36、生物信息学中的虚拟测序与潜在氧化还原调节酶查询

生物信息学中的虚拟测序与潜在氧化还原调节酶查询

1. 虚拟测序 pUC18c

虚拟测序 pUC18c 涉及多个步骤和参数设置，这些对于后续的序列组装和分析至关重要。
- 预期参数计算 ：
- 预期残基得分在 MSP 中为 1.861。
- 由此得出预期 MSP 长度为 21。
- 2686 与 3364 个残基对比，会产生 1807 万个点。
- 序列组装 ：
- 首先在终端 274 的第 3 行生成测序片段，并保存到名为 output 的文件中。
- 然后使用 TIGR 组装器进行序列组装，命令为 run_TA output 。
- 若执行过程中收到错误消息，可能需要将 TIGR 组装器重新添加到系统路径，命令如下：

PATH =∼/Sequencing/TIGR_Assembler_v2/bin : $PATH; export PATH

- 成功执行 TIGR 组装器后，会生成三个新文件（output.asm、output.error 和 output.fasta）和一个新目录（output.align），我们主要关注 output.fasta 文件，它包含所有成功组装的序列片段。
- 可以使用以下命令将 pUC18c 序列和组装的重叠群加载到 dotter 中，以可视化序列组装的成功情况：

./dotter