icehoqion的博客

vasp软件的输入文件包括INCAR，KPOINTS，POSCAR和POTCAR，其中INCAR为计算的设置文件，POSCAR为计算模型的结构信息，KPOINTS为网格密度设置，POTCAR为赝势信息。&SYSTEM: 系统参数部分，指定了模拟系统的参数，如晶格参数（ibrav）、原子数量（nat）、原子类型（ntyp）、能量截断（ecutwfc和ecutrho）、占据数（occupations）、自洽迭代收敛阈值（conv_thr）等。借助于vaspkit的416功能。引喻失义 妄自菲薄。

首先将可计算得到无虚频的vasp输入文件放置在文件夹中，包括POSCAR、INCAR、KPOINTS和POTCAR，以及phonopy处理需要的设置文件，我这里使用vaspkit 305功能产生的KPATH.phonopy文件当作设置文件（请根据你的使用习惯更改脚本）。计算主要流程为:以声子计算无虚频的结构文件为基础，更改其缩放系数，在不同体积下计算其原子间受力、声子结构和热性质。以提取出的e-V的数据为基础，使用phonopy-qha计算包括热膨胀系数、热容和格林艾森参数等在内的热学性质。

声子谱的计算主要目的是获得二阶力常数文件FORCE_CONSTANTS，而为了计算光学性质，同时需要计算波恩电荷，写出BORN文件。它可以从Phonopy或VASP计算红外(IR)强度，和计算Raman活度张量和远离共振近似的标量平均强度。通过irreps.yaml的振动信息，并参考D3点组的字符表，判断可能显示Raman活动的模式，并生成计算文件。按照软件案例，作者可能更喜欢hdf5格式的数据文件，生成force_constants.hdf5文件的命令如下。bands的值为需要计算的模式。

根据笔者和诸多计算材料的研究者的经验，部分结构的材料，尤其是根据实验结果测试获得的材料，往往在低温下使用简谐近似计算得到的声子谱存在一个很难去除虚频的声子谱，但是带有温度的考虑非谐效应的声子谱时则会得到一个无虚频的结果。（DFPT方法，如果使用有限位移法计算的声子谱，得到的力常数文件为FORCE_SETS，可通过DynaPhoPy作者所写的脚本转换为FORCE_CONSTANTS，脚本在DynaPhoPy软件安装包中的example文件夹内）。这里尤其要注意NSW的设置，尽量设置的大一点，依据笔者经验，

笔者在计算某面心立方晶体材料时，使用原胞扩包4*4*4进行声子谱计算，最初采用DFPT方法，对phonopy扩包后的SPOSCAR进行计算，在走完第一步离子步后出现报错。其中d*代表的是所有有限位移计算的文件夹。在处理声子谱数据时在band.conf中也要删掉FORCE_CONSTANTS= READ，并添加上下面内容。使用的INCAR如下，计算过程没有报错，并成功得到声子谱。在初学计算体系声子谱的时候会遇到诸多问题，这里简单列举其中一个以及解决办法。引喻失义 妄自菲薄。

在每一个应变文件夹内则是施加了应变的POSCAR和事先准备好的INCAR、KPOINTS和POTCAR文件的链接，可直接进行vasp计算。在每个大文件夹内则是以应变强度命名的实际计算执行的文件夹，文件夹的数量可根据预处理的VPKIT.in文件的最后一行的应变设置来更改。而通过VASPKIT使用能量应变计算理论弹性常数时，生成的计算文件目录众多，需要辅助以bash脚本进行计算。预处理和后处理所需要准备的VPKIT.in文件，如同后面注释所说明的，预处理时第一行开头为1，后处理时为2.引喻失义 妄自菲薄。

通常在声子计算中声子群速等也具有一定的分析意义，笔者在翻阅一些相关内容的经验贴上并结合phonopymanual内容总结了一下有关声子群速的计算，并借助vaspkit导出有关声速的数据。而且具体使用过程中，关于执行命令还有执行文件的tag内容还有一些可替换的关系,--gv,--group_velocity可在执行计算命令时替代执行文件中的GROUP_VELOCITY=.TRUE.内容，--gv_delta_q可在执行计算命令时替代执行文件中的(GV_DELTA_Q)内容。...

​经验分享合金理论自动化工具包(ATAT)1是一个通用名称，指的是合金理论的集合 Axel van de Walle2与多个研究小组合作开发的工具。而由于高熵合金内部多元、混合等特性，ATAT工具包内的mcsqs模块所涉及的特殊准随机结构Special quasi-random structure（SQS）于此有了非常大的应用需求。笔者最近查看一些网上的公开教程，简单学习了一下ATAT的安装与使用方法，尤其是关于mcsqs模块的使用。主要链接如下1、建无序格点参杂&合金模形工具包ATAT的安装与其各模块的详

经验分享在初学计算体系声子谱的时候会遇到诸多问题，这里简单列举其中一个以及解决办法。在计算某面心立方体系的声子谱时，得到了如下报错在网上查阅其他资料后有教程介绍说更改ALGO参数，笔者在将Normal 改为Fast（或者IALGO=38）后并没有解决问题，随后自行尝试更改了ISYM，取消了体系的对称性问题得到解决。愿有所成IEchoQ引喻失义 妄自菲薄IEchoQ...

最近有小伙伴求助笔者，他在算能带反折叠的过程中遇到了一些困难：计算纯相模型的时候所得到的能带是连续的，但是扩胞后并掺杂了三个原子后，能带出现了不连续的情况。如图所示：这里没有标注费米能级以及高对称点位置。我们可以在横坐标x=2的位置左边看到有很明显的一处能带处于不连续的地方。 根据后续了解，这里描述了一下这位伙伴计算的一些细节。✓计算细节原胞模型：金刚石结构掺杂原子数：3计算类型：能带反折叠能带路径（KPATH）：与原胞相同使用软件：VASP、VASPKIT 看过计算细节其实差不多可以知道问题所

之前我们已经详细介绍了ShengBTE软件与其安装教程，详细请查看ShengBTE简单介绍、安装与使用由于在计算三阶力学常数时，根据扩胞比例以及近邻原子受力情况的不同，生成的3RD.POSCAR数量也尽不相同，笔者最近一次的计算总共计算了700+个任务，如果在此过程中手动布置任务则费时费力，效率低下。而在后续的ShengBTE计算时，通过bash脚本进行任务布置也可以实现多任务顺序计算，节省精力与时间。本文针对材料的热输运性质计算主要参考天玑算所提供的教程，详细请见https://phadwiki.com/

在ShengBTE和thirdorder安装文件中均带有其“使用说明书”，且都命名为README.md，里面有一些基本的安装、使用介绍，尤其是一些参数的介绍，初学者在使用之前要认真阅读并理解，对以后遇到问题有很大帮助，这也是对于软件的最基础的了解。这里主要是补充了我们make编译出的libsymspg.a文件的路径，以及更改了编译器为mpiifort，在下方也调整了MKL的配置，大家在安装的时候可以复制上方的内容，手动更改libsymspg.a文件的路径，然后可以尝试进行安装。