MIMIC-IV数据库安装-3.0/3.1

1.软件准备

7-zip:配置环境变量(安装路径)

Postgressql:配置环境变量(安装路径/bin)

Navicat

2.文件夹准备

MIMIC-IV3.0数据:MIMIC-IV v3.0 (physionet.org)

MIMIC-IV3.0安装代码:https://github.com/MIT-LCP/mimic-code

简化流程(将所需sql都复制到MIMIC-IV3.0文件夹路径下),包括:create.sql, load_7z.sql, index.sql, function.sql 和 concepts_postgres文件夹

注意事项:更改create.sql中admissions里language VARCHAR(10)为language VARCHAR(100)

3.开始安装

打开Postgres依次运行以下代码

Drop database if exists mimiciv3;

create database mimiciv3 owner postgres;

### MIMIC-IV 3.0 数据集介绍 MIMIC-IV 3.0 是一个公开可用的大型重症监护医学数据库,包含了波士顿Beth Israel Deaconess医疗中心成人患者的数据。该数据集涵盖了详细的临床记录,包括但不限于生命体征、实验室测试结果、药物治疗方案以及护理人员的笔记等[^1]。 #### 主要组成部分 - **mimiciv_hosp**: 包含住院期间的一般信息,如诊断、程序编码和其他医院层面的信息。 - **mimiciv_icu**: 集中于重症监护病房内的高频率监测数据,例如每小时的生命体征测量值和机械通气设置参数。 这些表结构设计使得研究者能够方便地访问不同类型的时间序列数据,并支持多种类型的分析工作流。 ### 安装与配置指南 为了使用 MIMIC-IV 3.0 数据集,首先需要按照官方提供的指导完成本地环境搭建: 1. 下载并解压 PostgreSQL 的安装包; 2. 使用 `psql` 工具连接到目标服务器实例; 3. 执行 SQL 脚本以创建必要的模式和加载初始数据文件; 具体命令如下所示: ```sql -- 创建一个新的数据库用于存储 MIMIC IV 数据 CREATE DATABASE mimic; -- 连接到新建立的 mimiciii 数据库 \c mimic; -- 设置搜索路径以便后续操作可以找到正确的 schema SET search_path TO mimiciv_hosp, public; ``` 之后可以根据需求运行验证脚本来确认所有表格都已正确导入[^3]: ```sql DO $$ BEGIN IF EXISTS (SELECT FROM pg_tables WHERE schemaname = 'mimiciv_hosp' AND tablename = 'patients') THEN RAISE NOTICE 'Table patients exists.'; ELSE RAISE EXCEPTION 'Table patients does not exist!'; END IF; END $$; ``` 通过上述步骤即可成功部署 MIMIC-IV 3.0 至个人计算机或云端环境中供进一步的研究开发之用。 ### 相关问题 1. 如何获取最新的 MIMIC-IV 版本? 2. 是否有针对特定疾病的子集可以从 MIMIC-IV 中提取出来? 3. 在处理大规模时间序列数据时有哪些推荐的技术工具? 4. 怎样确保从 MIMIC-IV 获取的数据隐私性和安全性?
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