Materials Studio学习笔记（十三）——计算氢键、建立尺度分子

最新推荐文章于 2025-07-20 02:23:34 发布
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1 计算氢键

打开Materials Studio软件，导入尿素晶胞。点击import，选择Materials Studio文件夹中share，再选择Structure，再选择molecular-crystals，再在misc文件夹中选择urea.xsd文件：

导入情况如下所示：

下面开始计算氢键，点击Calculate Hydrogen Bonds选项栏中的Hydrogen Bond Options进行设置，这里是设置计算什么类型的氢键：

进入下面界面：

点击H-bond Geometry，这里可以设置多少距离和角度能够产生氢键，多少角度产生氢键。这里距离范围为0~4 Å，角度设置为0~180°（角度不包括180°），这里距离设置为4Å之内产生氢键，角度设置为90°内产生氢键：

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在materials studio软件统计分子间的氢键数脚本。。。
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AI智能探索者的博客
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但是，对于动力学的大体系，或者是几百上千的轨迹过程的氢键树目判断，确实不太可行的，因此，我们构建了以perl为基础的脚本文件实现对氢键的分析，具体分析结果如下所示。不仅如此，我们的脚本还实现了对在分子内氢键，分子间氢键的区分统计，如组分数目角度，脚本也可以灵活修改，以适应组分的变化。这是对最后一帧的数据统计，通过对最后一帧的统计，也可以是就算过程中的任意帧的统计，我们可以清洗的或者体系中氢键的数量和长度。在更多计算实例中，我们关注整个运行过程中的氢键数目变化，如下图，我们的脚本也可以收集过程的氢键信息。
基于MS的氢键分析脚本介绍
weixin_44873868的博客
10-03 3056
分子间氢键显著影响着聚合物链之间的相互作用。根据自由体积理论，分子间氢键的存在提高了聚合物分子链之间的引力，使得自由体积降低且聚合物达到临界自由体积分数所需要的能量升高。此外，分子链间的引力升高也导致分子链滞后损失增大，阻尼值也随之升高。因此在研究过程中，我们时常需要对氢键数目进行统计分析。 为了获得氢键的相关信息，我们首先要对结构进行动力学计算,MD模拟的求解过程通常包括以下四个步骤[81]: (1)选取合适的模型(包括力场的确定､系综的选取和边界条件的确定);(2)设定初始条件;(3)动力学演化(
Materials Studio学习笔记（二十二）——Forcite核心参数
m0_71981303的博客
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