Bioconductor设置清华大学的镜像

最新推荐文章于 2024-08-16 13:13:20 发布

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本文介绍如何在R语言环境中配置国内镜像源，包括Bioconductor和CRAN的镜像设置方法，以提高包安装的速度和稳定性。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

在Home目录下增加/修改.Rprofile文件（或在$R_HOME/etc下增加Rprofile.site文件），在文件最后加上镜像设置：

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

再次打开R或RStudio即可生效。

另：

# Bioconductor设置为中科大的镜像
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

# CRAN设置成清华大学的镜像
options(repos = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

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RNA-seq流程学习笔记（12）-R包的相关操作及国内镜像源的设置

垚垚爸的博客

06-11

3593

参考文章： 4种R包安装方式 R语言包相关命令 setRepositories R install.packages() 设置国内CRAN镜像 清华大学开源软件镜像站 R语言-默认镜像设置 R包安装及设置镜像对于生信老菜鸟来说，学习R语言还真是挺困难的，就像同事说的，R的知识看起来零零散散，怪我自己还没学好R语言入门的书籍。万事开头难啊，硬着头皮上吧。对于RNA-seq流程中，前期数据处理应该对.count文件进行处理，目前所知有三个软件可以使用：DESeq2、edgeR和ballgown。这三个软件好

解决Anaconda清华源下载Pytorch失败，CondaHTTPError问题（手动下载包）

BeVWin的博客

12-11

4179

太长不看：手动下载包，移动到pkgs文件夹中，并在pkgs/urls.txt最后粘贴下载地址。 1. 问题原因 Anaconda官方源不稳定，用https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/的方法换成清华源之后，小包下载没问题了，但是大包如cudatoolkit、pytorch仍然会出现下载中断、安装失败的问题。显示错误信息： CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https:/

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设置Bioconductor和CRAN mirror，加快程序包安装速度

guanggY的专栏

01-05

6631

使用 bioconductor 的biocLite()安装程序包时，可能速度很慢，这时可以设定一个国内的镜像（中科大镜像）使用chooseBioCmirror()选择中国镜像即可。 biocLite()通常也需要安装依赖的程序包，这时需要从CRAN下载，默认的CRAN镜像是cran.rstuido.com速度有时也会很慢。可以在安装程序包前先指定CRAN镜像使用chooseCRANm

一站式解决R包安装的各种方法及常见问题（Bioconductor、github、手动安装等）

tRNA的博客

08-16

8257

各种R包安装方式及各种安装问题解决

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dltan

08-02

6116

安装环境：R-3.5.3 source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) #指定一个离你最近的国内镜像 options(BioC_mirror=“http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/”) biocLite(“Bioconductor”) 选择一个生信包进行安装 ...

BiocManager的镜像源设置

XIAOFEI@IDO

09-13

6171

最近，在使用Docker构建镜像时，由于网络的问题，总是断断续续的进行，导致构建一个镜像需要花费很长的时间。

生信初学者必知的镜像设置

医学和生信笔记的博客

11-12

2712

如果你平常会用到Ubuntu、conda、R语言、Python、Julia，那你肯定为安转各种包、库、软件而烦恼过！由于众所周知的原因，这些东西我们的网络访问不了，所以导致你安装库、包、软件时总是失败、下载不完整。但其实，这些东西都是有镜像的！只要你换了国内的镜像，下载就会嗖嗖的变快，再也不愁网络问题了！今天给大家介绍常见的镜像，初学R语言或者生信，这些东西必须得学会！主要是更改的镜像，让你安装软件更快。大家可以去清华大学开源镜像站，查看使用方法及镜像源，镜像网址也给大家更改conda镜像也是为了让你下载

R包选择镜像以及本地安装

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2万+

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生信小白的不定期记录

06-10

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【代码】解决 “无法在貯藏處https://bioconductor.org/packages/3.16/bioc/src/contrib中读写索引: cannot open URL ”

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例如，清华大学开源软件镜像是中国地区常用的选项之一： ```r options(BioC_mirror = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") ``` #### 2. 使用 `BiocManager` 进行安装对于特定软件包（如 XVector...

bioconductor下载包很慢

01-18

其中 `BIOC` 被指向清华大学 TUNA 镜像团队维护的 Bioconductor 镜像地址，而 `CRAN` 则保持不变以便继续使用官方综合R档案网(CRAN)[^2]。对于特定包的安装，则可执行如下命令： ```r if (!requireNamespace(...

几个速度比较快的 Linux 开源镜像站及支持的资源列表

u013669912的博客

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1452

……

pychram 配置清华镜像源_为linux,R,python,conda配置国内源，让你快速下载大量国外软件

weixin_39527768的博客

10-21

454

在国内很多情况下下载国外开发的软件或者国外托管的相关的代码库，依赖和软件包是最耗时最浪费精力的事情。好在国内有不少提供软件镜像的网站，使用国内的镜像源下载软件速度会非常快，能节省很多时间。国内的大大小小各大云服务器厂商都有自己的软件镜像网站，我们平时可能不需要用到那么多的镜像，经过我长期使用发现，使用阿里云开源镜像和清华源开源镜像这两个就足够了，阿里云源的下载速度更快，而清华源含有的软件源更多一些...

RNA-seq流程学习笔记（13）-Bioconductor相关软件的安装（持续更新）

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参考文章：因为我的服务器没有外网的原因，尝试了对R设置清华镜像源，可以下载R相关的包，但生物信息学分析会用到很多Bioconductor的软件，需要使用BiocManager软件，试了几次发现服务器中无法安装BiocManager软件，或者使用conda安装了后，在R中无法调用。清华镜像源也提供了Bioconductor的镜像源，说明如下： Bioconductor 镜像源配置文件之一是 .Rprofile (linux 下位于 ~/.Rprofile )。在文末添加如下语句: options(BioC

之后找不到包_设置国内的源加快R包下载速度

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R语言在使用 install.packages() 安装package的时候，默认会在官方的源(https://cran.rstudio.com/)搜索R包，然后下载到你的电脑或者服务器上。但是官方的源并不在中国，下载速度往往会受到很大的限制，因此当我们安装好R之后，第一步就应该是把R的安装源修改为国内的源(也称镜像，Mirror)。1修改 install.packages 的安装源如果...

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使用 install.packages() 安装R包时，总是比较慢，有时甚至安装失败，失败情形如下： &gt; install.packages('gridExtra') Warning in install.packages : unable to access index for repository https://cran.rstudio.com/src/contrib: 无法打...

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