5、R语言统计方法：数据处理与分析全解析

R语言统计方法：数据处理与分析全解析

1. 数据加载与初步处理

在进行统计分析之前，我们首先需要加载合适的数据集。这里以基因表达谱数据为例，从 ArrayExpress 网站获取 E - GEOD - 19577 研究的数据。该研究评估了 42 名白血病患者样本中 54,675 个探针的表达水平。以下是加载数据到 R 中的具体步骤：
1. 下载 R ExpressionSet (E - GEOD - 19577.eSet.r)。
2. 使用 load() 函数加载数据集，此命令会创建包含原始实验数据的研究对象。
3. 将研究对象重命名为 MLLpartner.dataset 。
4. 加载 Biobase 和 affy 生物导体包。
5. 使用 rma() 函数对数据进行归一化处理。
6. 检查数据。

以下是具体的 R 代码实现：

load(url("http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/files/E-GEOD-19577/E-GEOD-19577.eSet.r"))
MLLpartner.ds <- study
library("affy")
library("Biobase")
AEsetnorm = rma(MLLpartner.ds)
head(exprs(AEsetnorm)) # 输出显示截断

为了后续分析，我们提取两个探针的表达值：