Conda及常用生信软件安装

本文介绍了Conda的安装与使用,包括Conda的下载与安装、Python环境测试、批量安装Python包的过程。在安装生信软件时遇到的兼容性问题和解决方法,强调了使用Linux系统的必要性,并分享了批量安装包时的注意事项和心得,提倡按需创建和管理不同的Python环境以避免冲突。

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1 Conda安装

1.1 Conda介绍

        Conda是一种开源的软件包和环境管理软件,用于安装和转换不同版本的软件包及环境。其专为Python设计,可用于Mac、Linux和Windows系统。

        Conda有两个主要的版本,Anaconda和Miniconda,前者包含一些常用软件包,后者是精简版,根据需要安装软件包。考虑到用于生信工作一些常用包反而可能并不常用,我个人建议下载精简版。而实际上也确实如此,在下载Anaconda之后,其默认环境中的包对我目前的代码运行明显不足。

Miniconda下载地址:https://conda.io/miniconda.html

1.2 Conda下载与安装

        选择最新的Windows64位版本的Miniconda进行下载和安装,并完成注册。过程无注意事项。

2 软件安装

2.1 以Python环境进行测试

        在功能上,Conda可以提供不同版本的python环境,因此可以取代单独下载安装的Python环境,辅以PyCharm等IDE即可。

        Conda闪退,无法打开,怀疑与本电脑已安装的Python3.9有关。(实际上是conda.exe并非打开conda的正确方式&#

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