liugroup服务器说明

1. 硬件配置

• 处理器是两颗10核20线程处理器，可用线程数为40。
• 数据硬盘由8块8T硬盘（4块原装，4块购买¹）组成的RAID5，总共可用空间50T。

2. 系统说明

系统版本：centos 7.5（core 4.4-lt）

3. 软件说明

3.1 已安装软件

Software	Version	Software	Version
AFNI	18.3.11	FSL	6.0.0
Freesurfer	6.0	Matlab	2017b
fMRIPrep	1.2.5	Python3	3.7

3.2其他软件

• python

系统默认python版本是python3.7.1，如果需要使默认版本变为python2，在.bashrc文件中修改关于python3的环境变量注释掉，将下面代码

# python3
export PATH=/usr/python3/bin:$PATH

变成如下便可：

# python3
# export PATH=/usr/python3/bin:$PATH

• git
  使用git clone 的使用有两种方式：

git clone git@github.com:edickie/ciftify.git  # 使用ssh
git clone https://github.com/edickie/ciftify.git #使用https

需要注意的是，第一次使用第一种需要自己配置rsa，方法见：https://blog.youkuaiyun.com/jinxiaonian11/article/details/82465614 中的3

如果不想配置rsa，则直接使用第二种，在clone的时候需要在github上选对链接种类，见下图。

• fmriprep
  由于fMRIPrep运行需要很多依赖，都已安装好，为了保证版本正确，请在bashrc文件中添加以下变量，并保证没有已有变量与其重复。

# nodejs
export NODE_JS=/usr/local/nodejs
export NPM=$NODE_JS/lib/node_modules/npm/bin/
export PATH=$PATH:$NODE_JS/bin/:$NPM

# afni
export PATH=$PATH:/usr/local/afni
# ANTs
export ANTS_DIR=/usr/local/ants/
export PATH=$PATH:$ANTS_DIR/bin

# C3D
export C3D=/usr/local/c3d/bin
export PATH=$C3D:$PATH

# ica-aroma
export ICA_AROMA=/usr/local/ica-aroma
export PATH=$PATH:$ICA_AROMA

# freesurfer
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
FS_FREESURFERENV_NO_OUTPUT=1
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
export FS_LICENCE=$FREESURFER_HOME/license.txt

# FSL
export FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
export PATH=$PATH:$FSLDIR/bin

#python3
export PYTHON3_HOME=/usr/python3/bin
export PIP_HOME=/usr/python3/lib/python3.6/site-packages
export PATH=$PYTHON3_HOME:$PIP_HOME:$PATH

使用命令：

fmriprep data_dir  work_dir participant

data_dir 是数据目录，符合BIDS
work_dir 是输出目录，需要很大的空间

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1. bliu ↩︎