带你走进计算机辅助药物设计(CADD)蛋白质分子对接

本文介绍了计算机辅助药物设计中蛋白质分子对接的关键因素,包括形状互补、亲疏水性和电荷分布。对接方法分为刚性对接和柔性对接,常用软件如ZDOCK和GRAMM-X。通过对接,可以评估不同状态的能量并用VMD进行可视化。了解更多药物设计的步骤,如靶点分析、化合物库筛选和构效关系模型构建等。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

对接的过程中会考虑如下因素:

  • 形状互补
  • 亲疏水性
  • 表面电荷分布

两种蛋白质-蛋白质分子对接:

  • Rigid Docking 刚性对接–目前可用的大多数软件为刚性对接。
  • Flexible Docking 柔性对接–计算量大,可用软件少,且多为收费软件。

蛋白质相互作用常用对接软件

  • ZDOCK
  • GRAMM-X

输出值都为多个对接状态(根据能量高低排序,能量低的排名靠前)。结果可用VMD查看。

文章来源:公众号:科研讨论圈

如何查看靶点药物相互作用、如何获取没有晶体结构的蛋白结构、如何构建靶点已知的化合物结构、如何获取已有的虚拟化合物库、如何模拟靶点与分子相互作用、如何进行化合物库虚拟筛选、如何预测靶点与分子相互作用、如何构建构效关系模型、如何进行基于碎片的药物设计,请看下文


名称

内容

生物分子互作基础

1.生物分子互作用研究方法

1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理

1.2 分子对接研究生物分子相互作用

1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用

蛋白数据库

1. PDB 数据库介绍

1.1 PDB蛋白数据库功能

1.2 PDB蛋白数据可获取资源

1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性

2.PDB 数据库的使用

2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载

评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值