31、TransDomain：基于传递域的蛋白质相互作用预测方法

TransDomain：基于传递域的蛋白质相互作用预测方法

蛋白质相互作用（PPI）的预测在生物学研究中具有重要意义。本文将介绍一种名为TransDomain的PPI预测方法，它结合了传递关系和蛋白质结构域信息，能够有效预测未识别的蛋白质相互作用。

1. 传递关系在蛋白质相互作用预测中的重要性

蛋白质之间的相互作用往往受到共同相互作用体和相关蛋白质结构域关系的影响。例如，BRCA1、ER含有锌指结构域和配体结合结构域，由于这些共同结构域与相关蛋白质之间的明显关系，可以识别出ER和p65之间的相互作用。然而，仅考虑蛋白质对之间的结构域关系并不足以预测蛋白质相互作用，因为ER和MYC之间的结构域关系对于蛋白质相互作用来说不够强。但共同相互作用体BRCA1的结构域可以支持ER和MYC之间的结构域关系，从而有助于蛋白质相互作用的预测。因此，利用蛋白质结构域之间的关系可以弥补共同相互作用体较少的不足，有望预测包括枢纽蛋白和非枢纽蛋白之间的潜在相互作用。

2. TransDomain方法概述

TransDomain方法利用传递关系和传递关系内的结构域关系来预测新的蛋白质相互作用对。其整体流程图由三个主要步骤组成：
- 传递角色特征生成步骤
- 传递结构域模式生成步骤
- 两阶段PPI预测步骤

下面将详细介绍这三个步骤。

3. 传递角色特征生成步骤

在这个步骤中，定义了六个角色（RoleA、RoleB、RoleC、RoleA’、RoleB’和RoleC’）来表示传递关系和部分传递关系中的三个重要角色。
- RoleA和RoleC是两个相互作用的蛋白质，RoleB是它们