2022年课题——下载TCGA黑色素瘤表达值,将多探针对应的基因取均值,SMDIC包转换成CIBERSORT细胞丰度矩阵(更新中)

本文介绍了如何从UCSC Xena下载TCGA黑色素瘤的表达数据和基因注释,通过R语言对多个探针对应的基因取均值。接着,利用SMDIC包将数据转换为CIBERSORT所需的细胞丰度矩阵,过程中遇到的Rtools和包安装问题也进行了记录和解决。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

一、下载黑色素瘤表达数据和基因注释信息数据

 

UCSC下载官网:

UCSC Xenahttps://xenabrowser.net/datapages/找到TCGA黑色素瘤数据:

点击FPKM的RNAseq的表达:

下载表达和注释数据:

二、R处理数据,多个探针对应基因取mean值

step 1

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