我们前面介绍了 如何通过AlphaFold在线版对蛋白结构进行预测,但预测仅仅是一个开始,对于预测得到的PDB文件我们还需要选择Pymol
、Chimera
等软件对结果进行可视化。Pymol
需要大量的代码来得到我们想要的结果,上手难度较高;而今天我们介绍的ChimeraX
是一款简单易上手的软件,本次主要介绍ChimeraX
软件和蛋白结构的导入。
01: ChimeraX 介绍
UCSF ChimeraX(简称 ChimeraX )是一款由美国加州大学开发的免费分子可视化工具,目前已经更新到1.5版本(点击阅读原文跳转下载)。该软件下载速度慢,需要科学上网(VPN),后台回复ChimeraX可得到软件安装包。ChimeraX 可以从PDB数据库中直接导入蛋白结构,也可以将AlphaFold预测的结果进行可视化,该软件能展示