45、生物信息学工作流中生成数据转换器以助力服务组合

生物信息学工作流中生成数据转换器以助力服务组合

1. 数据转换器生成概述

在处理数据时，递归调用总是涉及更小的表达式对，这确保了程序在所有情况下都能终止。生成的数据转换器以 XQuery 表示，使其可执行。选择 XQuery 是因为它适合处理 XML 文档。为处理不确定性，程序的结果将是一个转换器集合，每个转换器都是一个将 XML 值转换为 XML 值集合的函数。

2. 生物信息学中的实例化

生物信息学平台根据需求和数据性质提供多种格式。基因组数据的表示有多种文本格式（如 FastQ、BED）和 XML 格式（如 BioXSD、phyloXML），其中文本格式最常用。此外，像 EDAM 这样的本体被用于组织和分类包括数据类型和格式在内的资源。
- 数据类型抽象 ：从这些资源出发定义服务的输入和输出类型，抽象数据类型时关注数据的信息内容和复合结构。以下是手动定义的一些类型示例：

> Accession = accession[string]
> SimpleSequence = simpleSequence[string]
> NucleotideSequence = ns[SimpleSequence]
> AminoAcidSequence = as[SimpleSequence]
> Biosequence = NucleotideSequence | AminoAcidSequence
> ComplexBiosequence = complexBiosequence[
    sequence[Bi