安装trinity、解决报错

Trinity RNA-seq软件安装指南：从报错到解决

最新推荐文章于 2024-09-01 17:13:11 发布

原创最新推荐文章于 2024-09-01 17:13:11 发布 · 3.5k 阅读

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本文详细记录了在安装生物信息学软件Trinity时遇到的编译错误，通过查找cmake并配置环境，逐步解决过程。重点讲述了如何处理cmake未找到的问题，并最终通过conda环境成功安装Trinity v2.8.5。

生信软件安装

Trinity安装

文章目录

生信软件安装
一、安装trinity报错
二、解决报错

一、安装trinity报错

解压代码：

tar -zxvf trinityrnaseq-v2.14.0.FULL_with_extendedTestData.tar.gz

进入软件文件夹

cd trinityrnaseq-v2.14.0/

然后输入make进行安装，发现报错。

Using gnu compiler for Inchworm and Chrysalis
cd Inchworm && make
make[1]: Entering directory '/home/bio_kang/software/trinityrnaseq-v2.14.0/Inchworm'
mkdir -p build
cd build && cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX="" ../ && make DESTDIR=../ install
/bin/sh: 1: cmake: not found
make[1]: *** [Makefile:3: all] Error 127
make[1]: Leaving directory '/home/bio_kang/software/trinityrnaseq-v2.14.0/Inchworm'
make: *** [Makefile:32: inchworm_target] Error 2

二、解决报错

找不到cmake命令，需要下载cmake，点击这里进行下载，选择适合自己的版本
在这里插入图片描述
使用下列命令进行解压（不要直接复制我的）

 tar -zxvf cmake-3.23.2-linux-x86_64.tar.gz

进入~/.bashrc文件，将下列代码添加到最后一行（:号后填自己文件的绝对路径）：

export PATH=$PATH:/home/bio_kang/software/cmake/bin

输入cmake --version查看是否安装成功

cmake version 3.23.2

然后在进入trinity目录下，使用make命令
在这里插入图片描述
编译成功后使用Trinity --version检查是否安装成功，发现又报错：

Command 'Trinity' not found, but can be installed with:
sudo apt install trinityrnaseq

在网上找了人家的参考，发现是还要进入相关文件进行编译，可以去参考小zi竹
写的

cd Inchworm/build/
rm CMakeCache.txt
make

然后继续进行安装，发现还是使用不了：

Trinity --version

Command 'Trinity' not found, but can be installed with:

sudo apt install trinityrnaseq

一直下载不成功，还找不到错误，勇敢放弃，删除.tar.gz文件后，使用conda进行下载（建议新建环境，以免出现不兼容的现象）

conda create -n trinity

然后输入Y，即可创建成功

Proceed ([y]/n)? y

Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate trinity
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

激活环境（最好新建一个环境！！！）conda activate trinity
查看版本信息：

Trinity --version
Trinity version: Trinity-v2.8.5
** NOTE: Latest version of Trinity is Trinity-v2.14.0, and can be obtained at:
        https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/releases