一、Adaboost算法及分析
参考:
二、程序实现 (代码来自于机器学习实战 李锐等译)
2.1基于单层决策手构建弱分类器
单层决策树(decision stump,也称为决策树桩)是一种简单的决策树。它仅根据单个特征来做决策。
buildStump函数的伪代码:
将最小错误率minError设为正无穷
对数据集中的每一个特征(第一层循环):
对每个步长(第二层循环):
对每个不等号(第三层循环):
建立一棵单层决策树并利用加权数据集对它进行测试
如果错误率低于minError,则将当前单层决策树设为最佳单层决策树
返回最佳单雇决策树
对数据集中的每一个特征(第一层循环):
对每个步长(第二层循环):
对每个不等号(第三层循环):
建立一棵单层决策树并利用加权数据集对它进行测试
如果错误率低于minError,则将当前单层决策树设为最佳单层决策树
返回最佳单雇决策树
代码:
from numpy import *
import matplotlib.pyplot as plt
def loadSimpData():
datMat = matrix([[ 1. , 2.1],
[ 2. , 1.1],
[ 1.3, 1. ],
[ 1. , 1. ],
[ 2. , 1. ]])
classLabels = [1.0, 1.0, -1.0, -1.0, 1.0]
return datMat,classLabels
def loadDataSet(fileName): #general function to parse tab -delimited floats
numFeat = len(open(fileName).readline().split('\t')) #get number of fields
dataMat = []; labelMat = []
fr = open(fileName)
for line in fr.readlines():
lineArr =[]
curLine = line.strip().split('\t')
for i in range(numFeat-1):
lineArr.append(float(curLine[i]))
dataMat.append(lineArr)
labelMat.append(float(curLine[-1]))
return dataMat,labelMat
'''
功能:通过阈值比较对数据进行分类
'''
def stumpClassify(dataMatrix,dimen,threshVal,threshIneq):#just classify the data
retArray = ones((shape(dataMatrix)[0],1))
if threshIneq == 'lt':
retArray[dataMatrix[:,dimen] <= threshVal] = -1.0
else:
retArray[dataMatrix[:,dimen] > threshVal] = -1.0
return retArray
'''
功能:单层决策树生成函数(弱分类器)
输入函数:
dataArr:数据集
classLabels:类别标签
D:数据点的权重
输出函数:
bestStump:具有最小错误率的单层决策树
minError:最小错误率
bestClasEst:估计的类别向量
'''
def buildStump(dataArr,classLabels,D):
dataMatrix = mat(dataArr); labelMat = mat(classLabels).T
m,n = shape(dataMatrix)
numSteps = 10.0
bestStump = {} #定义一个空字典,用于存储给定权重向量D时所得到的最佳单层决策树的相关信息
bestClasEst = mat(zeros((m,1)))
minError = inf #init error sum, to +infinity;最小错误率初始化为无穷大
for i in range(n):#loop over all dimensions;在所有数据集的所有特征上遍历
rangeMin = dataMatrix[:,i].min(); rangeMax = dataMatrix[:,i].max();
stepSize = (rangeMax-rangeMin)/numSteps #通过计算特征的最小值和最大值来计算步长,numSteps越大,步长越小
for j in range(-1,int(numSteps)+1):#loop over all range in current dimension按分的步长总数进行循环
for inequal in ['lt', 'gt']: #go over less than and greater than
threshVal = (rangeMin + float(j) * stepSize)
predictedVals = stumpClassify(dataMatrix,i,threshVal,inequal)#call stump classify with i, j, lessThan
errArr = mat(ones((m,1))) #构建错误数组
errArr[predictedVals == labelMat] = 0
weightedError = D.T*errArr #calc total error multiplied by D
## print "split: dim %d, thresh %.2f, thresh ineqal: %s, the weighted error is %.3f" % (i, threshVal, inequal, weightedError)
if weightedError < minError: #如果当前的错误率较小,则保存该单层决策树到bestStump字典中
minError = weightedError
bestClasEst = predictedVals.copy()
bestStump['dim'] = i
bestStump['thresh'] = threshVal
bestStump['ineq'] = inequal
return bestStump,minError,bestClasEst
运行命令:
dataMat,classLabels = loadSimpData()
D = mat(ones((5,1))/5)
bestStump,minError,bestClassEst = buildStump(dataMat,classLabels,D)
结果:
>>> bestStump
{'dim': 0, 'ineq': 'lt', 'thresh': 1.3}
>>> minError
matrix([[ 0.2]])
>>> bestClassEst
array([[-1.],
[ 1.],
[-1.],
[-1.],
[ 1.]])
