Ubuntu下安装配置MPICH2.1.4

 本篇介绍MPICH2在Linux系统上的基本安装配置过程，假设一共有两台机器，分别命名为node1和node2。

    1. 安装准备

    （1）设置主机名

    先在/etc/hosts中删除原来的hostname,然后 vi /etc/hostname改成你想要的，注意必须顶行写。然后使用hostname命令来重新得到hostname, logout一下再login就会改掉。

    （2）修改hosts文件

    Ifconfig 得到本机的ip

    node1的ip（192.168.1.1）   node1 server

    #个人认为这里的server加不加都可以就只是一个名字

    node2的ip（192.168.1.2）   node2

    （3）配置自动ssh登录

    配置自动ssh登录，即授权让node1和node2可以无密码的ssh登录对方以及自己，在node1和node2上运行ssh-keygen命令来产生公匙和私匙，分别把公匙内容增添到本机和对方机的~/.ssh/authorized_keys。

    具体做法：

    $ ssh-keygen -t rsa，之后一路回车，这一步将产生~/.ssh目录，以及两个文件d_rsa（私钥）和 id_rsa.pub（公钥）

    $ cd ~/.ssh

    $ cat id_rsa.pub 》 authorized_keys  把node1的公匙存到本地authorized_keys

    $ scp node1:~/.ssh/id_rsa.pub node2:~/.ssh/1.pub  把node1的公匙复制到node2

    $ ssh node2登录到node2

    $ ssh-keygen -t rsa在node2上产生一对公匙和私匙

    $ cd ~/.ssh

    $ cat id_rsa.pub 》 authorized_keys  把node2的公匙保存到本地authorized_keys

    $ scp node2:~/.ssh/id_rsa.pub node1:~/.ssh/2.pub  把node2的公匙复制到node1

    $ cat 1.pub 》 authorized_keys 把node1的公匙加入到node2的authorized_keys

    $ ssh node1  登录到node1

    $ cd ~/.ssh

    $ cat 2.pub 》 authorized_keys 把node2的公匙加入到node1的authorized_keys

    这里要保证authorized_keys的文件权限为600或者644：chmod 600 authorized_keys

    这样在两台电脑之间分别ssh登录过一次以后就能无密码登录了。

    注：另一种简便方法

    A） 在node1上执行 ssh-keygen -t rsa，将产生~/.ssh目录，以及两个文件d_rsa（私钥）和 id_rsa.pub（公钥）

    B） 在node1上执行cat id_rsa.pub 》 authorized_keys，把node1的公匙存到本地authorized_keys

    C） 执行scp -R node1:~/.ssh/ node2:~/  把node1的。ssh目录复制到node2 的home目录下

    D） 在node1执行ssh node2，然后在从node2执行ssh node1，输入几个“yes”就完成了。

2. 安装MPICH2

    从官网http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/index.php下载mpich2的最新版本mpich2-1.4.1p1.

    （1）创建目录并解压缩

    首先创建一个目录，将mpich安装到这个文件夹下

    mkdir mpich2

    在获得mpich2-1.4.1之后

    A） 将gzip压缩的文件解压：mpich2-1.4.1p1.tar

    gzip –d mpich2-1.4.1p1.tar.gz

    B） 将tar归档的文件解开

    tar xvf mpich2-1.4.1p1.tar

    C） 进入mpich2-1.4.1p1的目录

    cd mpich2-1.4.1p1

    （2）配置、编译

    A） 运行shell程序configure对mpich进行一些配置，使用smpd作为pm

    ./configure --prefix=/home/walter/mpich2 --with-pm=smpd --disable-f77 --disable-fc

    B） 编译和安装

    make

    make install

    注：在配置之前，要设置好系统时间，否则就会出现如下错误：

    pm的配置非常重要，安装时默认使用hydra 作为pm，而windows使用 smpd作为pm。因为对hydra不了解，如果配置时不指定pm，就会出现单机可以正确执行，而多机直接无法通信的问题。如：

    Fatal error in MPI_Send: Other MPI error, error stack:

    MPI_Send（173）……： MPI_Send（buf=0x2aa59cd5b8, count=70920, MPI_INTEGER, dest=0, tag=2, comm=0x84000001） failed

    MPIDI_CH3i_Progress_wait（214）……： an error occurred while handling an event returned by MPIDU_Sock_Wait（）

    MPIDI_CH3I_Progress_handle_sock_event（420）：

    MPIDU_Socki_handle_read（633）……： connection failure （set=0,sock=11,errno=104:Connection reset by peer）[cli_14]: aborting job:

    Fatal error in MPI_Send: Other MPI error, error stack:

    （3）设置环境变量

    将安装后MPICH2的bin目录“mpich2”添加到系统路径中

    Sudo vi /ect/environment  在PATH后面加上/home/yourname/mpich2/bin

    然后echo $PATH，看看有没有添加成功。再下一步which smpd,看看有没有找到相应的路径。

    3. 启动与测试

    （1）启动smpd

    smpd –s

    要求passphrase的值在所有节点上相等，因为在windows上也是用这个服务，所以可以实现，windows和linux的互联。

    （2）实验过程及结果

    我们利用MPICH2的示例程序进行测试，示例为计算圆周率，可以输入精度。

    A） 启动smpd:

    smpd -s

    B） 新建文件machinefile，内容为

    node1

    node2

    C） cd mpich2-1.4.1p1

    D） 执行

    单节点执行

    mpiexec –n 10  ./examples/cpi（n表示进程数）

    多节点执行

    mpiexec  -n 10 -machinefile machinefile ./examples/icpi

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