Lantary的博客

进行基于read的物种注释。这种基于read的物种注释方法不依赖于contigs的组装质量，直接通过read和参考基因组比对得到丰度，从原理上讲会比基于bin模式的物种注释快上许多，但是这种基于read的比对模式高度依赖参考基因组的准确性，完整性。适用于人类相关微生物，小鼠相关微生物或者其他研究较为深入的微生物环境。而比较复杂的环境微生物可能用这种方式注释出来的物种会不太准确。基于read的宏基因组物种注释的软件有很多，如。若无法使用命令自动下载，则手动下载。列，这些列是表示次选的物种。

博客原文在上一篇文章中，详细的介绍了宏基因组如何下载以及如何使用fastp进行质控，本篇文章主要聚焦于如何对宿主污染进行去除。如何判断存在宿主污染的方法在上一篇文章中有提到，即GC含量严重偏离正态分布时我们就认为原始数据存在宿主污染，这里介绍的去除宿主污染的工具是bowtie2，同样的也有很多其他软件可以做到去污染，如bwa，kneaddata等软件。事实上，去除宿主污染的基本原理就是通过将原始的fastq序列跟人类的参考基因组进行比对，去除比对上的read或者高度匹配的read实现去除宿主污染。显然，这种

最近正在学习如何处理高通量测序的数据，我认为要处理高通量测序数，那么对测序原理要有一个清晰的认识，本篇文章介绍了sanger测序，二代测序的测序原理