Joker 007的博客

ANTs配准工具是配准是常用的工具之一，本篇主要讲基于3D slicer的ANTs配准基于Python的ANTs工具实现的配准和入门可见：医学图像配准工具ANTs的配置和入门相关函数的学习介绍可见：医学图像配准工具ANTs的学习——相关函数以及参数介绍1. 首先在插件扩展管理搜索‘SlicerANTs’,并安装2. 安装成功后在此便能看到 ANTs 选项3. 导入图像选择移动和固定图像，并选择配准方式4. 点击后开始配准...

3D Slicer安装教程可见：https://blog.youkuaiyun.com/Joker00007/article/details/108813947在3D Slicer较为常用的配准插件叫“SlicerElastix”，安装教程如下：1. 新安装的3D Slicer并无Elastix插件，需要在插件拓展管理中安装2. 进入插件拓展管理中，搜索“Elastix”找到“SlicerElastix”插件，并安装3. 安装成功后在此便能看到 Elastix 选项4. 进入 Elastix 插件界面，

ants.registration(fixed, moving, type_of_transform=‘SyN’, initial_transform=None, outprefix=’’, mask=None, grad_step=0.2, flow_sigma=3, total_sigma=0, aff_metric=‘mattes’, aff_sampling=32, aff_random_sampling_rate=0.2, syn_metric=‘mattes’, syn_sampling=32,

第一章 介绍第二章 图像配准第三章 elastix第四章 transformix第五章 教程第六章 高级主题第七章 开发者指南附录 A——示例参数文件附录 B——示例变换参数文件附录 C——实践练习详细内容可查看官方文档...

Elastix是常用的配准工具，而SimpleElastix是综合了SimpleITK库和Elastix使之能够在Python上运行。详细的配置和入门教程可见：医学图像配置工具Elastix的配置和入门医学图像配准工具SimpleElastix的配置和入门由于Elastix和SimpleElastix进行配准工作需要先读取相应的参数文件，参数文件的设置直接关系到配准结果的好坏，下面主要以SimpleElastix为主进行介绍。一、问题描述我在用SimpleElastix对CT和CBCT图像进行刚

Transformix是和Elastix配套使用的一个工具，它能将两个图像配准后的形变场应用到另外单独的一个图像上，使其能够获得相同的变换。下面分别介绍用Elastix在命令窗口调用以及SimpleElastix调用的方法。一、基于命令行调用TransformixTransformix是Elastix一起配套的，安装完Elastix后就能够在命令窗口调用Transformix调用的代码：elastix -f exampleinput/CBCT.nii.gz -m exampleinput/CT.

医学图像配准工具ANTs的配置和入门

一.Elastix介绍Elastix是一个基于ITK开发的处理医学图像配准问题的工具。Elastix提供了很方便的命令行使用方式以供使用者进行配准应用。同时Elastix是开源的，并且采用模块式构成。可以根据源代码进行开发，或者添加新的模块。使用Elastix的源码需要遵循一些开源的规则，如果有使用需求，可以进行了解。相关的使用文档:https://download.youkuaiyun.com/download/Joker00007/13757991安装包及Github代码:https://download.

医学图像配准工具常见有ITK，SimpleITK，ANTs，Elastix，SimpleElastix

本博客是学习的Elastx官方文档的摘抄，感兴趣可前往https://elastix.lumc.nl/index.php查看1.MSE(均方差)2.NCC(归一化相关系数)3.MI(互信息)4.NMI(标准化互信息)5.KS(卡帕统计)总结MSD度量是一种仅适用于具有相等强度分布的两个图像的度量，即来自相同模态的图像。NCC相对宽松，它假设固定图像和运动图像的强度值之间存在线性关系，因此可以更频繁地使用。MI度量更加普遍:仅假设固定图像和运动图像的强度的概率分布之间的关系。众.