mocchan925的博客

目录Brief summary中介效应的检验分析方法Mediation包Brief summary网上关于中介效应的资料挺多的，这里就不对原理进行过多解释。简单来说，我们分析自变量 X 对因变量 Y 产生的影响，如果变量 X 通过影响变量 M 来影响变量 Y ，那么这个变量 M 就是中介变量。例如租客 (X) 通过中介公司 (M) 找到合适的房子 (Y)，中介公司就在其中扮演了中介变量的角色，中介变量发挥的作用就称为中介效应了。对于该分析我个人有一个认知，就是X和Y必须有关联。这个关联可以是数

相关性系数正方形矩阵转换为data frame，并删除重复系数/行

逻辑回归循环

超几何分布富集分析 GO,KEGG富集分析，循环Fisher‘s testID转换GOKEGG把KEGG里的geneid转回名称（readable table）超几何分布以及生成data frame生成用来循环fisher的table循环Fisher's test这几天真的被这个超几何富集分析做的头大。原来单纯用找到的显著基因分析出来的pathway不一定是准确的，或者说不一定是具有显著性的。详细的原理推荐下面两个链接https://www.jianshu.com/p/3d01a66e235bhtt

R语言|替换数据，更换指定列的数据或注释在差异分析的时候经常需要考虑对照组，二分类的情况。把case和control换成0，1之类的。excel用Ctrl+F再替换虽ok，但数据集太大或者linux系统时并不方便两行简单的代码就可以实现替换：df$Group[df$Group == 'Case']<- 0 #将Group列所有case换成0df$Group[df$Group == 'Control']<- 1 #将Group列所有control换成1更简单的：df$Group&lt

R根据列名提取/筛选列A little thought刚入行的生信小白，还有很多R语使用不熟练。打算把常用的有用的记录在blog，以后就不用再重新百度谷歌了。也希望可以帮助到正在寻找答案的uu们当列太多想进行筛选的时候用index不是很方便，根据列名会更方便一点1. grepldf= read.csv('~/PD/normalization/ne/ne_0922.csv') #导入文件df2<- df[,grepl("UserID|NEFL|CCL27|GPNMB|GGT5|DPEP1"