seurat v5更新及样本整合方法

最新推荐文章于 2024-09-06 19:05:50 发布
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分类专栏： 单细胞学习 文章标签： 数据库 mysql
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seurat v5的去批次方式

①pbmc单细胞数据

②Seurat V5多种去批次

进行合并分组数据

进行去批次

CCA降维

harmony降维

Analysis, visualization, and integration of Visium HD spatial datasets with Seurat • Seurat (satijalab.org)

 Tools for Single Cell Genomics • Seurat (satijalab.org)

重点是：seurat v5对象转换成v4 ；seurat v4和v5互相转换-优快云博客

1 Seurat 对象和 Assay 类发生了变化:

支持更多种类的检测和数据类型，包括磁盘上的矩阵。

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Seurat-SCTransform与harmony整合学习
hx2024的博客
07-31 1676
源于R tips：Seurat之SCTransform方法原理 (qq.com)Seurat对象在经过SCTransform处理后会增加一个SCT的Assay，里面的scaled.data就是经过scale之后的pearson residual值，这个值是用于后续降维聚类分析使用的。
Seurat 降级：从V5降级到V4
woodman的专栏
03-15 9521
Seurat更新增加了一些功能，由于前期都是V4的结果，当使用过程中，容易报错，于是想降级。方法一：降级软件版本，参考。方法二：格式转化，参考。
Seurat V5标准分析流程（自备合集）
hx2024的博客
08-18 1455
2015年，一款开创性的单细胞分析工具Seurat首次亮相，从这以后单细胞分析得到了广泛普及，不久前Seurat重磅推出了V5版本。今天给大家分享Seurat V5的标准分析流程。函数，可以实现一行代码去批次，当前支持以下几种主流的单细胞去批次，其中包含了我们上面用到的harmony。注意去批次前可能需要分层。用Seurat V5中新增的。
全网最详细Seurat v5 流程复现(拿来即用)
ZxVSaccount的博客
08-09 1万+
本文是基于seurat v5版本的教程复现,主要依据来源于官网seurat v5建议大家有时间的话可以去官网进行详细阅读学习!本节内容在之前seurat v4的教程都很多都有提到,文章所用到的数据及代码已经给各位放在这里了,有需要自取!请点击这里哦提取码：bui1。
Seurat -- 数据集的整合
jiangshandaiyou的博客
05-08 1858
这里主要根据seurat的教程走的，描述了多个单细胞数据集的整合，其中数据集的integration并不是简单的数据集的merge。同时这里描述的流程仅仅包括同类型的scRNA-seq测序数据，像scRNA-seq与scATAC-seq等多模态数据的整合暂未涉及。前者包括元信息的整合，数据集之间的批次矫正，后者仅仅是对数据表的拼接，后续直接renormalization即可。整合前的数据以及LogNormalization的数据一直存放在RNA@data@x下面。整合前和整合后 anchors的数值变化。
Seurat | 超好用的单细胞测序数据合并（3‘和5‘数据合并）（一）
m0_72224305的博客
10-23 4811
🤗 Seurat | 超好用的单细胞测序数据合并（3'和5'数据合并）（一）
10x单细胞数据分析之Seurat多样品整合分析
热门推荐
muhamuha2020的博客
08-11 1万+
上一篇10x单细胞数据分析我们介绍了如何用Seurat对单细胞数据进行分群分析，这一篇我们介绍一下多个单细胞样品的分析方法。 测试数据选择Seurat提供的ifnb数据集，其中包含两个PBMC样品，一个为干扰素刺激处理，另一个为对照。打开Rstudio，在控制台中输入 devtools::install_github(‘satijalab/seurat-data’) library(Seurat) library(SeuratData) library(patchwork) InstallData(“ifn
