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RSS订阅原创 pycharm中的包导入
Python 会按照 sys.path 的顺序搜索模块，很可能它先找到了另一个不需要的 models 文件夹，从而导致 Model 没有被找到。会报错，显示没有我所需要的函数，检查了相应的文件，这个函数确实是存在的，并且函数名没有错误，所以又仔细看了一下自己的项目。项目结构如下，我是把用来做对比实验的代码放一块了...有点乱，不建议这样做。当我在Code/Code1/cc/main.py中导入。今天复现代码的时候遇到了包导入报错的问题，记录一下。发现在其他位置也有同名的文件夹和文件名！
2025-03-24 17:11:12
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原创 pycharm如何在虚拟环境和运行指令下debug
否则会报错：error running 'main' sdk is not defined for run configuration。Run > Debug Configurations > 在Script parameters输入框中输入运行指令中定义的参数即可。Select existing > Type 选择conda > 然后在Environment中找到自己创建的虚拟环境即可。1、如果自己创建了conda虚拟环境，需要先将这个虚拟环境设置为python解释器。
2025-03-05 16:24:30
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原创 RuntimeError: DataLoader worker (pid 186829) is killed by signal
DataLoader的worker由于共享内存不足而被系统终止。PyTorch的DataLoader使用了多进程（）来加速数据加载，而每个工作进程都需要一定的共享内存。如果系统的共享内存不足，就会触发。1、临时增加系统共享内存。
2025-02-21 11:22:27
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原创 TCGA组织切片图像下载
还有一些其他格式的数据可以下载，在右边的Download Associated Data里面，按需选择。现在已经打不开之前的1.0版本的官网了，所以记录一下2.0版本的操作过程。请问我应该如何获取每个样本对应的标签呢？他们所属的癌症类别是什么？2、选择上面的Repository，进一步筛选需要的文件格式。4、在购物车选择下载Cart，就是组织切片图像了。一般选择这个Tissue Slide就够了。3、选择自己需要的数据，加入购物车。1、选择自己想下载的组织。
2025-02-17 15:08:35
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原创 DeepSpeed操作
原因：如果使用torch的scheduler，由于需要提供optimizer参数，假如optimizer是用的deepspeed实现的optimizer，会报错（因为不是torch里的optimizer类）。解决：sudo mount -o remount,size=16G /dev/shm。看下自己的deepspeed的json文件中使用的是什么类型。解决方法2：使用deepspeed自带的学习率调度器。按照步骤把自己的模型继承deepspeed。环境配置按照上面视频中博主的过程即可。
2025-02-17 14:51:40
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原创 在pycharm里运行jupyter文件并在自己创建的虚拟环境中运行
点击Setting -> 项目：XXX ->Python interpreter -> add... -> 选择conda环境 -> 选择自己创建的虚拟环境。2、打开pycharm里的jupyter文件，在右上角找到配置的服务器，选择下拉框Config jupyter serve...4、然后需要将自己创建的虚拟环境添加到jupyter的解释器中。1、在终端运行jupyter notebook。首先要确保自己的jupyter可以正常运行。最后把解释器更换成创建的虚拟环境即可。3、把刚才复制的地址输入进去。
2024-11-05 19:14:29
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原创 git clone报错unable to access ‘.....‘
第一次遇到这个问题的时候，根据这位博主的文章成功解决。在原文章的评论区里找到了另一种方法，成功（具体如下）今天又出现了这个问题，再去使用之前的方法，失效了。
2024-10-29 09:06:47
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原创 Linux的Pycharm界面卡住
试了试一些查看正在运行的进程id的指令,查找pycharm进程都没反应。LInux系统中的Pycharm突然界面卡住了。又点开了两个也卡住了... ...最后使用pgrep成功。
2024-10-21 16:27:44
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原创 python绘制折线图添加的横纵坐标名只显示小方块没有字
更改字体仍无效，可能是matplotlib在处理中文字符时遇到了问题，可以指定设置一个支持中文的字体。，这样matplotlib将自动选择可用的系统默认字体。如图，字符显示不出，只有方框。使用系统默认字体： 将。
2024-09-23 09:01:32
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原创 Pytorch的矩阵学习
CSR：通过行指针、列索引和非零值表示稀疏矩阵（PyTorch的支持较少，主要使用COO格式）。的矩阵，分为稀疏COO矩阵（COO Format）和稀疏CSR矩阵（CSR Format）如果我们有一个稀疏矩阵，想要转成邻接矩阵，可以使用COO，但是注意，COO只会保留非零元素。标准的二维张量，存储所有元素（包括零元素）：一个二维张量，其中包含矩阵中非零元素的坐标。：一个一维张量，包含这些非零元素的值。：对角线上的元素都是1，其余元素都是0，可以使用。也就是常说的邻接矩阵。：一个表示矩阵形状的元组。
2024-09-19 21:22:21
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原创 No module named ‘torch_geometric‘（已解决）
这个网址内找到自己torch版本，点进去下载cluster、scatter、sparse、spline_conv这四个。cp后面是自己的python版本，根据自己的python版本选择合适的下载即可，下载路径放在自己项目里面就行。最后在终端pip install 文件名即可。
2024-08-26 16:30:06
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原创 《图神经网络基础前沿与应用》学习笔记2-cv
Yuan et al2017，Shen et al2020，Zhang et al2020b通过k近邻等语义相似度方法来计算当前帧中的每个节点与附近的帧，从而构建帧之间的时间关系。Jabri et al2020使用马尔可夫链将视频表征为一个图，通过动态调整来学习节点之间的随机游走，节点是图像小块，边是相邻帧的节点之间的密切关系。1、将图像或者视频划分成规则的网格，每个网格都是分辨率为（p，p）的图像小块，将每个网格作为一个图的顶点。二维图像对应的节点之间的边可以用不同的空间关系连接起来。
2024-08-07 16:50:44
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原创 autodl云端配置pytorch环境
最后使用下面这个指令安装成功了（后面的网址需要去torch-geometric网站看自己的torch版本对应的那些）有requirements.txt就直接安装这个，没有就一个一个自己安装。我自己需要的python版本并没有，所以要自己创建一个虚拟环境。这些版本在我的pycharm上都可以正常安装，不知道什么原因。然后配置pytorch环境，注意安装顺序，版本看自己需要。先把自己的代码打包上传到jupyter的目录中，并解压。
2024-04-06 18:46:15
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空空如也
关于bootstrap的问题
2023-04-04
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