python绘制dotplot

  R语言不少库都可以方便的画dotplot，但是低频使用R这么多年，我依旧觉得R不是一门真正的编程语言。目前，在python中绘制dotplot貌似没有很轻量、方便的库，因此工作之余写了这个 python_dotplot包，方便自己也希望能够方便他人吧。

安装

可以通过pypi快速安装:

pip install python_dotplot

该package当然可能存在一定的bug，所以也会处于不断迭代的过程中，版本更新可以在github realease 获得最新信息，并可以通过以下方式获得特定或最新版本

pip install python_dotplot --upgrade
pip install python_dotplot==0.0.1b1

如果通过--upgrade参数不能获得最新版本，可能你使用我在博客pip修改安装镜像源中的方法设置过国内镜像，国内镜像会有一定的延迟，可指定pypi官方源指定镜像：

pip install -i https://pypi.python.org/pypi python_dotplot

模块导入

import dotplot
import dotplot.utils
import pandas as pd

%config InlineBackend.figure_format = 'retina'  # 如果你的电脑设备是视网膜屏，可指定该参数渲染jupyter图像，会超清晰，超好看

包的层级结构很简单，主要包括以下模块：

dotplot

├── cmap.py # 自定义color map

├── core.py # 实现了Dotplot类，用于封装数据以及绘图

├── hierarchical.py # 实现了层次聚类，用于支持dotplot行和列通过层次聚类进行自动排序

├── __init__.py # 初始化模块

└── utils.py # 实用函数，目前是夹带私货，我自己用的预处理函数，也许对其他人也有用

数据准备

我们首先需要准备一个数据，这里要求输入必须是一个tidy data格式的pandas Dataframe，简而言之，tidy data是指在该数据框中每一行是一个观测，每一列是一个属性(关于tidy data 和messy data更多信息请参考该博客)，下面以示例数据为例:

term_list = ['GO:0002455', 'GO:0006958', 'GO:0006956', 'GO:0038096','GO:0002673',
             'GO:0051251', 'GO:0060333', 'GO:0006910','GO:0002483', 'GO:0002440',
             'GO:0009141', 'GO:0009123',