心中柳叶刀手握小鼠标

好吧,只能在手机上写了。可能德国的网络不支持电脑web模式?

今天遇到了一个问题,批量单因素Cox回归时出现
错误

“ 需要TRUE/FALSE值的地方不可以用缺少”

当时一脸懵逼,因为我啥都不懂。
查了半天终于解决,我把代码前后都粘贴上来,一起讨论吧。

我的原始代码



for(i in colnames(rt[,3:ncol(rt)])){
cox <- coxph(Surv(futime, fustat) ~ rt[,i], data = rt)
coxSummary = summary(cox)
coxP=coxSummary$coefficients[,“Pr(>|z|)”]

if(coxP<pFilter)
…”

解决之后的代码


for(i in colnames(rt[,3:ncol(rt)])){
cox <- coxph(Surv(futime, fustat) ~ rt[,i], data = rt)
coxSummary = summary(cox)
coxP=coxSummary$coefficients[,“Pr(>|z|)”]

coxP[is.na(coxP)] <- 1

if(coxP<pFilter)
…”

多出那一句的意思可能就是
把coxP为NA的值赋予新值1,
因为为NA的需要剔除,赋予1,在下一步照样被我的P筛查值给去除。效果一样。

我思考的不知道是否正确,因为还在跑码。

有高手指导一下吗?

生物信息学是科学研究的一个多学科领域,它使用计算机科学知识来分析生物数据。 生物信息学通常在实验室中用于湿实验室实践。 该研究领域涵盖基因组学,蛋白质组学和代谢组学。 这些中的每一个都处理由世界著名组织(如NCBI,EMBL等)创建的各种数据库。各个级别的学生,院士,企业人员从诸如ENA,Ensembl,UniProt,PDB等著名数据库中提取信息。提取的数据需要进行转换以进行分析和图形绘制。 根据分析结果和图形结果,科学家和研究人员得出结论或做出重要决定,以建立某些生物学事实。 现在,从巨大的生物学数据库中提取生物学数据是一项艰巨的任务。 它需要一个非常有效的工具,该工具不仅可以提取信息,而且还可以提供数据分析和图形绘制便利。 在技​​术领域中,有许多编程工具可以利用它们的弱点和优点。 例如C,C ++,Perl,Ruby,JavaScript或PHP,Java,R,Python,Bash等语言工具。生物信息学的研究人员大致分为两类:第一类不想自己制作软件和其他人。 两者都将进行数据分析; 执行统计测试,绘制图表并使用其他程序员制作的生物信息学软件。 但是第二组可能有兴趣编写自己的脚本或构建供自己使用或帮助其他研究人员的软件。 对我来说,R编程将是上述两个小组的最佳选择。 因为它具有丰富的生物软件包集合,可支持在生物信息学研究领域对lncRNA进行深入分析。
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