FVCOM - 错误1-10

已于 2023-10-30 16:49:51 修改
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分类专栏： FVCOM 文章标签： FVCOM Error
于 2019-06-13 10:34:18 首次发布
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/island_chenyanyu/article/details/91802258
版权

ps：因代码有改过，故部分错误仅限个人。

1. 报错

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
FVCOM Fatal Error!
Unable to OPEN the test file:
../casenameout/.fvcomtestfile
IOSTAT ERROR#29; suggests bad directory path:
../casenameout/
Stopping FVCOM
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

原因

未建立输出文件夹

修改

在case文件夹里建立输出文件夹 ‘ casenameout ‘

2. 报错

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
FVCOM Fatal Error!
IN SURFACE WIND BOUNDARY CONDITION FILE OBJECT
FILE NAME: casename_wnd.nc
THE MODEL RUN STARTS BEFORE THE FORCING TIME SERIES
Stopping FVCOM
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

原因

风场文件的时间范围缺失，与nml文件中定义需要运行的时间
i.e. casename_run.nml ：
     &NML_CASE
     START_DATE = ‘2016-10-01 00:00:00’,
     END_DATE = ‘2017-06-30 00:00:00’,
     但 casename_wnd.nc 中时间范围为： 2016-10-01 00:00:00~2017-06-28 23:00:00，均小于 END_DATE，故报时间错误。同理，若时间均大于START_DATE，也会报错。

修改

① 修改 ‘END_DATA’         至小于 ‘风场文件时间’
② 重新生成 ‘风场文件时间’ 至大于 ‘END_DATA’

3. fvcom调试报错

...
The attributes of this name conflict with those made accessible by a USE statement
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

原因

文件中变量定义与全局变量冲突

修改

将报错文件中的冲突定义改成注释行。

4. 报错 - 无原因停止

下一步：输出波浪数据后，即可跑模型了，却没给出FVCOM ERROR

!==============================================================
!
!           SETTING UP NESTING IO
! Time Series Probes are off
!====================================================
!====================================================
!============== STARTING MAIN LOOP AT:===============
!      0   2016-06-01T00:00:00.000000      UNKNOWN       -1.0000  |                    |
!====================================================
!====================================================
!====================================================
!====================================================

原因

1）加上波浪后报错
      未将 ‘ specavs ’ 文件放入casenamein 文件中，缺失文件报错停止。

5. 报错

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
FVCOM Fatal Error！
You must specify a valid projection reference and compile with PROJ to use files with 
cartesion coordinates in spherical mode
Stopping FVCOM
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

原因

编译时，make.inc 中坐标开关设置错误

修改

确认 FLAG 2 的开关情况，要与输入文件的坐标形式对应，并重新编译运行
【FLAG 2：‘ on ’ 是球坐标，‘ off ’ 是笛卡尔（UTM）坐标】。

6. 报错

!           SETTING UP NESTING IO
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
FVCOM Fatal Error!
Be not ashamed of mistakes and thus make them crimes.
Stopping FVCOM
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

原因

 YOUR NESTING FILE DOES NOT HAVE THE SAME NUMBER OF LEVELS AS YOUR MODEL

模型的sigma层和nesting文件的分层不一致

修改

1、修改模型sigma层设置（casename_sigma.dat），使之与nesting文件一致；
2、重写nesting文件，使之与模型一致。

7. 报错

!====================================================
! Recalculating mean density in pressure coordinates
FOUND NO DATA AT DEPTH:   7.671966
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
FVCOM Fatal Error!
RHO_PMEAN: In Parallel case, found fcount LT 0.0!
Stopping FVCOM
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

改跑斜压后，修改了部分nml中的设置

原因

打开了 ’ RECALCULATE_RHO_MEAN = T ’

  • 一般不用开，特别是区域小的情况下。但是开着也没有问题，此处会报错，还是因为模型有地方有问题，故打开通不过（via ding/2019.10.21 wechat)

修改

将RECALCULATE_RHO_MEAN关掉

  • 作用：隔一段时间再计算平均密度场，为减小斜压梯度力计算误差

8. 报错

!                 RUNNING COLDSTART                              !
!                                                                !
!              OPENING FILES FOR COLDSTART                       !
!                                                                !
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
FVCOM Fatal Error!
File: ../casenamein/initial_casename.nc; Can not be opend by nf90_open
NF90ERROR::No such file or directory
Stopping FVCOM
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

