37、蛋白质结构分析与相关工具使用指南

蛋白质结构分析与相关工具使用指南

在蛋白质结构分析领域，我们常常需要对蛋白质中的硫原子进行研究，以确定潜在的硫氧还蛋白（Trx）靶点。下面将详细介绍相关的分析方法和工具使用。

1. 突出候选硫原子

在分析蛋白质结构时，我们可以通过一系列操作突出候选硫原子。以Desulfovibrio fructosovorans的NiFe - 氢化酶晶体结构为例，我们关注Cys 546、Cys 75、Cys 259和Cys 436这几个半胱氨酸的硫原子。具体操作步骤如下：
1. 隐藏水分子：使用 hide water 命令去除水分子的显示，减少干扰。
2. 缩小原子球体：执行 spacefill off 命令，缩小原子球体的显示大小。
3. 选择γ - 硫原子：使用 select cys436.sg, cys259.sg, cys75.sg, cys546.sg 命令选择特定半胱氨酸的γ - 硫原子。
4. 放大γ - 硫原子：执行 spacefill 300 命令，将所选的γ - 硫原子放大显示。

通过在Jmol中旋转分子，我们可以发现只有半胱氨酸259和436的硫原子位于蛋白质表面，因此它们是潜在的Trx靶点。此时，我们可以从计算生物学转向实验生物学，进行实际的实验验证。

2. 扩展到多个蛋白质分析

当需要分析多个蛋白质结构文件时，上述手动操作方法会变得非常耗时。这时，我们可以使用AWK创建Jmol脚本文件，实现批量分析。具体步骤如下：
1. 下载PDB文件 </