DPABI 的DPARSFA界面参数

原创 已于 2024-04-09 18:07:45 修改 · 681 阅读 · 7 ·
CC 4.0 BY-SA版权
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
文章标签：

#matlab

于 2024-04-09 18:06:03 首次发布
本文主要讲述了作者对静息态功能性磁共振成像(fMRI)处理过程中的初步理解，特别关注了dpABI界面中众多参数，并承诺后续会分享更详细的处理步骤。

整个静息态fMRI 影像处理，一个dpabi界面上参数好多呀，先初步理一遍，后面具体处理了再补充记录
在这里插入图片描述

DPABI安装教程
qq_42356925的博客
04-02 1万+
DPABI是是中科院心理研究所严超赣老师团队开发的一款磁共振脑影像数据分析工具包。基于SPM，在安装DPABI之前需要安装好SPM，才能正常使用。SPM的安装方法见文matlab2021a版本条件下安装spm_kidllll的博客-优快云博客 1、下载安装包 下载地址：DPABI: a toolbox for Data Processing & Analysis for Brain Imaging | The R-fMRI Network 2、将下载好的dpabi文件夹移动到matl..
Dpabi数据预处理（无T1结构图像）
weixin_46336401的博客
03-09 4897
使用Dpabi对fMRI功能性图像（无T1图像）进行预处理
DPABI使用教程
qq_54641516的博客
07-24 1万+
DPABI使用
matlab错误dparsfa,DPARSFA 报错
weixin_42468413的博客
03-29 979
出错内容如下 win2008，Matlab2011b ，DPARSF V2.2_121225，Rest 1.8任务设置文件见附件多谢指教！Error using y_ExtractROISignal (line 188)Wrong ROI definition, please check:D:\FTP\Process_new\Masks\20121121002_BrainMask_05_91x10...
【Dpabi】QC板块应用的初步学习
m0_61095786的博客
03-08 2472
dpabi QC功能的使用
DPABI将fMRI和T1结构像DICOM转为NIFTI并查看扫描参数
learner_jj的博客
04-12 1979
DPABI将DICOM转nii
【DPABI教程】DPARSF详细教程笔记
热门推荐
Absolute Zero
08-19 9万+
前言 最近在学习使用DPABI对fMRI数据进行分析处理，在处理过程当中难免会遇到一些小问题，而且处理步骤繁多，因此对DPARSF（主要针对体空间分析）的整个处理流程整理成笔记，中间会加上一些自己在处理过程当中遇到的问题和思考，但主要还是参照严老师的教学视频整理的，尽可能把细节详细地记录下来，希望在今后预处理和数据分析的时候尽量少出错。 严老师的官方教程：http://rfmri.org/Course DPABI版本：V4.3_200401 （这是目前最新的版本，听说不久后将会推出新版本，具体可关注官
dparsfa功能连接
02-27
### dparsfa 功能连接 使用指南与故障排除 #### 1. T1Raw 的用途 T1Raw 文件主要用于结构像处理，在 DPABI/DPARSF 中用于配准和分割等功能。这些文件通常来自高分辨率的 T1 加权 MRI 扫描，能够提供大脑解剖结构的...
DPABI预处理
07-15
- 在 MATLAB 命令行中输入 `dpabi` 并回车，启动 DPABI 界面。 - 在“选择模板”界面中，选择空白模板并导入被试数据。 - 数据目录结构需严格遵循要求：建立工作目录（如 `F:\MDD\Analysis`），其中包含 `FunRaw`...
dpabi索引超过数组数量
07-22
在 DPARSFA 界面中： - 先单独运行 `Slice Timing` 步骤验证维度 - 再逐步添加 `Realign` → `Coregister` → `Normalize` - 定位具体报错的预处理模块 5. **软件更新与日志检查** - 升级到 [DPABI 最新版]...
DPARSFA数据说明
qq_42795316的博客
11-21 1641
下划线“_”之前的部分代表指标名称以及指标经过的处理，“m”代表这些指标的数值减去了该被试全脑所有voxel的均值，“z”代表代表这些指标的数值减去了该被试全脑所有voxel的均值并除以标准差。该文件夹内存储的功能数据在FunImgARCWF或者FunImgARglobalCWF中数据不同，被配准到了对称的脑结构模板上，以便于VMHC的计算（参见“静息态功能磁共振指标”中有关体素镜像同伦连接的部分）。该文件夹下存储的是在FunImgAR文件中数据的基础上进行了噪声去除（不包括全局信号回归）后的数据文件。
matlab错误dparsfa,[医学]静息态磁共振数据处理.pdf
weixin_39624071的博客
03-18 399
[医学]静息态磁共振数据处理静息态脑功能数据处理培训张寒杭州师范大学认知与脑疾病研究中心napoleon1982@2011/11/10主要内容• Matlab基本操作• REST/DPARSF/DPARSFA软件介绍• SPM处理数据常遇到的问题• ICA分析静息态fMRI数据• 静息态近红外脑功能成像(fNIRS)主要内容• Matlab基本操作• REST/DPARSF/DP...
fMRI质量预检查与服务器批量处理：时间点、体素尺寸批量审查与Dpabi(DPARSFA)服务器上无GUI无弹窗处理脑功能影像（附matlab脚本）
意疏的学习笔记
01-30 5128
| 图源-slice | 工具：dpabi5.0, spm12, NIfTI_20140122(密码：iizk)      我们知道在进行fMRI预处理的时候，要求所有被试时间点相同，它将直接影响到slice timing的顺利执行，另外要求每个体素的尺寸也相同。fMRI数据一般是4D的，不能直接看个数，但是可以通过MRIcro查看每个被试的时间点数和体素尺寸，不过很麻烦。笔者没有找到可以一次性审查全部被试时间点和体素尺寸的程序，所以自己写了一个，放在这里供大家参考。   另外，dpabi是一个比较强大的.
matlab错误dparsfa,我是新手，用DPARSFA的时候总遇到很多问题。
