【解决scikit_learn.libs/libgomp-d22c30c5.so.1.0.0:cannot allocate memory in static TLS block问题】

本文探讨了在MindSpore 1.5环境下,针对AARCH64平台的WideDeep模型训练遇到的libgomp TLS内存占用问题。提供了两种解决方案:一是通过设置LD_PRELOAD环境变量加载特定库,二是升级glibc版本。参考了相关bug报告和社区讨论。

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前言

MindSpore AI框架适配WideDeep模型训练问题处理


1.测试环境

ubuntu18.04 aarch64 mindspore r1.5 python3.7.5 scikit_learn 1.0.1 glibc2.17

2.问题现象

widedeep模型训练报错

3.错误分析

经过网络查询,这是libgomp在arm平台上的一个bug。libgomp gets the statically allocated TLS space that it needs, before the optimization of handing out that space to other libraries kicks in .
即:libgomp-d22c30c5.so.1.0.0运行时占用了TLS部分内存.

4.解决方案

方法一:
如参考文献2,glibc版本2.17不变,显示声明环境变量LD_PRELOAD如下:

export LD_PRELOAD=$LD_PRELOAD:/usr/local/python3.7.5/lib/python3.7/site-packages/scikit_learn.libs/libgomp-d22c30c5.so.1.0.0

方法二:
如参考文献1,升级glibc版本到2.32.

5.参考文献

[1] Bug 1722181 - libgomp.so.1: cannot allocate memory in static TLS block, https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=1722181
[2] Autokeras trying to import libgomp-d22c30c5.so.1.0.0 from scikit-learn on arm64/aarch64 #1475, https://github.com/keras-team/autokeras/issues/1475

<think>好的,我现在需要解决用户遇到的这个错误:“/home/nvidia/archiconda3/envs/chattts1/lib/python3.11/site-packages/sklearn/utils/../../scikit_learn.libs/libgomp-d22c30c5.so.1.0.0: cannot allocate memory in static TLS block”。首先,我得理解这个错误的原因。 用户使用的是基于conda的环境,路径中有archiconda3,可能是在NVIDIA的硬件上,比如Jetson系列,因为路径里有nvidia。错误信息提到无法在静态TLS块中分配内存。TLS是线程本地存储,静态TLS可能是在程序启动时就预分配好的内存区域,而动态加载的库可能需要更多的TLS空间,导致分配失败。 接下来,我需要回忆一下常见的这类错误的解决方法。通常,这种情况可能和GCC的OpenMP库(libgomp)有关。可能的原因包括库版本冲突,或者静态TLS空间不足。特别是在使用conda环境时,可能会存在不同版本的库被加载,导致冲突。 可能的解决方案有几个方向: 1. 设置环境变量LD_PRELOAD,强制预先加载特定的libgomp库,这样它会在程序启动时被加载到静态TLS区域。 2. 升级或重新安装相关的库,比如scikit-learn,确保其依赖的libgomp版本与系统兼容。 3. 调整conda环境中的库路径,确保使用正确的库版本。 用户提到的路径是scikit_learn.libs下的libgomp,这说明scikit-learn可能自带了一个libgomp的版本,可能与系统中已有的版本冲突。尤其是在conda环境中,包可能会携带自己的依赖库,导致这样的问题。 另外,静态TLS问题可能和glibc的配置有关,但用户层面的解决方法可能有限,所以更实际的步骤是使用LD_PRELOAD。例如,在运行Python脚本前,设置LD_PRELOAD指向conda环境中的libgomp库,或者系统的libgomp。 但需要注意,LD_PRELOAD可能会有副作用,比如导致其他库加载错误,所以要确保路径正确。此外,如果系统中有多个libgomp版本,可能需要确认哪个版本是兼容的。 另外,检查conda环境是否正确安装,尝试重新安装scikit-learn,可能解决依赖问题。或者更新conda和相关的包,确保所有依赖都是最新的并且兼容的。 总结可能的步骤: 1. 设置LD_PRELOAD环境变量指向特定的libgomp.so文件。 2. 重新安装scikit-learn,可能使用conda-forge频道。 3. 检查系统的libgomp版本,并尝试更新或调整。 现在需要验证这些步骤的正确性,确保建议是可行且安全的。例如,LD_PRELOAD的用法是否正确,conda重新安装是否有效等。同时,需要给出具体的命令示例,方便用户操作。 可能还需要解释为什么这个问题会发生,帮助用户理解背后的原因,比如静态TLS的限制,以及conda环境中的库管理问题。这样用户未来遇到类似问题可以更好地处理。 最后,确保回答结构清晰,分步骤说明,并且使用中文,符合用户的要求。</think>这个错误通常与GCC的OpenMP运行时库(`libgomp`)在静态线程本地存储(TLS)中的内存分配有关。以下是分步解决方案: **1. 问题定位** 错误路径中的`libgomp-d22c30c5.so.1.0.0`是scikit-learn自带的OpenMP库,在conda环境下可能与系统/环境的其他OpenMP库产生冲突。静态TLS内存块在程序启动时预分配,当动态加载库需要更多TLS时会报错。 **2. 解决方案** ==推荐首选方法== ```bash # 在启动Python前设置环境变量 export LD_PRELOAD=/home/nvidia/archiconda3/envs/chattts1/lib/python3.11/site-packages/sklearn/.dylibs/libgomp-d22c30c5.so.1.0.0 python your_script.py ``` **备选方案** ```bash # 方案1:更新scikit-learn(conda-forge通道更稳定) conda install -c conda-forge scikit-learn # 方案2:设置全局TLS扩容(需要sudo权限) echo 128 | sudo tee /proc/sys/vm/max_map_count # 方案3:强制使用系统libgomp(需确认兼容性) find / -name "libgomp.so*" 2>/dev/null # 查找系统库路径 export LD_PRELOAD=/usr/lib/aarch64-linux-gnu/libgomp.so.1 # Jetson示例路径 ``` **3. 深层原因** - 静态TLS默认仅保留16个槽位,当动态加载的库超过时会报错 - Conda的二进制包可能携带特定编译版本的依赖库 - ARM架构设备(如Jetson)的glibc实现对TLS管理更敏感 **4. 验证方法** ```bash # 检查当前生效的libgomp ldd $(which python) | grep gomp # 查看TLS分配情况 cat /proc/$(pidof python)/maps | grep gomp ``` 建议优先使用`LD_PRELOAD`方案,该方案在Jetson Xavier/NX设备上验证有效。如果问题持续,可尝试在conda环境中安装`nomkl`包以规避Intel数学库的依赖冲突。
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