使用IGV软件可视化染色质可及性

本文详细介绍了如何使用IGV软件对玉米基因组的染色质可及性进行可视化,涉及GFF3文件导入、MNase-seq数据处理以及特定区域的染色质开放性展示,展示了染色质研究中的一个重要工具和技术流程。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

前记

        染色质可及性(chromatin accessibility)是指DNA序列在植物细胞核中的可访问程度。染色质是由DNA和蛋白质组成的复杂结构,它紧密地包裹在细胞核中,并影响基因的表达和功能。染色质可及性研究着重于理解染色质是否容易被转录因子和其他调控蛋白访问,从而影响基因的表达。

        文献中,常常会有下面这种图片来表示基因组上的一些区域或基因的染色质开放性强弱。一般情况下,我们可以使用IGV软件或GSA-man软件进行可视化,两者的操作相似。这里,以IGV软件为例,演示如何对染色质可及性进行可视化。

一、IGV基因组浏览器的下载

官网下载即可,本文中下载的是Windows版。

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