SGE作业调度系统学习笔记

最新推荐文章于 2022-06-06 23:46:06 发布
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分类专栏： sge
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http://blog.chinaunix.net/uid-24404943-id-3256590.html
linux qdel强制删除任务,SGE：qsub/qstat/qdel/qhost 任务投递和监控
weixin_36224054的博客
05-14 1792
参考：qsub是最为稳定的底层任务投递系统，就是把一个脚本投递到集群的计算节点上运行。注意，只有登录节点才有资格投递任务，计算节点没有权限投递任务，只能执行，所以千万不要在投递的脚本内嵌套投递，会报错的。下面是我最为常用的投递命令：qsub -cwd -l vf=5g -P 任务单元 -q 队列名先逐条解释：-cwd： 就是 current working directory，从当前的目录开始执行...
Mentor-dft 学习笔记 day35-Multiprocessing for ATPG and Simulation(1)
qq_42327670的博客
12-05 916
Multiprocessing for ATPG and Simulation(1)
SGE作业系统的简单使用入门
04-20
作业调度管理系统的常见命令，网上收集的，可以收集更多的
16、SGE作业调度系统的简介
weixin_30512043的博客
08-27 897
转载：http://www.zilhua.com/2222.html http://gridscheduler.sourceforge.net/htmlman/ SGE作业调度系统的简介 一、常见的几种作业调度系统 Condor是一个资源管理和作业调度系统，是来自Wisconsin-Madison大学的研究项目。充分利用工作站的空闲时间是Condor的最显著特征。Condo...
sge使用
mengjiaoduan的博客
06-30 438
http://blog.sciencenet.cn/blog-614213-612297.html
SGE：作业调度系统安装和使用简要说明
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cfqcfqcfqcfqcfq的博客
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主要有三部分： 安装：服务器端搭建，一般服务端只需要搭一次 配置：服务端和节点，后续主要是新增节点才需配置 使用：一般使用者可以忽略前两个，直接看使用说明 安装  一些参考网站 http://linoxide.com/ubuntu-how-to/setup-open-grid-engine-cluster-ubuntu http://www.yinqisen.cn/blog-
SGE日志分析聚类算法
pingchuan2012的专栏
11-05 910
基于KMeans的改进算法（针对一维）： 【算法】 1.设定阈值，使用固定筛子的方式将对象分配到各个不同的“筛孔”里，并计算落入每个“筛孔”中的对象的平均值，即初始质心。 2.对步骤1中的初始质心进行类似步骤1方法的聚类，得到初始质心的聚类结果。 3.将步骤2中的初始质心聚类结果作为聚类的初始质心进行聚类，对于每个对象选择最近的质心，若到达每个质心的距离都超过设定的阈值，则创建新类。
如何使用Spring Cloud构建一个企业级的优惠券系统，并确保系统高可用性和扩展性？请结合代码实践进行说明。
10-29
最后，别忘了记录学习过程中的读书笔记和个人心得，这会帮助你更好地总结和消化知识，形成一套适合自己的学习方法。 通过上述方法，你可以有效地构建一个高可用性和扩展性的企业级优惠券系统，并且深入理解Spring ...
Hadoop Ecosystem（Hadoop生态环境－130多个相关开源项目）
hugowang的博客
10-29 4138
Apache Hadoop项目开发用于可靠、可扩展的分布式计算的开源软件。 Apache Hadoop软件库是一个框架，允许使用简单的编程模型跨计算机集群分布式处理大型数据集。 它旨在从单个服务器扩展到数千台计算机，每台计算机都提供本地计算和存储。 库本身不是依靠硬件来提供高可用性，而是设计用于检测和处理应用程序层的故障，从而在计算机集群之上提供高可用性服务，每个计算机都可能容易出现故障。 此文是...
Nextflow与nf-core：构建可重现科研工作流的利器
- 灵活的任务调度：它可以运行在各种计算环境中，如本地机器、集群管理系统（如SLURM、SGE和PBS）和云基础设施。 - 容错和作业依赖性管理：Nextflow可以自动管理作业的失败恢复和依赖性检查，确保流程的正确执行。 -...
