liugroup服务器说明

本文详细介绍了一套高性能计算集群的硬件配置与软件环境搭建过程,包括双十核处理器、50T RAID5存储系统及预装的科学计算软件如AFNI、FSL、Freesurfer等。同时,提供了系统版本、软件安装与环境变量设置指南。

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1. 硬件配置

在这里插入图片描述

  • 处理器是两颗10核20线程处理器,可用线程数为40。
  • 数据硬盘由8块8T硬盘(4块原装,4块购买1)组成的RAID5,总共可用空间50T。

2. 系统说明

系统版本:centos 7.5(core 4.4-lt)

3. 软件说明

3.1 已安装软件
SoftwareVersionSoftwareVersion
AFNI18.3.11FSL6.0.0
Freesurfer6.0Matlab2017b
fMRIPrep1.2.5Python33.7
3.2其他软件
  • python

系统默认python版本是python3.7.1,如果需要使默认版本变为python2,在.bashrc文件中修改关于python3的环境变量注释掉,将下面代码

# python3
export PATH=/usr/python3/bin:$PATH

变成如下便可:

# python3
# export PATH=/usr/python3/bin:$PATH
  • git
    使用git clone 的使用有两种方式:
git clone git@github.com:edickie/ciftify.git  # 使用ssh
git clone https://github.com/edickie/ciftify.git #使用https

需要注意的是,第一次使用第一种需要自己配置rsa,方法见:https://blog.youkuaiyun.com/jinxiaonian11/article/details/82465614 中的3

如果不想配置rsa,则直接使用第二种,在clone的时候需要在github上选对链接种类,见下图。
在这里插入图片描述

  • fmriprep
    由于fMRIPrep运行需要很多依赖,都已安装好,为了保证版本正确,请在bashrc文件中添加以下变量,并保证没有已有变量与其重复。
# nodejs
export NODE_JS=/usr/local/nodejs
export NPM=$NODE_JS/lib/node_modules/npm/bin/
export PATH=$PATH:$NODE_JS/bin/:$NPM

# afni
export PATH=$PATH:/usr/local/afni
# ANTs
export ANTS_DIR=/usr/local/ants/
export PATH=$PATH:$ANTS_DIR/bin

# C3D
export C3D=/usr/local/c3d/bin
export PATH=$C3D:$PATH

# ica-aroma
export ICA_AROMA=/usr/local/ica-aroma
export PATH=$PATH:$ICA_AROMA

# freesurfer
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
FS_FREESURFERENV_NO_OUTPUT=1
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
export FS_LICENCE=$FREESURFER_HOME/license.txt

# FSL
export FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
export PATH=$PATH:$FSLDIR/bin

#python3
export PYTHON3_HOME=/usr/python3/bin
export PIP_HOME=/usr/python3/lib/python3.6/site-packages
export PATH=$PYTHON3_HOME:$PIP_HOME:$PATH

使用命令:

fmriprep data_dir  work_dir participant

data_dir 是数据目录,符合BIDS
work_dir 是输出目录,需要很大的空间


  1. bliu ↩︎

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