介绍几个图论和复杂网络的程序库 —— BGL,QuickGraph,igraph和NetworkX

本文推荐了四个用于图论和复杂网络分析的程序库:BGL、QuickGraph、igraph和NetworkX,涵盖了C、C++、C#和Python等多种语言的支持,并提供了丰富的算法和数据结构。

引自: http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=297233

 

刚加入复杂网络圈子,暂时还没有成熟的研究内容,先发个资料性的东西占坑:)

作复杂网络研究离不开对各种实际或模拟网络的统计、计算、绘图等工作。对于一般性的工作,我们可以用PajekNetdrawUcinet等软件完成。但对一些特殊应用(比如自己开发了一个新模型),现有的软件不能提供相应的建模或计算功能,这时就必须要通过编程的办法来解决问题了。

在这篇文章中,向大家介绍我使用过的4个面向图论及复杂网络分析的程序库,它们可以(分别或同时)用C、C++、C#和Python等语言调用。同时这些库都是开源的,可以通过研读它们的源代码提高编程水平。

好,下边开始介绍,第一位出场的是:

一、Boost Graph Library —— “准”C++标准库

Boost Graph Library(BGL)是C++ Boost库的成员之一。Boost是一个经过千锤百炼的C++库,作为标准模板库STL的后备,是C++标准化进程的发动机之一。Boost库由C++标准委员会库工作组成员发起,在C++社区中影响甚大,是不折不扣的“准”标准库。

BGL的特点是灵活性和高运行效率。BGL是以模板的形式提供的,这意味着你可以在模板的基础上创建自己的类型,比如自定义的节点类。BGL的开发者是世界上最顶尖的C++专家,这个库中实现的各种图算法具有非常高的执行效率,而且BGL本身具有工业强度,你可以放心的使用它。此外,BGL的代码结构良好,是非常值得研读的精品,对于学习算法与数据结构会有很大的帮助。

从我的角度来看,BGL的缺点是没有提供复杂网络分析的算法,所以在实际中我使用的还不多。建议对于分析大规模的网络问题时使用这个库,利用它良好的图数据结构,开发自己的复杂网络分析算法,将会获得很高的执行效率。

参考资源:
BGL官方网站:http://www.boost.org/doc/libs/1_42_0/libs/graph/
技术书籍《The Boost Graph Library》,作者: Jeremy G. Siek,Lie-Quan Lee,Andrew Lumsdaine,见:http://www.douban.com/subject/1463103/
《使用Boost Graph library》,一个简短的BGL使用介绍,适合快速上手,见:http://www.cppprog.com/2009/0408/100.html
《Boost Graph Library 学习笔记》,讨论学习BGL中遇到的问题,见:http://blog.youkuaiyun.com/magicblue/archive/2009/05/22/4208976.aspx

二、QuickGraph —— .NET平台下的BGL

QuickGraph是一个用C#语言编写的.NET组件库,所提供的算法与BGL类似,可以看作是Boost Graph Library在.NET平台下的实现。目前QuickGraph的最高版本是3.3,支持.NET 2.0和.NET 3.5平台。

对于复杂网络研究,QuickGraph能够提供的帮助与BGL基本类似。如果你对C#语言(以及其它支持.NET的语言)比较熟悉,可以考虑选择这个库。但由于.NET程序是在虚拟机下运行的原因,所以效率不够高,不适合处理大规模的计算问题。


参考资源:
QuickGraph官方网站:http://www.codeplex.com/quickgraph
中文资料暂时还找不到。

三、igraph —— C语言写的复杂网络分析库

igraph是一个建立和操纵无向图、有向图的开源C程序库,它既包含经典图论里的各种算法(例如最小支撑树、网络流等),也包含了最近的出现的一些网络分析算法(如社团结构搜索等)。

igraph是C写的,这意味着你很容易在C/C++中使用它。如果你不熟悉这两种语言,或者觉得用C/C++太繁琐的话,igraph还提供了R语言(一种国外很流行的统计分析语言)和Python语言的接口,所以也很适合科研人员使用(我现在用的是Python,调用igraph很简单)。

参考资料:
igraph官方网站:http://igraph.sourceforge.net/
关于Python语言的介绍,见:http://zh.wikipedia.org/wiki/Python
关于R语言的介绍,见:http://zh.wikipedia.org/wiki/R语言

四、NetworkX —— 全面支持复杂网络分析的Python包

NetworkX是一个创建和操纵复杂网络,并对复杂网络的结构、功能和动力学进行研究的Python包,它提供了目前应用最广泛的一些复杂网络分析算法,当然也包括基本的经典图论算法。NetworkX目前只能在Python语言中使用(这也是我学Python的原因之一,见《从C#到Python —— 谈谈我学习Python一周来的体会》)。