sge手册（包括安装、管理、使用）
08-01
集群管理sge的安装、管理和使用文档，包括《sge安装及使用文档》、《N1 Grid Engine 6 安装指南》、《N1 Grid Engine 6 管理指南》、《N1 Grid Engine 6 用户指南》
作业调度系统--SGE和PBS的使用方法
Rys_Ben_Blogs
01-23 1001
http://gridscheduler.sourceforge.net/htmlman/ qstat -u -f qacct qstat -u \* qhost qsub qdel
网格环境配置(三):安装SGE
jcwKyl的专栏
12-02 8443
安装SGE开始安装SGE。vm1作为sge的master主机。用户账号和系统服务这些信息都通过NIS服务器来统一管理。master主机和执行机通过NFS服务共享$SGE_ROOT。sge_qmaster服务的端口号为6444/tcp，sge_execd的端口号为6445/tcp。没有shadow
SGE qsub 命令 选项 笔记
weixin_30809333的博客
07-14 899
SGE qsub 命令 选项 笔记 jianshan.hu@swift.cn ChongQing, China qsub qsub命令用来向SGE提交批处理作业，SGE支持单或多节点作业。 qsub [ options ] [ command | -- [ command_args ]] 1.-@ optionfile (contains all valid options) 就是把...
小集群上SGE作业系统初探
conding_算子
01-28 6372
SGE怎样工作： 1. 接受用户投放的任务 2. 在任务运行以前，将任务放到一个存储区域 3. 发送任务到一个执行设备，并监控任务的运行 4. 运行结束写回结果并记录运行日志   常用的SGE命令： 1. 投递任务到指定队列all.q     方法一： qsub -cwd -l vf=*G -q all.q *.sh     方法二： qsub -cwd -S /bin/bash
SGE与PBS使用
S_AGZX的博客
06-06 3762
集群系统调度；SGE使用；PBS使用；常用命令行；
SGE 常用命令
xuyunquan
12-03 1298
SGE【Sun Grid Engine 或 Oracle Gird Engine】 简介： 是一套开源的分布式资源管理软件，用来统一管理和利用所有（愿意被管理的）电脑上的资源，使得这些电脑（集群）使用起来就像一台电脑一样 好处： 可以随意扩展总的计算资源（买更多的电脑加入集群），并且管理上就像使用一台电脑一样方便 常用命令 查看集群信息 qhost 查看集群信息 q...
集群调度系统SGE的安装和配置
mengjiaoduan的博客
07-26 949
http://haililihai.github.io/2015/04/10/集群调度系统SGE的安装和配置/
sge安装
mengjiaoduan的博客
06-20 627
http://blog.youkuaiyun.com/wuxianfeng1987/article/details/72874905
SGE作业调度系统
最新发布
06-22
<think>我们正在讨论SunGridEngine(SGE)作业调度系统的使用指南和配置方法。根据提供的引用，我们可以整合以下信息：###1.SGE基本概念SGE（SunGridEngine）是一个开源的分布式资源管理软件，用于集群计算环境。它接受用户提交的作业，根据资源管理策略将作业分配到网格内适当的计算节点上执行。用户一次可以提交多个作业，而无需关心作业在何处运行[^1]。###2.SGE的工作流程SGE的工作流程包括四个步骤[^3]：1.**接受任务**：接受用户提交的任务。2.**存储任务**：在任务运行前，将任务放入存储区域（队列）。3.**执行与监控**：将任务发送到执行节点，并监控任务运行。4.**记录结果**：任务结束后，写回结果并记录运行日志。###3.安装与配置根据引用[2]和[4]，在CentOS7上安装SGE的步骤概述如下：####前提条件-一个或多个节点（至少一个主控节点，一个执行节点）。-节点之间配置好网络和主机名解析（/etc/hosts）。-关闭防火墙或开放相应端口。####安装步骤（控制节点）1.安装必要的依赖包：```bashyum-yinstallantjunitopenssl-develncurses-develpam-devellibXmu-develhwlocjava-develjavaccant-junitcshkshxtermperl-XML-Simplexorg-x11-fonts-ISO8859-1-100dpixorg-x11-fonts-ISO8859-1-75dpihwloc-develjavaccdb4-utils```2.下载SGE软件包（版本8.1.9）：```bashwgethttps://arc.liv.ac.uk/downloads/SGE/releases/8.1.9/sge-8.1.9.tar.gz```3.解压并编译安装：```bashtarxvfsge-8.1.9.tar.gzcdsge-8.1.9/sourceshscripts/bootstrap.sh./configure--prefix=/opt/sge--with-jre=/usr/java/default--with-java=/usr/java/defaultmakemakeinstall```4.初始化SGE主控节点：```bashcd/opt/sge./install_qmaster```按照提示完成配置（通常使用默认设置）。5.添加执行节点：```bash./install_execd```####配置执行节点在每个执行节点上重复上述安装步骤（只执行`install_execd`），并在安装过程中指定主控节点的主机名。###4.基本使用命令根据引用[3]，SGE常用命令包括：-**提交作业**：使用`qsub`命令提交作业脚本。