跑斜压，读取初始场文件出错。

原因

文件名有错，或文件未放置在读取文件中

9. fvcom调试报错

mpif90  -c  -O3 -I/lustre/work/chenyanyu/FVCOM_source_ssc/libs/install/include        mod_prec.f90
error: can't open file mod_prec.o for write
compilation aborted for mod_prec.f90 (code 1)
make: *** [mod_prec.o] Error 1

原因

未加载module

修改

1、module list
一般来说是会发现没东西
2、回到根目录

  • source .bashrc
  • module load intel2013(看集群环境更换加载模块）

**一劳永逸的办法是修改 “.bash_profile” 和 ".bashrc"文件

10. fvcom调试报错

mpicc -c -O3 -I/lustre/home/zhangjiyunSDH/cyy/bg/FVCOM_source_unswsed/libs/install/include 
-I/lustre/home/zhangjiyunSDH/cyy/bg/FVCOM_source_unswsed/libs/install/include       
func_pointer.c
make: *** [func_pointer.o] Error 7

原因

集群环境不一致

修改

调用集群环境

  • source /lustre/home/openmpi-intel2016.sh
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05-16
浅海是潮运动占优的海域，潮汐、潮流对物质输运和水交换有重要影响．采用非结构有限体积近岸海洋模型(FVCOM)模拟渤海湾的三维潮汐潮流分布和变化规律，非结构网格能真实地拟合岸线，刻画出渤海湾的复杂岸线，能够较好地计算出渤海湾的潮汐潮流的时空分布特点，与实测值吻合较好．模拟的M2分潮振幅的平均方差为7.33,cm，迟角的平均方差为11.53°．在渤海湾，M2分潮的最大振幅为120,cm，湾内的迟角差为70°；渤海湾湾中潮余流较弱，流速在0～0.6,cm/s．渤海湾是潮流较强的区域，海区的最大可能潮流流速超过1
错误记录
CHEN_BR/BLOG
08-10 272
mpirun -np 2 ./fvcom --casename=eastsea Proc# 1;Min Triangle Area= 0.000000; EGID= 235680 ***************************** ***************************** Proc# 2;Min Triangle Area= 0.000000; EGID= 320028 ***************************** +++++++++...
FVCOM嵌套和输出1：描述使用结构化网格模型输出的嵌套要求/过程
CHEN_BR/BLOG
05-27 2414
嵌套编译要求 无需重新编译代码即可启用嵌套。但是，您需要编辑名称列表文件以指示您要在边界嵌套运行FVCOM。 嵌套输出 要使用FVCOM为子域生成边界强制（即应如何使用嵌套），NC_NEST请T在本NML_NCNEST节中将模型名称列表设置为。 本NML_NCNEST节的格式为： &NML_NCNEST NCNEST_ON = T, NCNEST_BLOCKSIZE = 5, NCNEST_NODE_FILES = 'irish_sea_v20_nodene
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fvcom seaice的例子仍然没有运行起来，如果有人会的话，还请指教吧，先置顶了
FVCOM编译出现问题
CHEN_BR/BLOG
08-29 844
https://tieba.baidu.com/p/4098401018
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07-28 488
【代码】FVCOM 运行。
lib 中 make 失败后,source中make 结果 错误 怎么办
sw_zfr
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rzf@rzf-H61M-S2-B3:~/下载/FVCOM3.2/FVCOM_source$ sudo su [sudo] password for rzf: root@rzf-H61M-S2-B3:/home/rzf/下载/FVCOM3.2/FVCOM_source# make gcc -c -O3 -I/home/rzf/下载/FVCOM3.2/FVCOM_source/libs/in
fvcom中开边界条件是什么
最新发布
05-08
