带你走进计算机辅助药物设计（CADD）蛋白质分子对接

对接的过程中会考虑如下因素：

• 形状互补
• 亲疏水性
• 表面电荷分布

两种蛋白质-蛋白质分子对接：

• Rigid Docking 刚性对接–目前可用的大多数软件为刚性对接。
• Flexible Docking 柔性对接–计算量大，可用软件少，且多为收费软件。

蛋白质相互作用常用对接软件

• ZDOCK
• GRAMM-X

输出值都为多个对接状态（根据能量高低排序，能量低的排名靠前）。结果可用VMD查看。

文章来源：公众号：科研讨论圈

如何查看靶点药物相互作用、如何获取没有晶体结构的蛋白结构、如何构建靶点已知的化合物结构、如何获取已有的虚拟化合物库、如何模拟靶点与分子相互作用、如何进行化合物库虚拟筛选、如何预测靶点与分子相互作用、如何构建构效关系模型、如何进行基于碎片的药物设计，请看下文

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名称	内容
生物分子互作基础	1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用
蛋白数据库	1. PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载