DPABI 的DPARSFA界面参数

已于 2024-04-09 18:07:45 修改
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分类专栏： DPABI 文章标签： matlab
于 2024-04-09 18:06:03 首次发布
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/learner_jj/article/details/137562115
本文主要讲述了作者对静息态功能性磁共振成像(fMRI)处理过程中的初步理解，特别关注了dpABI界面中众多参数，并承诺后续会分享更详细的处理步骤。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

整个静息态fMRI 影像处理，一个dpabi界面上参数好多呀，先初步理一遍，后面具体处理了再补充记录
在这里插入图片描述

DPARSF A数据预处理界面功能介绍笔记
ZY_brain的博客
10-24 3236
好记性不如烂笔头_fMRI小白入门笔记2
Dpabi数据预处理（无T1结构图像）
weixin_46336401的博客
03-09 4522
使用Dpabi对fMRI功能性图像（无T1图像）进行预处理
DPABI使用教程
qq_54641516的博客
07-24 6637
DPABI使用
【Dpabi】QC板块应用的初步学习
m0_61095786的博客
03-08 2074
dpabi QC功能的使用
DPARSFA数据说明
qq_42795316的博客
11-21 1373
下划线“_”之前的部分代表指标名称以及指标经过的处理，“m”代表这些指标的数值减去了该被试全脑所有voxel的均值，“z”代表代表这些指标的数值减去了该被试全脑所有voxel的均值并除以标准差。该文件夹内存储的功能数据在FunImgARCWF或者FunImgARglobalCWF中数据不同，被配准到了对称的脑结构模板上，以便于VMHC的计算（参见“静息态功能磁共振指标”中有关体素镜像同伦连接的部分）。该文件夹下存储的是在FunImgAR文件中数据的基础上进行了噪声去除（不包括全局信号回归）后的数据文件。
matlab错误dparsfa,[医学]静息态磁共振数据处理.pdf
weixin_39624071的博客
03-18 383
[医学]静息态磁共振数据处理静息态脑功能数据处理培训张寒杭州师范大学认知与脑疾病研究中心napoleon1982@2011/11/10主要内容• Matlab基本操作• REST/DPARSF/DPARSFA软件介绍• SPM处理数据常遇到的问题• ICA分析静息态fMRI数据• 静息态近红外脑功能成像(fNIRS)主要内容• Matlab基本操作• REST/DPARSF/DP...
DPABI将fMRI和T1结构像DICOM转为NIFTI并查看扫描参数
learner_jj的博客
04-12 1612
DPABI将DICOM转nii
matlab错误dparsfa,DPARSFA做任务fMRI数据预处理报错
weixin_39574388的博客
03-18 951
老师您好，请问，我用DPARSFA做任务fMRI数据预处理时报错，我是选的模板里面的Task fMRI data preprocessing 这一项，根据我的扫描参数修改了一下，结果报错如下，请问该如何解决？谢谢！！错误使用 file_array/subsref>subfun (line 80)在 'file2mat' 的工作进程上引发了 UndefinedFunction 错误。这可能是因...
matlab 使用dpabi时报错错误使用DPARSFA_run(line 631)索引超出矩阵维度
05-13
请检查您输入的数据维度是否正确，并确保您的数据是按照DPABI的要求进行预处理的。您可以参考DPABI的官方文档来了解如何正确地进行数据预处理。 如果您输入的数据维度正确，那么可能是其他问题导致的错误。您可以...
在docker环境下安装dpabi
qq_40181639的博客
07-28 1077
以前都是在matlab中运行dpabi，matlab安装起来很麻烦，而且安装包很大，我现在用的版本已经有20g，在换电脑的时候重新安装一遍matlab都要小半天。遗憾的是在今年6月份的时候docker官网墙了，所以我的docker环境配置也是用别人安装包装的。2.docker镜像在官网就可以下，有百度云链接，如果docker可以直接通过pull抓下来，毕竟百度云的速度真的不一般。安装过程很简单，官网写的也很明白，会写这篇是因为不太熟悉很多软件，导致安装过程出现了很多小问题。不再多说废话了，开始安装流程。
fMRI质量预检查与服务器批量处理：时间点、体素尺寸批量审查与Dpabi(DPARSFA)服务器上无GUI无弹窗处理脑功能影像（附matlab脚本）
意疏的学习笔记
01-30 4854
| 图源-slice | 工具：dpabi5.0, spm12, NIfTI_20140122(密码：iizk)      我们知道在进行fMRI预处理的时候，要求所有被试时间点相同，它将直接影响到slice timing的顺利执行，另外要求每个体素的尺寸也相同。fMRI数据一般是4D的，不能直接看个数，但是可以通过MRIcro查看每个被试的时间点数和体素尺寸，不过很麻烦。笔者没有找到可以一次性审查全部被试时间点和体素尺寸的程序，所以自己写了一个，放在这里供大家参考。   另外，dpabi是一个比较强大的.
matlab错误dparsfa,我是新手，用DPARSFA的时候总遇到很多问题。
weixin_31320437的博客
03-29 1197
你好，我照你说的把SPM8升级了，但是这次一开始就出了错。In spm_jobman at 107In DPARSFA_run at 235In DPARSFA>pushbuttonRun_Callback at 969In gui_mainfcn at 96In DPARSFA at 30---------------------------------------------------...
matlab错误dparsfa,DPARSFA 出错
weixin_42356803的博客
03-18 1115
Matlab 2012aWin2008 64bitREST 1.8DPARSFA 2.2选项及操作内容见附件，我没有处理被试的T1图像，不知道在DPARSFA 中应该如何处理设置Matlab 出错信息如下，多谢指教，谢谢！Index exceeds matrix dimensions.Error in y_Normalize_WriteToMNI_DARTEL (line 47)SPMJOB.ma...
matlab错误dparsfa,[转载]总结：新版dparsfA的文件夹内容&旧版dparsf的总结
weixin_28902341的博客
03-18 1211
