1、蛋白质 - 蛋白质相互作用数据的管理与分析

蛋白质 - 蛋白质相互作用数据的管理与分析

1. 引言

生物学和医学的一个新趋势是通过研究复杂系统的基本组成部分及其相互关系来阐明其行为。例如，研究细胞等复杂生物系统时，可以研究其基本成分（如蛋白质）以及它们之间的相互作用（即蛋白质相互作用）。交互组学是组学领域的一门新学科，主要研究生物体内所有生物分子之间的相互作用集合，即交互组。在这个多学科的场景中，湿实验室实验用于产生数据，然后通过计算方法进行计算机模拟分析，以解释生物系统的行为。

分析生物体内蛋白质之间的相互作用主要有四个任务：
1. 通过实验测定产生蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）数据。
2. 对 PPI 数据进行表示、存储、查询和分析。
3. 运用生物信息学方法分析蛋白质 - 蛋白质相互作用网络（PINs）。
4. 用数学模型描述 PINs。

交互组学中的数据流程可以概括为：湿实验室技术产生的数据存储在不同的数据库中，然后用图对数据进行建模，通常将一个生物体的所有相互作用整合为一个全面的蛋白质相互作用网络，最后通过计算方法挖掘这些图，产生具有生物学意义的知识。

2. 蛋白质 - 蛋白质相互作用数据的生成与管理

2.1 PPI 数据生成的实验方法

构建全面的蛋白质相互作用网络是一个迭代过程，需要进行许多不同的实验。每个实验可能揭示二元或多元相互作用（即涉及三个或更多蛋白质的相互作用），因此完整的研究需要规划一系列的实验。而且每个确定的相互作用在真实生物体中实际存在都有一定的概率。

主要的实验技术有两种：
1. 酵母双杂交（Y2H）技术