35、生物信息学结构分析与虚拟测序实践指南

生物信息学结构分析与虚拟测序实践指南

1. 蓝藻结构的查看与比较

在生物信息学研究中，我们常常需要对不同生物的蛋白质结构进行分析和比较。这里将介绍如何使用Jmol软件来查看和比较蓝藻的蛋白质结构。

1.1 初步观察与高亮显示

首先，我们可以看到整体结构以及活性位点氨基酸。通过 select CD:A; spacefill 150 命令，我们可以高亮显示镉原子。在体内，原本是镍原子，在结晶过程中被镉原子取代。镍原子由活性位点氨基酸配位，并在N - 末端多肽的蛋白水解切割之前被输送到成熟的氢化酶中。

1.2 使用Jmol查看蓝藻候选结构

• 打开文件 ：打开Jmol软件，通过菜单 “File” →“Open” 选择要可视化的文件。
• 调整视图 ：使用 cartoon 、 spacefill off 和 wireframe off 命令，将结构视图调整为我们需要的样式。
• 选择活性位点氨基酸 ：注意，这些氨基酸与1CFZ.pdb中的不同，位置也不一样。可以参考相关图示读取准确位置，还可以在Jmol控制台执行 show sequence 命令查看当前序列。

1.3 批量加载结构

为了更全面地比较结构，我们可以一次性加载所有结构。假设我们已经将通过Swiss - Model