shell判断和比较

利用featureCounts实现高效转录本定量:从比对到下游分析 本文详细介绍了利用featureCounts工具进行RNA-seq转录本定量的完整流程。从软件安装、输入文件准备,到核心命令参数解析与批量样本处理,再到将生成的计数矩阵无缝衔接至DESeq2进行差异表达分析,提供了从比对到下游分析的一站式实战指南。文章重点阐述了featureCounts在效率与易用性上的优势,并分享了常见问题排查与性能优化技巧,帮助研究者高效完成转录本定量这一关键步骤。 阅读详情

1  shell 的$! ,$?, $$,$@


  • $n        $1 the first parameter,$2 the second...
  • $#        The number of command-line parameters.
  • $0        The name of current program.
  • $?        Last command or function's return value.
  • $$        The program's PID.
  • $!        Last program's PID.
  • $@        Save all the parameters.


almost any shell book will talk about them,from which you can get their detail usages.

2    Linux SHELL if 命令参数说明

  • –b 当file存在并且是块文件时返回真
  • -c 当file存在并且是字符文件时返回真
  • -d 当pathname存在并且是一个目录时返回真
  • -e 当pathname指定的文件或目录存在时返回真
  • -f 当file存在并且是正规文件时返回真
  • -g 当由pathname指定的文件或目录存在并且设置了SGID位时返回为真
  • -h 当file存在并且是符号链接文件时返回真,该选项在一些老系统上无效
  • -k 当由pathname指定的文件或目录存在并且设置了“粘滞”位时返回真
  • -p 当file存在并且是命令管道时返回为真
  • -r 当由pathname指定的文件或目录存在并且可读时返回为真
  • -s 当file存在文件大小大于0时返回真
  • -u 当由pathname指定的文件或目录存在并且设置了SUID位时返回真
  • -w 当由pathname指定的文件或目录存在并且可执行时返回真。一个目录为了它的内容被访问必然是可执行的。
  • -o 当由pathname指定的文件或目录存在并且被子当前进程的有效用户ID所指定的用户拥有时返回真。

UNIX Shell 里面比较字符写法:

  • -eq   等于
  • -ne    不等于
  • -gt    大于
  • -lt    小于
  • -le    小于等于
  • -ge   大于等于
  • -z    空串
  • =     两个字符相等
  • !=    两个字符不等
  • -n    非空串

总结:

文档比较运算符  
-e filename  假如 filename存在,则为真  [ -e /var/log/syslog ] 
-d filename  假如 filename为目录,则为真  [ -d /tmp/mydir ] 
-f filename  假如 filename为常规文档,则为真  [ -f /usr/bin/grep ] 
-L filename  假如 filename为符号链接,则为真  [ -L /usr/bin/grep ] 
-r filename  假如 filename可读,则为真  [ -r /var/log/syslog ] 
-w filename  假如 filename可写,则为真  [ -w /var/mytmp.txt ] 
-x filename  假如 filename可执行,则为真  [ -L /usr/bin/grep ] 
filename1-nt filename2  假如 filename1比 filename2新,则为真  [ /tmp/install/etc/services -nt /etc/services ] 
filename1-ot filename2  假如 filename1比 filename2旧,则为真  [ /boot/bzImage -ot arch/i386/boot/bzImage ] 
字符串比较运算符 (请注意引号的使用,这是防止空格扰乱代码的好方法)  
-z string  假如 string长度为零,则为真  [ -z "$myvar" ] 
-n string  假如 string长度非零,则为真  [ -n "$myvar" ] 
string1= string2  假如 string1和 string2相同,则为真  [ "$myvar" = "one two three" ] 
string1!= string2  假如 string1和 string2不同,则为真  [ "$myvar" != "one two three" ] 
算术比较运算符  
num1-eq num2  等于 [ 3 -eq $mynum ] 
num1-ne num2  不等于 [ 3 -ne $mynum ] 
num1-lt num2  小于 [ 3 -lt $mynum ] 
num1-le num2  小于或等于 [ 3 -le $mynum ] 
num1-gt num2  大于 [ 3 -gt $mynum ] 
num1-ge num2  大于或等于 [ 3 -ge $mynum ]

本文摘自网络

+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

shell判断文件,目录是否存在或者具有权限
文章来源:http://hi.baidu.com/haigang/blog/item/e5f582262d639c118b82a167.html
#!/bin/sh  
myPath="/var/log/httpd/"  
myFile="/var /log/httpd/access.log"  
#这里的-x 参数判断$myPath是否存在并且是否具有可执行权限  
if [ ! -x "$myPath" ]; then  
     mkdir "$myPath"  
fi  
#这里的-d 参数判断$myPath是否存在  
if [ ! -d "$myPath" ]; then  
     mkdir "$myPath"  
fi  
#这里的-f参数判断$myFile是否存在  
if [ ! -f "$myFile" ]; then  
     touch "$myFile"  
fi  
#其他参数还有-n,-n是判断一个变量是否是否有值  
if [ ! -n "$myVar" ]; then  
      echo "$myVar is empty"  
      exit 0  
fi  
#两个变量判断是否相等  
if [ "$var1" = "$var2" ]; then  
echo '$var1 eq $var2'  
else  
echo '$var1 not eq $var2'  
fi
注意:if 的格式,语句中的空格不能少。
========================================
shell 判断语句

流程控制 "if" 表达式 如果条件为真则执行then后面的部分: if ....; then
....
elif ....; then
....
else
....
fi
大多数情况下,可以使用测试命令来对条件进行测试。比如可以比较字符串、判断文件是否存在及是否可读等等…   通常用" [ ] "来表示条件测试。注意这里的空格很重要。要确保方括号的空格。  
[ -f "somefile" ] :判断是否是一个文件
[ -x "/bin/ls" ] :判断/bin/ls是否存在并有可执行权限
[ -n "$var" ] :判断$var变量是否有值
[ "$a" = "$b" ] :判断$a和$b是否相等          -r file     用户可读为真
-w file     用户可写为真
-x file     用户可执行为真
-f file     文件为正规文件为真
-d file     文件为目录为真
-c file     文件为字符特殊文件为真
-b file     文件为块特殊文件为真
-s file     文件大小非0时为真
-t file     当文件描述符(默认为1)指定的设备为终端时为真  
#########################################################
含条件选择的shell脚本
    对于不含变量的任务简单shell脚本一般能胜任。但在执行一些决策任务时,就需要包含if/then的条件判断了。shell脚本编程支持此类运算,包括比较运算、判断文件是否存在等。基本的if条件命令选项有: -eq —比较两个参数是否相等(例如,if [ 2 –eq 5 ])
-ne —比较两个参数是否不相等
-lt —参数1是否小于参数2
-le —参数1是否小于等于参数2
-gt —参数1是否大于参数2
-ge —参数1是否大于等于参数2
-f — 检查某文件是否存在(例如,if [ -f "filename" ])
-d — 检查目录是否存在
几 乎所有的判断都可以用这些比较运算符实现。脚本中常用-f命令选项在执行某一文件之前检查它是否存在。 ################################################################## 判断文件是否存在
 #!/bin/sh
today=`date -d yesterday +%y%m%d`
file="apache_$today.tar.gz"
cd /home/chenshuo/shell
if [ -f "$file" ];then
echo "OK"
else
echo "error $file" >error.log
mail -s "fail backup from test"   test@test.com <error.log
fi
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