Joshua_HIT的博客

最近需要下载一大批GEO上的数据，问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件，换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载。但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包，不知道是网络问题还是怎么，GEOquery有时候运行也不太稳定，但是总体来说，很好地解决了我的问题。首先假设我们想要下载的数据是GSE77445，这是一批DNA甲基化数据，我们可以在R语言中安装GEOquery

继续研究IDAT文件的读取问题，目前遇到的问题的是如何提取detectP value. Detect P value是测序过后，每一个芯片上的数据的可信度，也就是说，芯片上有那么多CpG，有时候可能会因为人为的失误，导致有些数据出现错误，在那种时候，我们就需要先评测一下每一个CpG的可信度有多高，如果可信度太低，也就是说，这个位点很有可能出错了，我们就把这个位点直接删除，以免它影响了我们的分析。

今天我想要给ChAMP写一个import程序，因为目前大部分DNA Methylation领域的研究软件都是给予minfi程序提供的读取IDAT文件的程序，但是最近minfi似乎崩溃了，整个研究领域都快挂了……所以最好还是有自己的一条“供应链”Manifest文件过滤。