CADD生物药物分子相互作用、虚拟筛选

最新推荐文章于 2025-06-11 11:08:07 发布

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Hbaixue

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文章标签：人工智能

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/pang0416/article/details/122307258

本文介绍了生物分子互作用的研究方法，包括使用PDB数据库、蛋白结构分析工具Pymol进行结构分析，以及同源建模。文章详细阐述了小分子构建过程，如大环、氨基酸、DNA和RNA的构建，并讨论了小分子化合物库和数据库。通过Autodock进行分子对接，进行了半柔性对接和柔性对接实验，应用于1IEP晶体复合物。此外，还涉及虚拟筛选技术，对1IEP进行了筛选并分析结果。最后，文章探讨了ZDOCK在预测蛋白-蛋白相互作用的应用，以及构效关系分析、碎片药物设计和分子动力学模拟。

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文章来源公众号：科研讨论圈

1：生物分子互作用研究方法

2：蛋白PDB数据库

3：蛋白结构分析-Pymol

4：同源建模-用 2019-nCoV spike 蛋白序列建模，根据相应参数和方法评价模型

5：小分子构建-分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA 等分子

6：小分子化合物库、数据库

7：生物分子互作用Autodock、分子对接、针对 1IEP 完成半柔性对接、柔性对接

8：虚拟筛选-对 1IEP 晶体复合物完成虚拟筛选，并对结果进行分析

9：生物分子互作用ZDOCK、预测蛋白-蛋白相互作用

10：构效关系分析、基于碎片药物设计、分子动力学模拟

名称	内容
生物分子互作基础	1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用
蛋白数据库	1. PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构序列下载 2.3 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取途径 2.4 批量下载蛋白晶体结构
蛋白结构分析	1. Pymol 软件介绍 1.1 软件安装及初始设置 1.2 基本知识介绍（如氢键等） 2.Pymol 软件使用 2.1蛋白小分子相互作用图解