12、小鼠脑切片解剖分割与蛋白质半胱氨酸残基键合状态预测研究

小鼠脑切片解剖分割与蛋白质半胱氨酸残基键合状态预测研究

在生物学和生物信息学领域，小鼠脑切片的解剖分割以及蛋白质半胱氨酸残基键合状态的预测是两个重要的研究方向。前者有助于深入了解大脑的结构和功能，后者对于理解蛋白质的结构和功能至关重要。

小鼠脑切片解剖分割

在小鼠脑切片的研究中，存在一些有趣的现象。例如，表达核相对较小，且总是被非表达（非核酸）区域分隔开，但海马体和嗅球等结构会违反这一特性。

为了解决小鼠脑切片的解剖分割和基因表达水平估计问题，研究人员开发了相关算法。具体步骤如下：
1. 利用3D模型 ：基于之前构建的小鼠脑3D模型（该模型基于艾伦小鼠脑图谱），使用开发的BrainTravel软件，通过找到最相似的虚拟切片，将实验切片注册到模型中。
2. 变形解剖结构 ：对虚拟切片上的解剖结构进行变形，使其与实验切片匹配，从而获得实验切片的有效解剖分割。
3. 估计表达水平 ：在单独的过程中进行表达水平的估计，并将结果加载到BrainTravel中。
4. 结果整合 ：将分割结果与表达水平相结合，为进一步的认知研究开辟了广阔的前景。

这种方法与基于马尔可夫随机场的替代方法不同，它不受可发现的解剖结构数量的限制。通过将解剖结构的知识纳入基因表达的统计分析中，有望实现更精细的生物实验设计，并发现动物认知活动中被激活的新基因和解剖区域。

蛋白质半胱氨酸残基键合状态预测

半胱氨酸残基的键合状态在稳定蛋白质的三级结构、定义蛋白质功能以及触