version>LATEST_VERSION_HERE</version> </dependency> ``` 之后便可以直接利用这些API编写自定义插件或是扩展原有特性了。需要注意的是,具体版本号应当替换为当前最新的稳定发布版标签[^2]。 一旦完成了上述设置工作,就可以按照官方文档指导开始探索更多高级特性和应用场景了。例如,下面这段简单的代码片段展示了怎样初始化一个基本的ImagePlus对象用于图像操作: ```java import ij.IJ; import ij.ImagePlus; public class BasicImageProcessingWithFiji { public static void main(final String... args){ IJ.runPlugIn("fiji.Main_", ""); // 初始化环境 ImagePlus imp = IJ.openImage("/path/to/image.tif"); imp.show(); } } ``` 以上两种方案各有优劣之处,开发者可以根据实际情况灵活选用最适合自己需求的那一款。
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