分子动力学、LAMMPS、GROMACS视频

最新推荐文章于 2025-09-16 11:56:31 发布
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#LAMMPS #GROMACS #分子模拟

分子动力学模拟作为科学研究的重要手段，在物理、化学、材料、生物等领域广泛应用。本文分享了一个网络视频教程，通过微信扫描即可查看，帮助读者深入了解并掌握分子动力学的模拟方法。

科学研究手段中，计算机模拟已经与理论、实验方法已成三足鼎立之势。分子动力学的模拟方法已在物理、化学、材料、生物等学科得到广泛的应用。而这方面的教程并不多，给大家分享一个网络视频教程，微信扫描可以查看

LAMMPS/GROAMCS/分子模拟

使用Gromacs进行蛋白和配体小分子的动力学模拟+结果分析全流程教程
weixin_46587777的博客
09-27 2016
先选protein，选择non-water，使用pymol打开delWater.pdb，输入util.ss('all')展示cartoon，点击file-Export Moive as-MPEG。这一步完成后，文件夹中会出现以下三个文件，其中gro 文件用于记录蛋白的初始坐标，top 文件记录蛋白的拓扑信息和力场信息，itp 与top文件类似。接下来使用Spdbv软件打开蛋白，如果蛋白中存在原子缺失情况，就会出现以下的提示，如果不存在就不会显示，同时保存为rep.pdb。
gromacs-分子动力学
y2715163545的博客
04-26 2998
分子动力学可以解决和研究DNA的折叠和性质、蛋白与配体的识别机制、跨膜蛋白的工作机理、蛋白酶与底物的反应、蛋白与蛋白的耦合、比较野生型与突变蛋白的不同特性、蛋白折叠的机制问题（控制温度，使蛋白自行折叠和去折叠）等。2、力场介绍：AMBER、CHARMM、MMX、CVFF、OPLS；4、模拟基本流程：能量最小化、NVE弛豫、NVT控温、NPT控压、MD平衡模拟。5、计算化学基本概念：范德华表面、分子表面、接触表面、溶剂可及表面、势能面。4、 分析溶剂分子扩散速率、分子间的氢键的数目、距离或角度。
LAMMPS教程
12-25
LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，以GPL license发布，即开放源代码且可以免费获取使用，这意味着使用者可以根据自己的需要自行修改源代码。LAMMPS可以支持包括气态，液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系，并提供支持多种势函数。且LAMMPS有良好的并行扩展性。 一般特点 支持并行计算 分布式内存MPI spatial-decomposition of simulation domain for parallelism LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，可以翻译为大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，一般来讲，分子动力学所涉及到的领域，LAMMPS代码也都涉及到
分子动力学模拟GROMACS
最新发布
weixin_53637133的博客
09-16 1074
分子动力学模拟GROMACS
Gromacs分子动力学模拟流程概述
weixin_30808575的博客
11-05 3009
Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤，不同的体系步骤可能略有不同。 在开始之前，先简单了解一下预平衡： 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样，然后计算体系的能量，各种化学键，成分分析等等。打个比方说，我们有一个蛋白质，我们想将它放入一种溶液中（可能是水，也可能不是），然后看看这个体系的能量如何变化，蛋白质的化学键，与水分子形成的氢键等等信息，那么我们需要将蛋白质放入溶液中，...
LAMMPS计算热导率讲解、代码最全资源（含视频教程）
04-28
LAMMPS计算热导率讲解、代码最全资源
仲辛醇/水体系的界面现象——Lammps与Gromacs计算结果对比
专注于含表面活性剂体系的界面现象研究.
05-13 2281
采用Lammps和Gromacs软件对仲辛醇/水体系的界面现象进行分子动力学模拟，采用SPC/E水模型，首先对体系进行能量最小化，减少分子间的不合理重叠现象，消除应力. 接下来将模拟盒子扩大至20×6×6 nm^3. 在NVT正则系综下运行10ns，观察表面活性剂/水体系是否产生表面现象.
LAMMPS线上论坛视频合集
wohenaibaoluyao的博客
01-24 807
本文中集合了LAMMPS历次线上论坛的视频合集。点击题目到达具体页面。 （1）纳微界面亲和性对传递反应过程的影响机制研究 （2）DeepMD势函数训练讲解 （3）LAMMPS入门讲解 （4）水化硅酸钙的LAMMPS模拟 （5）超疏水表面气液界面滑移LAMMPS模拟交流视频 （6）热导率LAMMPS计算和各种后处理技巧 （7）水滴润湿的LAMMPS模拟 （8）反应力场介绍及有机分子热分解的LAMMPS模拟 （9）LAMMPS和VASP初级使用教程 ..
分子动力学模拟学习-Gromacs工具链
Dio980的博客
04-28 2064
