Pku 1080 Humman Gene Function

最新推荐文章于 2016-07-19 13:08:10 发布

原创最新推荐文章于 2016-07-19 13:08:10 发布 · 1k 阅读

0 ·

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签：

#function #table #null #c

AC之路！专栏收录该内容

38 篇文章

订阅专栏

本文介绍了一种使用动态规划解决基因序列匹配问题的方法，通过计算两串基因序列中A、C、G、T的匹配值来找出最大匹配值。文章提供了详细的算法实现过程及状态转移方程。

Pku 1080 Humman Gene Function

http://acm.pku.edu.cn/JudgeOnline/problem?id=1080

这是一道比较经典的DP，两串基因序列包含A、C、G、T，每两个字母间的匹配都会产生一个相似值，求基因序列（字符串）匹配的最大值。

这题有点像求最长公共子序列。只不过把求最大长度改成了求最大的匹配值。用二维数组opt[i][j]记录字符串a中的前i个字符与字符串b中的前j个字符匹配所产生的最大值。假如已知AG和GT的最大匹配值，AGT和GT的最大匹配值，AG和GTT的最大匹配值，求AGT和GTT的最大匹配值，这个值是AG和GT的最大匹配值加上T 和T的匹配值，AGT和GT的最大匹配值加上T 和-的匹配值，AG和GTT的最大匹配值加上-和T的匹配值中的最大值，所以状态转移方程：

opt[i][j] = max(opt[i-1][j-1]+table(b[i-1],a[j-1]),opt[i][j-1]+table('-',a[j-1]),opt[i-1][j]+table('-',b[i-1]));

AC CODE

#include <iostream> using namespace std; char a[105],b[105]; int x[105],y[105]; int score[200][200]; // 0 1 2 3 4 // A C G T - int table[5][5] = { 5,-1,-2,-1,-3, -1,5,-3,-2,-4, -2,-3,5,-2,-2, -1,-2,-2,5,-1, -3,-4,-2,-1,0 }; int atox(char c) { switch(c) { case 'A' : return 0; case 'C' : return 1; case 'G' : return 2; case 'T' : return 3; default: return 4; } } int max3(int i,int j,int k) { int temp = i>j?i:j; return temp>k ? temp : k; } int main() { int i,j,k,n,m,t; int alen,blen; while (scanf("%d",&t)!=EOF) { while (t--) { memset(score,0,sizeof(score)); memset(a,NULL,sizeof(a)); memset(b,NULL,sizeof(b)); memset(x,-1,sizeof(x)); memset(y,-1,sizeof(y)); scanf("%d",&alen); scanf("%s",&a); for (i=1;i<=alen;i++) { x[i] = atox(a[i-1]); } scanf("%d",&blen); scanf("%s",&b); for (j=1;j<=blen;j++) { y[j] = atox(b[j-1]); } //----------------------------------------- score[0][0] = 0; for (i=1;i<=alen;i++) { score[0][i] = score[0][i-1] + table[x[i]][4]; } for (j=1;j<=blen;j++) { score[j][0] = score[j-1][0] + table[4][y[j]]; } for (i=1;i<=blen;i++) { for (j=1;j<=alen;j++) { score[i][j] = max3 ( score[i-1][j-1] + table[y[i]][x[j]] , score[i-1][j] + table[4][y[i]] , score[i][j-1] + table[x[j]][4] ); } // for (j=0;j<=alen;j++) // { // printf(" %d ",score[i][j]);//score[i-1][j-1] + table[x[i]][y[j]],score[i-1][j] + table[4][y[j]] ,score[i][j-1] + table[x[i]][4] ); // } // printf("/n"); } // for (i=0;i<=blen;i++) // { // for (j=0;j<=alen;j++) // { // printf("%d ",score[i][j]); // } // printf("/n"); // } printf("%d/n",score[blen][alen]); } } return 0; }