```bashqsubscript.sh```-**查看作业状态**：使用`qstat`命令。```bashqstat-uusername#查看特定用户的作业```-**删除作业**：使用`qdel`命令。```bashqdeljob_id```-**查看队列状态**：使用`qconf`命令。```bashqconf-sql#列出所有队列```###5.编写作业脚本示例一个简单的SGE作业脚本（`example.sh`）如下：```bash#!/bin/bash#$-NMyJob#作业名称#$-cwd#使用当前工作目录#$-jy#合并标准输出和标准错误echo"HelloSGE!Runningonhost$(hostname)"sleep10```提交作业：```bashqsubexample.sh```###6.高级配置-**队列管理**：使用`qconf`命令可以配置队列参数（如资源限制、队列优先级等）。-**用户权限管理**：通过`qconf-au`添加用户，`qconf-su`修改用户权限。-**资源管理**：可以定义复杂资源（如内存、CPU等）并在作业请求中指定。###注意事项-确保所有节点时间同步（使用NTP）。-主控节点和执行节点之间的通信需要开放TCP/UDP端口（通常为6444、6445等）。§§相关问题§§1.SGE作业调度系统与其他调度系统（如Slurm、PBS）有何不同？2.如何配置SGE的资源配额（如每个用户/组的CPU、内存限制）？3.SGE作业调度系统在故障时如何保证作业不丢失？4.如何监控SGE集群的资源使用情况？</think>### Sun Grid Engine (SGE) 作业调度系统使用指南与配置方法 #### 一、SGE核心概念 1. **基本功能** SGE 是分布式资源管理工具，自动将用户提交的作业分配到集群合适的节点执行，支持： - 批量提交数千作业（无需指定运行位置）[^1] - 动态资源分配与负载均衡 - 作业队列管理（排队、优先级、资源限制） 2. **工作流程** ```mermaid graph LR A[用户提交作业] --> B[SGE主节点接收] B --> C[作业进入队列] C --> D{资源检查} D -->|资源满足| E[分配计算节点] E --> F[执行并监控] F --> G[返回结果+日志][^3] ``` #### 二、安装部署（CentOS 7） 1. **控制节点安装** ```bash # 安装依赖 yum -y install ant junit openssl-devel ncurses-devel pam-devel \ libXmu-devel hwloc java-devel csh ksh perl-XML-Simple db4-utils [^4] # 下载SGE 8.1.9 wget https://arc.liv.ac.uk/downloads/SGE/releases/8.1.9/sge-8.1.9.tar.gz # 编译安装 tar xvf sge-8.1.9.tar.gz cd sge-8.1.9/source ./scripts/bootstrap.sh ./configure --prefix=/opt/sge make make install ``` 2. **初始化主节点** ```bash cd /opt/sge ./install_qmaster # 按提示配置集群名和管理员邮箱 ``` 3. **添加计算节点** 在计算节点执行： ```bash /opt/sge/install_execd # 输入主节点主机名 ``` #### 三、基础使用命令 | 命令 | 功能 | 示例 | |---------------|-------------------------------|--------------------------| | `qsub` | 提交作业 | `qsub -cwd job.sh` | | `qstat` | 查看作业状态 | `qstat -u $USER` | | `qdel` | 删除作业 | `qdel 1001` | | `qconf` | 集群配置管理 | `qconf -sql` (列队列) | | `qacct` | 查看作业历史资源消耗 | `qacct -j 1001` | **作业脚本示例（job.sh）**： ```bash #!/bin/bash #$ -N MyJob # 作业名称 #$ -l h_vmem=4G # 申请4G内存 #$ -pe smp 8 # 申请8核CPU #$ -o /path/log.out # 输出日志 echo "Running on $HOSTNAME" ./my_program input.txt ``` #### 四、高级配置技巧 1. **队列管理** - 创建队列：`qconf -aq queue_name` - 设置资源限制（编辑队列配置）： ```conf slots 20 # 最大并发任务数 h_vmem 8G # 单任务内存上限 ``` 2. **用户权限控制** ```bash qconf -au user1 admin # 添加管理员 qconf -su user2 # 设置用户资源配额 ``` 3. **资源策略优化** - 负载敏感调度：通过 `qconf -mconf` 调整调度策略参数 - 抢占配置：允许高优先级作业抢占资源 #### 五、故障排查 1. **常见问题** - 作业挂起：检查 `qstat -j <job_id>` 的调度错误信息 - 节点离线：`qconf -sel` 查看节点状态，重启 `sge_execd` 服务 - 权限错误：确保 `/opt/sge` 目录权限一致（推荐 `sgeadmin` 用户统一管理） > **提示**：完整日志路径：`/opt/sge/default/common/accounting`
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