上面的.top文件中，可以从几何文件获取的只有原子编号，怎样将原子的位置信息转化为成键信息（两个原子是否成键），以及如何指定原子的质量和电荷呢？在原子类型中，带有该原子与谁成键，以及该类型原子的质量和电荷信息（其中电荷信息没用，因为同一类型的原子电荷未必相同）。在gmx中和拓扑文件相关的文件类型有很多，有.top，.itp，.rtp，.atp。最终汇总的pdb（或者gro）文件内，各原子的编号需和汇总的拓扑文件（.top）中的原子编号一致，gmx通过该编号来对应各个原子的空间位置。关于获取原子电荷的方法。
purewater_lammps_lammps水分子模拟
09-11
LAMMPS是一款开源的分子动力学模拟软件，广泛应用于材料科学、化学、物理等领域的研究，能够处理大量粒子的系统，包括但不限于原子、分子、离子、生物大分子等。 描述中提到的“lammps分子动力学模拟水分子”，意味...
分子动力学概念简介与系列序章——分子动力学仿真及其在离子阱中运用 学习与实践分享第1.0
Peace__mind的博客
02-28 2528
关于分子动力学是什么和本系列的flag
GRO2LAM:Gromacs到Lammps仿真转换器
05-25
python 2.7： GRO2LAM Gromacs到Lammps仿真转换器 版本 稳定的 GRO2LAM 1.25版（2019年1月27日）-测试版 Beta稳定 GRO2LAM版本1.3（2021年1月6日）-BETA-beta（兼容Python 3） wget https://raw.githubusercontent.com/hernanchavezthielemann/utils/master/grotolam/G2L_iBeta && bash G2L_iBeta :NEW_button: 新的功能 ： 自动加载“ itp”力场文件（包括侧面分子）的选项。 与一个以上的侧分子（例如水+离子+ ...）一起使用。 接受Ryckaert-Bellemans二面体，直接转换为opls二面Lammps样式。 在“ top”文件的二面角接受#define标记。 接受不正确的二面体类型。 （
ovito手册与总结
04-23
ovito手册与总结PDF版，ovito简单入门 ovito是DXA的升级版
ovito中文手册与总结.pdf
09-28
ovito 意即 the open Visualization tool，可以对分子动力学结果进行显示与分析。它的设 计思想是“修正通道”，从导入的数据出发，经过一个个的“修正”，最终成为想要的显示。 ovito 最重要的功能是显示和分析“单粒子属性”，如单个粒子的位置、速度、应力等，并且能处理任意数目的属性，包括标量属性、矢量属性和矩阵属性。
计算机模拟物理-MD_数值模拟_分子动力学_
10-01
分子动力学（Molecular Dynamics, MD）是一种强大的计算方法，广泛应用于化学、物理、生物以及材料科学等领域。它基于牛顿运动定律，通过追踪大量粒子在时间上的运动轨迹来研究系统的动态行为。在这个主题中，...
【机器学习+分子动力学+第一性原理+lammps+ReaxFF+Gaussian】
2401_89459558的博客
07-31 1379
此外，经典分子动力学软件LAMMPS和新一代分子力场ReaxFF的应用，不仅能够模拟材料的力学性能、分子构象和物理化学过程，还能高效处理复杂化学反应，为材料科学和化学工程的研究提供了有力工具。三、Gaussian进阶操作及计算实例 6、 Gaussian进阶操作I：势能面相关（均含操作实例）二、Gaussian专题操作及计算实例 4、Gaussian专题操作Ⅰ：（均含操作实例）7、Gaussian进阶操作II：——各类光谱计算及绘制（均含操作实例）
Gromacs 分子动力学 远程安装介绍 全网最详细的Gromacs安装前说明 该怎么选择合适的安装方式 Windows直接可用的Gromacs（预编译版）有什么危害？Gromacs安装需要准备什么？
GHZ2443063059的博客
02-04 8446
首先这个软件是Linux的软件，从官网提供的下载文件可以看出默认没有Windows可以直接用的版本，所以Windows的话要安装载体来安装Linux系统（Ubuntu/CentOs二选一），这个载体也就是WSL系统或者虚拟机，还有一种载体叫双系统，为虚拟机的升级版。
分子动力学模拟Gromacs一般使用步骤（空蛋白）
热门推荐
chaojFF的博客
02-23 2万+
本人菜鸟，记录一下自己学习使用Gromacs的过程。 模拟一般过程： 获取蛋白质结构文件 → 准备拓扑 → 选择力场 → 添加盒子、溶剂 → 添加离子 → 最小化能量 → 温度、压力平衡 → 开始模拟 → 分析结果 软件：gromacs2021 目录 1.准备蛋白质结构文件 2.准备拓扑、选择力场 3.添加盒子、溶剂 4.添加离子 5.最小化能量 6.温度、压力平衡 7.开始模拟 8.分析结果 开始 1.准备蛋白质结构文件 蛋白质结构文件（.pdb）可以从PDB.....
Gromacs动力学模拟
生物医学信息学博客
06-05 1万+
动力学模拟 实验要求： 实验对象：选取目标体系，可自行选择一个蛋白质体系，也可以用Modeller 建模最佳模型结构.pdb进行操作。 软件： Gromacs-5.1.2 www.gromacs.org (manual/ tutorial) 实验步骤： 加力场。 gmx pdb2gmx –h 打开帮助菜单。 选力场的时候选择 Amber99sb…,溶剂类型选Tip3p。 加...
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