读《计算机辅助药物分子设计》

1.      药物设计方法主要有：基于小分子的药物设计方法和基于受体结构的药物设计方法

1)        基于小分子的药物设计方法（先导化合物的优化），主要包括

l  定量构效关系（QSAR）：将化合物的结构信息，理化参数与生物活性进行分析计算，建立合理的数学模型，研究结构和活性间的量变规律

l  药效团模型方法：药效团指的是一系列活性化合物具有的共同特征，这些特征包括特定的化学基团，氢键给体或受体，正电基团，疏水性基团等

2)        基于受体结构的药物设计方法（先导化合物的发现）

l  分子对接：受体和药物分子之间通过几何匹配和能量匹配而相互识别的过程。确定两个分子正确的相对位置和取向对新药的设计非常重要。

l  从头设计：根据受体的三维结构产生新的先导化合物。

2.      计算化学中的最优方法

1）数值优化方法：

l  基本结构：基于步长和信赖域

l  方法：

n  一元函数最优化：求零点、求函数极值

n  非光滑函数最优化：函数值比较

n  最陡下降