<think>好的，我现在需要处理用户关于FVCOM开边界条件设置的问题。首先，我得回顾一下用户的问题，确保我完全理解他们需要什么。用户明确询问的是FVCOM中开边界条件的定义或设置方法。他们可能在进行海洋数值模拟时需要配置模型的开边界，这对于模拟结果的准确性非常重要。 接下来，我需要查阅提供的引用内容，看看哪些部分与开边界条件相关。引用[1]提到了使用fvcom-toolbox定义FVCOM对象，但似乎更多是关于数据读取。引用[2]讨论了嵌套功能中的生物地球化学变量，可能和边界条件有关，但主要是嵌套配置。引用[3]详细描述了FVCOM非结构化网格生成的过程，其中提到了开放边界节点的处理，特别是add_obc_nodes_list函数的使用和ObcType的赋值。引用[4]则介绍了潮差计算和模型运行时的技术，比如有限体积积分和干湿判别，但可能和边界设置关联不大。 重点在引用[3]，它详细说明了如何通过fvcom-toolbox处理开放边界。用户可能需要了解如何从网格文件开始，提取开放边界节点，设置ObcType，并导出相应的.dat文件。此外，引用[2]中提到FABM_NESTING_ON可能与嵌套边界条件相关，但用户的问题可能更关注基础的开边界设置，而不是生物地球化学嵌套。 接下来，我需要组织这些信息。首先，开边界条件的类型，如水位、流速、辐射条件等，可能需要在FVCOM手册中查找具体参数，比如ObcType的不同值对应的条件。然后，步骤方面，用户需要知道如何准备网格、提取边界节点、设置类型，最后生成相关文件。此外，嵌套配置可能是一个高级部分，但根据引用[3]，设置ObcType为2对应的是“钳制”条件，引用了Beardsley和Haidvogel（1981）的方法，这应该详细说明。 需要注意的是，用户可能使用的是fvcom-toolbox，因此需要强调相关函数的使用，如add_obc_nodes_list和write_FVCOM_obc。同时，提醒用户参考FVCOM手册中的表格，确保他们了解不同ObcType选项的具体含义和应用场景。 可能还需要提及实际应用中的注意事项，比如边界节点的顺序、类型选择的物理意义，以及如何验证边界条件的正确性。引用[4]中的并行计算和干湿处理可能对整体模型运行有影响，但可能不直接关联边界设置，所以可能不需要深入。 最后，生成相关问题时，需要考虑用户可能的后续需求，比如如何验证边界条件、常见错误处理、不同边界类型的选择依据，以及嵌套配置的具体步骤。这些问题可以帮助用户进一步深入学习和解决问题。</think>### FVCOM开边界条件设置方法分步说明 #### 1. 基础概念 开边界条件（Open Boundary Conditions, OBC）是海洋数值模型中控制边界处物理量（如水位、流速、温度等）变化的核心机制。FVCOM支持多种边界类型，通过节点属性参数$ObcType$定义[^3]。 #### 2. 具体设置流程 **步骤1：网格预处理** 使用`read_sms_mesh`函数读取SMS生成的网格文件，需确保网格包含： - 节点坐标 - 单元连接关系 - 测深数据 **步骤2：边界节点标记** ```python # fvcom-toolbox示例代码 from PyFVCOM.grid import add_obc_nodes_list # 定义开放边界节点列表（需预先确定边界节点编号） obc_nodes = [1024, 1025, ..., 2048] # 设置边界类型（ObcType=2表示钳制边界条件） mesh_with_obc = add_obc_nodes_list( original_mesh, obc_nodes_list=obc_nodes, ObcType=2 # 参考FVCOM手册表6.1选择类型 ) ``` **步骤3：边界参数配置** 在`namelist.nml`中设置关键参数： ```fortran &NML_NESTING NESTING_ON = T FABM_NESTING_ON = T # 生物地球化学边界时需要[^2] NESTING_FILE_NAME = 'your_obc_file.nc' / ``` **步骤4：生成边界文件** 通过工具链导出ASCII文件： - `write_FVCOM_obc`生成`*_obc.dat` - 文件格式示例： ``` Open Boundary Node Number = 3 Node1_ID ObcType1 TidalComponent1 Node2_ID ObcType2 TidalComponent2 ... ``` #### 3. 边界类型对照表 | ObcType | 物理意义 | 数学表达式 | 适用场景 | |---------|----------------------------|------------------------------|--------------------| | 1 | 水位指定 | $\eta = \eta_{obs}$ | 潮汐强迫边界 | | 2 | 钳制边界（梯度归零） | $\frac{\partial \phi}{\partial n}=0$ | 被动辐射边界[^3] | | 3 | 流速指定 | $u=u_{obs},\ v=v_{obs}$ | 河流入口 | | 4 | Flather辐射条件 | $\eta + \sqrt{h/g} \cdot u_n = \eta_{ext}$ | 开敞海域边界[^4] | #### 4. 嵌套边界特殊配置 当使用嵌套网格时，需在父网格的`namelist.nml`中激活： ```fortran &NML_NCNEST NCNEST_ON = T BIO_NESTING_ON = T # 生物地球化学变量传递[^2] / ``` 子网格将自动继承父网格的边界变量，包括温度、盐度和FABM生态变量。 #### 5. 验证建议 1. 使用`plot_obc_nodes`可视化边界节点分布 2. 通过`check_mesh_consistency`检测节点连续性 3. 初始运行建议设置`OBERATION = T`输出边界诊断信息
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