Python实现随机DNA序列，生成文件并匹配相似度文件

最新推荐文章于 2024-10-13 22:59:48 发布

置顶 kermit0327

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分类专栏： Python代码文章标签： Python 随机序列

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本文介绍了一种使用Python生成随机DNA序列的方法，并通过比较这些序列与一个样本序列的相似度来展示序列匹配过程。首先，利用random模块从预定义的碱基中随机选择生成固定长度的DNA序列，并将这些序列写入文件。然后，读取文件中的所有序列，与一个例序列进行对比，计算并记录每个序列与例序列的匹配碱基数。最后，将匹配结果按匹配度排序，并将排序后的结果写入另一个文件。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

#导入模块
import random
seed='ABCD'
f=open('dna1.txt','w')
for j in range(2000):
    s=''
    for i in range(20):
        s+=random.choice(seed)
    f.write('S'+str(j).zfill(5)+'\t'+s+'\n')
f.flush()
f.close()

f=open('dna1.txt','r')
dict={}

#相似度匹配的例序列
sample='S00004	ADDABDADDBDABCAAABAB'
for i in f:
    i=i.replace('\n','')
    dict[i]=0
print(dict.items())
f.close()

for i in dict.keys():
    con=0
    for j in range(20):
        if i[-20:][j]==sample[-20:][j]:
            con+=1
    dict[i]=con

list1=sorted(dict.items(), key=lambda  x:x[1],reverse=True)
print(list1)

f=open('result.txt','w')
for i in list1:
    f.write(str(i)+'\n')

f.close()