2.2 完整AdaBoost算法的实现
实现的伪代码:
对每次迭代:
利用buildStump() 函数找到最佳的单层决策树
将最佳单层决策树加入到单层决策树数组
计算alpha
计算新的权重向量D
更新累计类别估计值
如果错误率等于0.0,则退出循环
利用buildStump() 函数找到最佳的单层决策树
将最佳单层决策树加入到单层决策树数组
计算alpha
计算新的权重向量D
更新累计类别估计值
如果错误率等于0.0,则退出循环
代码:
'''
功能:完整的AdaBoost算法
输入参数:
dataArr:数据集
classLabels:类别标签
numIt:迭代次数(唯一需要用户指定的参数)
输出参数:
weakClassArr:多个弱分类器组成的数组
'''
def adaBoostTrainDS(dataArr,classLabels,numIt=40): #adaBoostTrainDS中DS代表单层决策树(decision stump)
weakClassArr = [] #建立一个单层决策树数组
m = shape(dataArr)[0] #得到数据点的数目
D = mat(ones((m,1))/m) #init D to all equal;D表示每个数据点的权重,初始化为1/m
aggClassEst = mat(zeros((m,1)))
for i in range(numIt):
bestStump,error,classEst = buildStump(dataArr,classLabels,D)#build Stump;单层决策树
## plot_Fig(dataArr,classEst,bestStump)
print "D:",D.T
alpha = float(0.5*log((1.0-error)/max(error,1e-16)))#calc alpha, throw in max(error,eps) to account for error=0
#max(error,1e-16)用于确保错误为0时不会发生除0溢出
bestStump['alpha'] = alpha
weakClassArr.append(bestStump) #store Stump Params in Array,将alpha值添加到字典中
print "classEst: ",classEst.T
expon = multiply(-1*alpha*mat(classLabels).T,classEst) #exponent for D calc, getting messy
D = multiply(D,exp(expon)) #Calc New D for next iteration,计算新权重向量D
D = D/D.sum()
#calc training error of all classifiers, if this is 0 quit for loop early (use break)
aggClassEst += alpha*classEst
print "aggClassEst: ",aggClassEst.T
aggErrors = multiply(sign(aggClassEst) != mat(classLabels).T,ones((m,1))) #计算数据点哪个是错误
print 'aggErrors: ',sign(aggClassEst) != mat(classLabels).T
print 'aggErrors: ',aggErrors
errorRate = aggErrors.sum()/m #计算错误率
print "total error: ",errorRate
if errorRate == 0.0: break
return weakClassArr
加入画图函数:
'''
功能:画决策树的图
'''
def plot_Fig(xMat,yMat,weakClassArr):
xMat = mat(xMat)
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111)
for i in range(len(yMat)):
if yMat[i] == -1.0: #如果标签为-1,则将数据点标为蓝色方块
ax.scatter(xMat[i,0],xMat[i,1],color='b',marker='s') #注意flatten的用法
else: #如果标签为1,则将数据点标为红色圆形
ax.scatter(xMat[i,0],xMat[i,1],color='r',marker='o')
for i in range(len(weakClassArr)): #根据弱分类器数组画出决策树图形
if weakClassArr[i].get("dim") == 0:
y = arange(0.0,3.0,0.1)
x = weakClassArr[i].get("thresh") #得到阈值
x = repeat(x,len(y))
ax.plot(x,y)
if weakClassArr[i].get("dim") == 1:
x = arange(0.0,3.0,0.1)
y = weakClassArr[i].get("thresh")
y = repeat(y,len(x))
ax.plot(x,y)
plt.show()
运行命令:
dataMat,classLabels = loadSimpData()
weakClassArr = adaBoostTrainDS(dataMat,classLabels,9)
plot_Fig(dataMat,classLabels,weakClassArr)
运行结果:
D: [[ 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2]]
classEst: [[-1. 1. -1. -1. 1.]]
