hdu 1080 Human Gene Functions (DP + 最长公共子序列)

最新推荐文章于 2020-05-28 14:18:17 发布

_Yyg

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本文介绍了一种DNA序列比对算法的实现过程，通过动态规划方法计算两个DNA序列之间的最优匹配得分，并输出最佳匹配结果。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

#include<stdio.h>
#include<string.h>
#include<algorithm>
using namespace std;

const int maxn = 105;
const int inf = 0x3f3f3f3f;

char s1[maxn] , s2[maxn];
int dp[maxn][maxn] ,l1 , l2;
int map[6][6] = {{inf , inf ,inf ,inf ,inf , inf},
                 {inf , 5 , -1 , -2 , -1 , -3 },
                 {inf , -1 , 5 , -3 , -2 , -4 },
                 {inf , -2 , -3 , 5 , -2 , -2 },
                 {inf , -1 , -2 , -2 , 5 , -1 },
                 {inf , -3 , -4 , -2 , -1 , inf}};

int ff(char t){
    if(t == 'A') return 1;
    if(t == 'C') return 2;
    if(t == 'G') return 3;
    if(t == 'T') return 4;
    if(t == ' ') return 5;
    return inf;
}

void f(){
    dp[0][0] = dp[0][1] = dp[1][0] = 0;
    for(int i = 1;i <= l1;i ++)
            dp[i][0] = dp[i - 1][0] + map[ff(s1[i])][5];
    for(int i = 1;i <= l2;i ++)
            dp[0][i] = dp[0][i - 1] + map[5][ff(s2[i])];

    for(int i = 1 ; i <= l1 ; i ++){
        for(int j = 1 ; j <= l2 ; j ++){
            //printf("i = %d j = %d\n" , i , j);
            dp[i][j] = max(dp[i - 1][j - 1] + map[ff(s1[i])][ff(s2[j])] , dp[i - 1][j] + map[ff(s1[i])][5]);
            //printf("%d " , dp[i][j]);
            dp[i][j] = max(dp[i][j] , dp[i][j - 1] + map[ff(s2[j])][5]);
            //printf("%d " , dp[i][j]);
        }
        //printf("\n");
    }
    printf("%d\n" , dp[l1][l2]);
}

int main(){

    int t;
    scanf("%d" , &t);
    while(t --){
        scanf("%d%s%d%s" , &l1 , s1 + 1 , &l2 , s2 + 1);
        s1[0] = '#';
        s2[0] = '#';
        //printf("%s , %s\n" ,s1 , s2);
        f();
    }

    return 0;
}