镜像制作过程（ssh方式）

这里制作的是wgs_demo镜像（公司内部），其他程序打包成镜像类似

通常使用的打包镜像的方法是采用DockerFile方式，这里采用ssh方式

1、首先下载Ubuntu（Debian系列）官方镜像（也可以是RedHat系列的）

命令 docker pull Ubuntu

docker run -tid --name ubuntu -p 23:22 ubuntu：将新建的docker命名为ubuntu并映射到23端口

netstat -apnl | grep 23 查看23端口是否开启

可以看到23端口是开着的。

docker exec -ti ubuntu /bin/bash 进入docker的Ubuntu （或者使用docker run -i -t ubuntu /bin/bash），然后通过passwd命令修改root的密码。

2、使用ssh登录docker容器

apt install -y vim 安装（更新）一下vim

如果出现上述情况，更新一下源 apt update

再执行 apt install - ­y vim

接着安装openssh-server：  apt install -y openssh-server

成功安装后，vim /etc/ssh/sshd_config，修改下面配置，使得可以直接使用root 登录，修改内容如下：

（1）添加PermitRootLogin yes

将上面的一句注释掉，加上PermitRootLogin yes这一句。

（2）添加UsePAM no

启动ssh服务，service ssh start

exit 退出docker，输入docker ps –a，查看docker的ID

重新打开一个终端，通过ssh root@10.18.101.92 -p 23 进入docker：

3、准备源码wgs_demo，并对需要的依赖库进行编译

（如果已经有编译过可以运行的库，可以忽略这步，建议重新编译，否则后面出错会有很多坑）

这里需要编译的库有bwa，samtools

附上 bwa源码地址：https://github.com/lh3/bwa

samtools源码地址：https://github.com/samtools/samtools

根据README.md步骤进行编译，编译后将bin目录下的bwa和samtools拷贝到wgs的bin目录下即可

4、将准备好运行的代码，编写好运行命令

这里是wgs_flow.sh，通过运行这个脚本来运行代码程序，测试程序是否能够正常运行

5、将编译好的运行环境打包成为一个容器，保存成为一个镜像文件

这里的docker id 通过 docker ps –a 查看自己的，这里的容器名我取为wgs_demo，版本号为v1

docker commit 76fcv98 wgs_demo:v1

docker save XXXX:XXXX > XXXX.img（将容器保存成为一个镜像文件）

后期需要使用该镜像时，只需要拷贝这个打包好的容器文件，加载即可

Docker load < XXXX.img

6、编写好docker run命令

这里通过挂载 容器中的地址到宿主机上的硬盘地址 来进行数据的读写操作，docker run 命令如下：

docker run -it -v /home/wzy/wgs_demo/output:/root/app/output -v /home/wzy/wgs_demo/data:/root/app/data wgs_demo:v1  /root/app/wgs_flow.sh

注意最后 执行命令不要写成如下(程序会运行异常):

docker run -it -v /home/wzy/wgs_demo/output:/root/app/output -v /home/wzy/wgs_demo/data:/root/app/data wgs_demo:v1   sh /root/app/wgs_flow.sh

 

 

如果没错的话，容器里的程序就会正常运行了！！！