aggClassEst: [[-0.69314718 0.69314718 -0.69314718 -0.69314718 0.69314718]]
aggErrors: [[ True]
[False]
[False]
[False]
[False]]
aggErrors: [[ 1.]
[ 0.]
[ 0.]
[ 0.]
[ 0.]]
total error: 0.2
D: [[ 0.5 0.125 0.125 0.125 0.125]]
classEst: [[ 1. 1. -1. -1. -1.]]
aggClassEst: [[ 0.27980789 1.66610226 -1.66610226 -1.66610226 -0.27980789]]
aggErrors: [[False]
[False]
[False]
[False]
[ True]]
aggErrors: [[ 0.]
[ 0.]
[ 0.]
[ 0.]
[ 1.]]
total error: 0.2
D: [[ 0.28571429 0.07142857 0.07142857 0.07142857 0.5 ]]
classEst: [[ 1. 1. 1. 1. 1.]]
aggClassEst: [[ 1.17568763 2.56198199 -0.77022252 -0.77022252 0.61607184]]
aggErrors: [[False]
[False]
[False]
[False]
[False]]
aggErrors: [[ 0.]
[ 0.]
[ 0.]
[ 0.]
[ 0.]]
total error: 0.0
图形为:
三、ROC曲线
参考文献:
3、机器学习实战 李锐等译
从中得出:为什么用曲线下的面积(AUC)代表分类器的平均性能值。
加入绘制ROC曲线及计算AUC函数:
def plotROC(predStrengths, classLabels):
import matplotlib.pyplot as plt
cur = (1.0,1.0) #cursor绘制光标的位置
ySum = 0.0 #variable to calculate AUC;用于计算AUC的值
numPosClas = sum(array(classLabels)==1.0) #计算正例的数目
yStep = 1/float(numPosClas); #确定y坐标轴上的步长,因为当y为1时,对应的正例个数为numPosClas
xStep = 1/float(len(classLabels)-numPosClas) #计算x坐标轴上的步长,因为当x为1时,对应的负例个数为总数减去numPosClas
sortedIndicies = predStrengths.argsort()#get sorted index, it's reverse
fig = plt.figure()
fig.clf()
ax = plt.subplot(111)
#loop through all the values, drawing a line segment at each point
for index in sortedIndicies.tolist()[0]: #利用tolist()转化为列表,
if classLabels[index] == 1.0: #每得到一个标签为1.0的类,沿着y轴的方向下降一个步长,即不断降低真阳率(好好体会为什么这样做)
delX = 0; delY = yStep;
else:
delX = xStep; delY = 0; #类似
ySum += cur[1] #先对所有矩形的高度进行累加(当y值下降时不累加),最后再乘以xStep就是其总面积。
#draw line from cur to (cur[0]-delX,cur[1]-delY)
ax.plot([cur[0],cur[0]-delX],[cur[1],cur[1]-delY], c='b')
cur = (cur[0]-delX,cur[1]-delY) #更新绘制光标的位置
ax.plot([0,1],[0,1],'b--')
plt.xlabel('False positive rate'); plt.ylabel('True positive rate')
plt.title('ROC curve for AdaBoost horse colic detection system')
ax.axis([0,1,0,1])
print "the Area Under the Curve is: ",ySum*xStep
plt.show()
加入命令:
dataMat,classLabels = loadDataSet('horseColicTraining2.txt')
weakClassArr,aggClassEst = adaBoostTrainDS(dataMat,classLabels,5)
plotROC(aggClassEst.T, classLabels)
结果:
the Area Under the Curve is: 0.827282013186
#也就是说分对的概率为0.827282013186