R语言ggraph包绘制环状网络图

原创

已于 2022-07-07 11:45:06 修改 · 8.2k 阅读

38 ·

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签：

#生物信息学

于 2022-07-07 11:44:42 首次发布

博客介绍了 ggplot2 的扩展 ggraph，它用于绘制关系型数据结构，如网络、图和树等。ggraph 包含 layout、nodes、edges 3 个核心概念，分别用于定义图的布局、节点图形属性和边的图形属性，还给出了参考链接。

ggraph 是 ggplot2 的扩展，用于绘制关系型数据结构，如网络、图和树等。
ggraph 包含 3 个核心概念：
layout：定义图的布局，如蜂巢图、圆堆积图等
nodes：定义节点图形属性，使用 geom_node_*() 函数来控制
edges：定义边的图形属性，使用 geom_edge_*() 函数来控制

R 代码

# install.packages('ggraph')
# install.packages('tidygraph')

library(ggraph)
library(tidygraph)

# help(package=ggraph)
###1. 读入数据

m_data <- read.csv("/test/test.csv")
colnames(m_data) # [1] "from" "to" "Spearman_R" "P_value" "weight"

#节点数据
nodes <- data.frame(name = unique(union(m_data$from, m_data$to)))
nodes$survival_impact <- runif(23,0.0001,0.05)
nodes$cluster <- c(rep("cluster A",5),rep("cluster B",10),rep("cluster c",8))
nodes$role_type <- c(rep("Risk factors for OS",10),
                     rep("Favorable factors for OS",13))
#边数据
edges &l