(含有ra*数据，及处理当天日期.ps文件)RealignParameter---- Realign 数据参数数据(含有每个被试meana*头动img文件，及rp_a*txt：等严老师PPT里提及的头动参数文件)ReorientMats----Reorient AC forFunImg & T1Img(*ReorientFunImgMat.mat &*ReorientT1ImgMa...
matlab错误dparsfa,DPARSFA新版跑Dartel出错
weixin_30967451的博客
03-29 957
各位先进：我又来问问题了谢谢严老师之前的回复，前几个在论坛提出的问题都解决了。但是最近在跑Dartel的时候出了问题如下：请各位高手在解答，感激不尽Running DARTEL: Create Template.------------------------------------------------------------------------Running job #2--------...
dparsf是什么_用DPARSF跑数据时出现的error，请各位老师帮忙看看这是什么意思呢？...
weixin_39782355的博客
12-20 719
Running job #1------------------------------------------------------------------------Running 'Deformations'Done 'Deformations'DoneWarp Masks (D:\mattool\DPARSF_V2.3_130615\Templates\BrainMask_05_9...
matlab错误dparsfa,DPARSFA预处理报错
weixin_39886469的博客
03-18 1181
dear experts：参数： 运行环境matlab2013a，spm8update ，试过spm12update, spm8 ,spm12; 也试过matlab2010a,都不能run。Q1：如果把slice timing 这一步不勾选，则能够运行到normalize to MNI space，why?Q2:运行到normalize to MNI space后没有报错，也不继续，怎么没有接着s...
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04-02 1万+
DPABI是是中科院心理研究所严超赣老师团队开发的一款磁共振脑影像数据分析工具包。基于SPM，在安装DPABI之前需要安装好SPM，才能正常使用。SPM的安装方法见文matlab2021a版本条件下安装spm_kidllll的博客-优快云博客 1、下载安装包 下载地址：DPABI: a toolbox for Data Processing & Analysis for Brain Imaging | The R-fMRI Network 2、将下载好的dpabi文件夹移动到matl..
dparsfa报错
最新发布
07-05
在使用 DPARSFA 进行任务态 fMRI 数据预处理时，常见的报错问题可能涉及图像格式、路径设置、模板匹配或 MATLAB 环境配置等多个方面。以下是一些常见错误及其解决方案： ### 3.1 路径中包含中文或特殊字符导致的错误 如果路径中包含中文或空格等特殊字符，可能会导致 DPARSFA 在调用 SPM 或其他工具时出错。例如： ``` Cropping NIfTI/Analyze image D:\PROGRAMFILES\ANALYSIS\T1IMG\SUB02\o20150922_094526MPRAGE201509101s004a1001C.nii ``` **解决方法：** - 将所有文件路径改为全英文且不含空格。 - 不建议将数据存放在 `Program Files` 或系统目录下，应选择如 `D:\Data` 等简洁路径。 ### 3.2 模板与功能数据维度不匹配 错误提示如下： ``` Reslice FCROI_Mask (E:\Download\fMRI_tang\DPABI_V2.1_160415\Templates\HarvardOxford-cort-maxprob-thr25-2mm_YCG.nii) for "101010816262" since the dimension of mask mismatched the dimension of the functional data. ``` **解决方法：** - 确保所使用的 ROI 模板（如 Harvard-Oxford 模板）与功能图像的空间分辨率和维度一致。 - 可以使用 SPM 的 `reslice` 功能或 FSL 的 `flirt` 命令对模板进行重采样，使其与功能图像对齐。 - 修改 DPARSFA 设置中的模板路径为与当前数据兼容的模板文件。 ### 3.3 MATLAB 函数缺失或版本不兼容 DPARSFA 是基于 MATLAB 编写的工具箱，依赖于 SPM 和 REST 工具包。若未正确安装这些依赖项，或 MATLAB 版本不兼容，也可能引发错误。 **解决方法：** - 确认已安装 SPM（推荐使用 SPM12）并将其添加到 MATLAB 路径中。 - 确保 DPABI/DPARSFA 的安装路径也已加入 MATLAB 路径。 - 使用兼容的 MATLAB 版本（通常 R2014a ~ R2018b 较为稳定）。 ### 3.4 预处理流程设置不当 在选择“Task fMRI data preprocessing”选项时，需根据扫描参数正确设置 TR、层厚、层数、扫描顺序等参数。若设置错误，可能导致后续配准或滤波失败。 **解决方法：** - 回顾扫描参数并确保输入值准确无误。 - 若不确定某些参数（如 slice order），可尝试使用默认设置或从 DICOM 文件中提取相关信息。 ### 3.5 示例代码：检查模板与功能图像是否匹配 ```matlab % 加载模板和功能图像 template = spm_read_vols(spm_vol('HarvardOxford-cort-maxprob-thr25-2mm.nii')); func_img = spm_read_vols(spm_vol('Filtered_4DVolume.nii')); % 检查空间维度 disp(['Template dimensions: ', num2str(size(template))]); disp(['Functional image dimensions: ', num2str(size(func_img))]); % 若维度不同，则进行重采样 if ~isequal(size(template), size(func_img)) cmd = ['spm_reslice(', '''HarvardOxford-cort-maxprob-thr25-2mm.nii'', ''', ' -w', num2str(func_img.dim(1)), 'x' ,num2str(func_img.dim(2)), 'x' ,num2str(func_img.dim(3)), ''')']; eval(cmd); end ```
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