R语言中应用ieu数据库(IEU OpenGWAS project)进行在线分析,发现报错 “Error in if (out == "[]") { : argument is of length zero” ,应如何解决这一问题?
例如在提取数据运行代码
exposure_data <- extract_instruments(
outcomes = "ieu 查询 GWAS ID", # 指定 GWAS 数据集
p1 = 5e-08, # 过滤 SNP 的 p 值阈值
clump = TRUE, # 进行 SNP clumping
r2 = 0.001, # clumping 的 r^2 阈值
kb = 10000, # clumping 的窗口大小
opengwas_jwt = ieugwasr::get_opengwas_jwt() # 使用访问令牌
)
运行后出现报错
Error in if (out == "[]") { : argument is of length zero
将阈值 p1 = 5e-08, 放宽松至p1 = 5e-07或p1 = 5e-06,即可解决问题。