Rosetta在Ubuntu 24.04 LTS的安装

下载

https://downloads.rosettacommons.org/software/academic/
Download Rosetta 3.14
tar -jxvf rosetta.source.release-371.tar.bz2

安装

试conda安装没有成功。所以还是下载代码安装。
参考了各种文章，但是ubuntu24，较新的python都让多次尝试我无功而返。
最后参考Deepseek指导的方法安装。conda了python 2.7的环境。先凑合用，之后有问题再装其他版本。
但是mpi是用apt install安装的。conda装的话调用gcc时候总是有各种问题。

sudo apt install openmpi
#测试
mpirun --version
mpirun (Open MPI) 4.1.6
conda create -n rosetta_env python=2.7
conda activate rosetta_env
conda install -c conda-forge gcc boost zlib

设置环境变量
在.bashrc或当前会话中配置：我只在当前会话配置了

export CXX=g++
export CC=gcc
export PATH="$CONDA_PREFIX/bin:$PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="$CONDA_PREFIX/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

进入/main/source j后面的数是线程数。大概5-10分钟完成了编译。

./scons.py -j26 mode=release bin extras=mpi

在 ~/.bashrc 路径加入rosetta bin

export PATH=XXX/main/source/bin

测试

创建一个目录，放pdb文件input.pdb

relax.mpi.linuxgccrelease -in:file:s input.pdb -out:path output/

在当前目录生成了两个文件，input_0001.pdb和score.sc

查看一下pdb，确实relax了。

感谢Deepseek