weixin_31320437的博客
03-29 1245
你好，我照你说的把SPM8升级了，但是这次一开始就出了错。In spm_jobman at 107In DPARSFA_run at 235In DPARSFA>pushbuttonRun_Callback at 969In gui_mainfcn at 96In DPARSFA at 30---------------------------------------------------...
matlab错误dparsfa,DPARSFA 出错
weixin_42356803的博客
03-18 1141
Matlab 2012aWin2008 64bitREST 1.8DPARSFA 2.2选项及操作内容见附件，我没有处理被试的T1图像，不知道在DPARSFA 中应该如何处理设置Matlab 出错信息如下，多谢指教，谢谢！Index exceeds matrix dimensions.Error in y_Normalize_WriteToMNI_DARTEL (line 47)SPMJOB.ma...
matlab错误dparsfa,[转载]总结：新版dparsfA的文件夹内容&旧版dparsf的总结
weixin_28902341的博客
03-18 1273
(含有ra*数据，及处理当天日期.ps文件)RealignParameter---- Realign 数据参数数据(含有每个被试meana*头动img文件，及rp_a*txt：等严老师PPT里提及的头动参数文件)ReorientMats----Reorient AC forFunImg & T1Img(*ReorientFunImgMat.mat &*ReorientT1ImgMa...
DPARSF A数据预处理界面功能介绍笔记
ZY_brain的博客
10-24 3449
好记性不如烂笔头_fMRI小白入门笔记2
matlab错误dparsfa,DPARSFA做任务fMRI数据预处理报错
weixin_39601743的博客
03-29 922
老师您好，请问，我用DPARSFA做任务fMRI数据预处理时报错，我是选的模板里面的Task fMRI data preprocessing 这一项，根据我的扫描参数修改了一下，结果报错如下，请问该如何解决？谢谢！！错误使用 file_array/subsref>subfun (line 80)在 'file2mat' 的工作进程上引发了 UndefinedFunction 错误。这可能是因...
matlab错误dparsfa,DPARSFA新版跑Dartel出错
weixin_30967451的博客
03-29 985
各位先进：我又来问问题了谢谢严老师之前的回复，前几个在论坛提出的问题都解决了。但是最近在跑Dartel的时候出了问题如下：请各位高手在解答，感激不尽Running DARTEL: Create Template.------------------------------------------------------------------------Running job #2--------...
DPARSFA分析流程的关键参数有哪些？
最新发布
11-26
由于提供的引用内容未涉及DPARSFA分析流程的关键参数相关信息，结合专业知识，DPARSFA（Data Processing Assistant for Resting-State fMRI）是一款用于静息态功能磁共振成像（fMRI）数据处理和分析的软件，其分析流程的关键参数如下： ### 数据预处理阶段 - **层间时间校正**：不同层的图像采集时间存在差异，需进行校正。关键参数为重复时间（TR）和每层的采集时间间隔，确保各层数据在时间上对齐。 ```python # 示例代码，示意层间时间校正参数设置 slice_timing_correction(TR=2.0, slice_time_intervals=[0.1, 0.2, ...]) ``` - **头动校正**：去除扫描过程中头部运动的影响。通常以平均图像为参考，计算每个时间点图像的平移和旋转参数，最大允许的头动范围一般设置为不超过2 - 3mm的平移和2 - 3°的旋转。 ```python # 示例代码，示意头动校正参数设置 motion_correction(max_translation=2.0, max_rotation=2.0) ``` - **空间标准化**：将个体的脑图像映射到标准脑模板空间。常用的标准模板有MNI（Montreal Neurological Institute）模板，关键参数包括标准化算法的选择（如SPM的DARTEL算法）和模板的选择。 ```python # 示例代码，示意空间标准化参数设置 spatial_normalization(algorithm='DARTEL', template='MNI') ``` - **平滑**：增加图像的信噪比。平滑核的大小是关键参数，一般设置为4 - 8mm的高斯核。 ```python # 示例代码，示意平滑参数设置 smoothing(kernel_size=6.0) ``` ### 静息态功能指标计算阶段 - **低频振幅（ALFF）和分数低频振幅（fALFF）**：计算时关键参数是低频范围的界定，通常低频范围设置为0.01 - 0.08Hz。 ```python # 示例代码，示意ALFF/fALFF计算参数设置 alff_falff_calculation(low_freq=0.01, high_freq=0.08) ``` - **局部一致性（ReHo）**：计算每个体素与其邻域体素的肯德尔和谐系数。邻域的大小是关键参数，一般设置为27个体素（3x3x3的邻域）。 ```python # 示例代码，示意ReHo计算参数设置 reho_calculation(neighborhood_size=27) ``` - **功能连接分析**：常用的方法有皮尔逊相关分析。关键参数包括感兴趣区（ROI）的定义和相关系数的阈值，一般阈值设置为0.2 - 0.5。 ```python # 示例代码，示意功能连接分析参数设置 functional_connectivity_analysis(roi_definition='AAL', correlation_threshold=0.3) ```
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值