我个人认为NetworkX比igraph要好用,因为NetworkX的文档更清晰易读,程序结构组织得也很好,我现在主要在用这个包。但NetworkX的执行效率多数情况下会比igraph要低(见Drew Conway所作的对比:http://files.meetup.com/1406240/sna_in_R.pdf)。所以也不适合作太大规模的网络分析计算。此外,NetworkX和Python的一个绘图包——Matplotlib结合得很好,可很方便地进行复杂网络可视化。

参考资源:
NetworkX官方网站:http://networkx.lanl.gov/
Matplotlib(科学绘图的Python包):http://matplotlib.sourceforge.net


五、总结

本文介绍了图论与复杂网络研究常用的一些程序库。用好这些程序库(以及其它一些软件工具),可以避免我们无谓的re-invent the wheel,从而提高工作效率。在网上了解到,国外同行用这些库的很多,而在国内还很少搜索到这方面的资料(除了BGL)。作为我进复杂网络圈的敲门砖,向各位圈友推荐这几个库。另外,我近期正在学习Python和NetworkX,如果您感兴趣,欢迎和我交流:)


附:几个库的开发及调用语言对比(*看来学Python还是不错的,这几个库都可以调用-_-)

库名称原始开发语言可用某语言调用
BGLC++C++/ Python(通过boost-python)
QuickGraph    C#
支持.NET平台的任何语言(Python程序员可用IronPython)
igraph        CC/C++/R/Python(理论上至少有50种语言可直接或间接调用C程序)
NetworkX      PythonPython



   

 

<think>我们注意到用户的问题:如何在C++中使用NetworkX库进行网络分析?但是,根据引用[3][5]的信息,NetworkX是一个Python库,而C++中并没有直接对应的NetworkX库。因此,我们需要考虑替代方案。 引用[3]提到:“但是对于规模很大的问题,性能上的要求需要我们去使用诸如igraph, BGL(boost graph library,不过基本已经停止开发)之类用C/C++写成的库。” 因此,我们可以建议用户使用C++中的其他图论库,例如Boost Graph Library (BGL) 或者 igraph的C++接口。 然而,用户可能希望使用类似于NetworkX的接口,那么我们可以考虑以下两种方案: 1. 使用C++调用Python代码(例如通过嵌入Python解释器或使用IPC),从而间接使用NetworkX。 2. 使用C++中原生的图论库,如BGLigraph。 由于用户明确提到“在C++中使用”,我们优先考虑第二种方案,因为第一种方案可能会带来性能损失系统复杂性。 下面我们分别介绍两种方案: 方案一:在C++中嵌入Python以使用NetworkX 这种方法允许我们在C++程序中执行Python代码,从而使用NetworkX的功能。我们可以使用Python/C API,或者使用一些封装好的库(如Boost.Python或pybind11)来调用Python代码。 步骤示例: 1. 初始化Python解释器。 2. 导入NetworkX模块。 3. 调用NetworkX的函数。 4. 获取结果并转换为C++可用的格式。 5. 关闭Python解释器。 但是,这种方法需要C++程序与Python环境紧密集成,并且可能带来性能开销部署复杂性。 方案二:使用C++的图论库(推荐) 对于C++开发者,更直接的方法是使用C++的图论库。其中,Boost Graph Library (BGL) 是一个强大的图论库,提供了丰富的图算法数据结构。此外,igraph也是一个高性能的图论库,提供了CC++的接口。 下面我们以BGL为例,简要介绍如何使用: 步骤: 1. 安装Boost库(包含BGL)。 2. 在C++代码中包含相应的头文件。 3. 定义图结构(例如邻接表)。 4. 使用BGL提供的算法。 示例:使用BGL计算图的度分布 ```cpp #include <boost/graph/adjacency_list.hpp> #include <boost/graph/graph_traits.hpp> #include <iostream> #include <vector> using namespace boost; int main() { // 定义图类型 typedef adjacency_list<vecS, vecS, undirectedS> Graph; // 创建图对象 Graph G; // 添加边 add_edge(0, 1, G); add_edge(0, 2, G); add_edge(1, 2, G); add_edge(1, 3, G); // 计算每个顶点的度 graph_traits<Graph>::vertex_iterator vi, vi_end; graph_traits<Graph>::degree_size_type d; for (tie(vi, vi_end) = vertices(G); vi != vi_end; ++vi) { d = degree(*vi, G); std::cout << "顶点 " << *vi << " 的度为: " << d << std::endl; } return 0; } ``` 另外,igraph库也是一个很好的选择。它提供了许多网络分析功能,并且性能优异。 示例:使用igraph计算平均路径长度 ```cpp #include <igraph.h> #include <iostream> int main() { igraph_t graph; igraph_real_t avg_path; // 创建一个简单的图 igraph_small(&graph, 0, IGRAPH_UNDIRECTED, 0,1, 0,2, 1,2, 1,3, -1); // 计算平均路径长度 igraph_average_path_length(&graph, &avg_path, NULL, IGRAPH_UNDIRECTED, true); std::cout << "平均路径长度: " << avg_path << std::endl; // 销毁图 igraph_destroy(&graph); return 0; } ``` 注意:使用igraph需要安装igraph的C库,并在编译时链接。 结论: 由于NetworkXPython库,无法直接在C++中使用。因此,我们建议: 1. 如果必须在C++项目中使用NetworkX,可以考虑嵌入Python解释器(方案一),但需注意性能维护成本。 2. 更推荐使用C++的图论库,如BGLigraph(方案二),它们提供了类似的功能,并且性能更好。 相关问题: 1. 如何安装Boost Graph Library? 2. 在C++中调用Python代码有哪些方法? 3. igraphBGL在功能上有哪些主要区别? 4. 如何用C++的图论库实现NetworkX中的常用功能(如社区检测)? 5. 在C++中处理大规模图有哪些优化技巧?</think>### 在C++中使用NetworkX库的方法 NetworkX是专为Python设计的库,**无法直接在C++中调用**。但您可以通过以下方案实现类似功能: --- ### 方案一:使用C++调用Python(推荐) 通过嵌入Python解释器或进程通信,在C++中调用NetworkX: ```cpp #include <Python.h> int main() { Py_Initialize(); // 执行NetworkX代码 PyRun_SimpleString( "import networkx as nx\n" "G = nx.Graph()\n" "G.add_edge(1,2)\n" "print('节点数:', G.number_of_nodes())\n" ); Py_Finalize(); return 0; } ``` **编译说明**: 1. 安装Python开发包:`sudo apt-get install python3-dev` 2. 链接Python库:`g++ -o main main.cpp -I/usr/include/python3.8 -lpython3.8` --- ### 方案二:使用C++原生图库替代 #### 1. Boost Graph Library (BGL) ```cpp #include <boost/graph/adjacency_list.hpp> using namespace boost; int main() { typedef adjacency_list<vecS, vecS, undirectedS> Graph; Graph G; add_edge(0, 1, G); // 添加边 add_edge(0, 2, G); std::cout << "节点数: " << num_vertices(G) << std::endl; } ``` **特点**:高性能,支持复杂算法(如Dijkstra、DFS)[^3] #### 2. igraph (C接口) ```cpp #include <igraph.h> int main() { igraph_t graph; igraph_empty(&graph, 0, IGRAPH_UNDIRECTED); // 创建图 igraph_add_vertices(&graph, 3, 0); // 添加节点 igraph_add_edge(&graph, 0, 1); // 添加边 igraph_destroy(&graph); // 释放内存 } ``` **优势**:支持大规模网络分析(百万级节点)[^5] --- ### 方案三:混合编程(高性能场景) 1. 用Python+NetworkX开发原型 2. 用C++重写性能关键模块 3. 通过PyBind11暴露C++模块给Python: ```cpp #include <pybind11/pybind11.h> namespace py = pybind11; int add(int a, int b) { return a + b; } PYBIND11_MODULE(example, m) { m.def("add", &add); } ``` 在Python中调用: ```python import example example.add(3, 4) # 返回7 ``` --- ### 各方案对比 | 方案 | 开发效率 | 执行性能 | 适用场景 | |--------------|----------|----------|------------------------------| | 嵌入Python | ★★★★★ | ★★☆☆☆ | 快速原型开发 | | Boost/igraph | ★★★☆☆ | ★★★★★ | 高性能计算、大规模网络 | | 混合编程 | ★★★★☆ | ★★★★☆ | 性能敏感型生产系统 | --- ### 关键注意事项 1. **数据传递成本**:C++与Python间数据交换可能成为瓶颈,建议批量传输 2. **内存管理**:igraph需手动释放内存,BGL基于RAII自动管理 3. **算法差异**:不同库的社区检测等算法实现可能有区别 4. **可视化方案**:C++可输出GraphML格式,用Gephi可视化(替代NetworkX绘图)[^4] > 对于**超大规模网络**,推荐优先考虑igraphBGL,其性能显著优于NetworkX[^5]。若需利用NetworkX的丰富算法,可通过进程隔离(如gRPC)降低Python对C++主程序的影响。 ---
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