Seurat | 完美整合单细胞测序数据（部分交集数据的整合）（一）
m0_72224305的博客
10-31 3304
1写在前面 之前我们介绍了Seurat、Harmony，rliger三个包，用于3'和5'数据合并的方法。🤒 但有时候我们会遇到两个datasets只有部分重叠，这和之前介绍的方法就有一点不同了。🤨 2用到的包 rm(list = ls())library(Seurat)library(SeuratDisk)library(SeuratWrappers)library(patchwork)library(harmony)library(rliger)library(RColorBrewer)library(
seurat v5 把多个样本读入一个layer
最新发布
11-12
Seurat v5 是一个用于单细胞转录组数据分析的流行R包，它提供了一种高效的方式来处理和分析单细胞RNA测序数据。在v5版本中，如果你想要将多个样本的数据合并到一个`SeuratObject`（层，Layer）里，你可以按照以下...
使用 Seurat 处理多模态数据
ZxVSaccount的博客
08-09 1092
Multimodal analysis”（多模态分析）指的是同时整合和分析多种不同类型的数据模式。基因表达数据（如 RNA 测序数据）与蛋白质表达数据的结合分析。基因表达数据与细胞表面标志物数据（如通过抗体检测得到的数据）的联合分析。不同组学数据（如转录组学和蛋白质组学数据）的综合考量。通过多模态分析，可以更全面、综合地了解细胞的特征和状态，发现不同数据模式之间的关联和协同关系，从而获得更深入、更全面的生物学见解。百度网盘提取码：bui1。
Seurat V5 | 最火的单细胞测序分析工具重磅更新啦！~
m0_72224305的博客
04-01 2780
的分析方法，将大型数据集的代表性子样本存储在内存中以实现快速和迭代分析，而完整数据集仍可通过磁盘存储访问。更新后，作者引入了新方法来分析、解释和探索跨越数百万个细胞的数据集，即使它们无法完全加载到内存中。这种方法利用了单独的多组学数据集作为分子“桥梁”，在低维空间中进行整合，并返回一个目标降维（例如。不断更新和改进，增加了许多新功能，包括对空间转录组数据的分析和可视化，以及对多组学数据的整合。等）的空间数据集分析技术都具有独特的优势，需要根据实际情况选择分析方法。~🤩（左右滑动哦，亲）
Seurat--V5.0_数据存放结构的改变以及对象的构建
jiangshandaiyou的博客
03-26 2455
【代码】Seurat--V5.0_数据存放结构的改变以及对象的构建。
单细胞seurat V5 to V4
holabaguio的博客
03-20 3668
由于前期整理数据的时候不小心用了V5，导致数据merge时发现同时有V4和V5，最后的结构发生错乱，影响后续分析，但是数据量太大，不想重新跑，就研究了一下。这样就好了，后面merge的时候还是会有一个报错，但是我看了下结果，没什么不同，就没管了。仅供参考，如有问题欢迎指出。
单细胞分析（六）——使用seurat进行去批次整合
阅读文献，记录学习笔记
10-09 1万+
对两个或多个单细胞数据集的联合分析带来了独特的挑战。特别是，在标准工作流程下，识别存在于多个数据集中的细胞群可能会有问题。Seurat有包括一组跨数据集match（或“align”）共有细胞群的方法。这些方法首先识别处于匹配生物学状态（“anchors”）的跨数据集细胞对，既可用于校正数据集之间的技术差异（即批量效应校正），也可用于跨实验条件的比较scRNA-seq分析。
Signac R｜如何合并多个 Seurat 对象 (2)
冷冻工厂
09-06 1608
对象的合并函数会将相互重叠的峰视为相同的，并调整这些峰所跨越的基因组区域，以确保合并过程中的每个对象中的特征保持一致。在无法重新量化的情况下，这是能够采取的最佳方案，建议在可能的情况下，始终按照上述的合并步骤进行操作。整合后的数据对象整合了全部四个片段对象，并且在其内部建立了一个细胞名称的映射机制，将对象内的细胞名称与各个片段文件中的细胞名称相对应。这个过程还会整合所有的片段对象，确保在最终整合后的数据对象中，每个细胞的片段信息得以完整保留。接下来，将利用已经量化的矩阵数据，针对每个数据集构建一个。
seurat v5对象转换成v4 ；seurat v4和v5互相转换
生信小博士的博客
12-27 1万+
官网上都说啦：https://satijalab.org/seurat/articles/announcements.html。在计算 log-FC 时，在组级别而不是细胞级别实施伪计数，这可能会导致更高的 logFC 估计值，但也可能更不稳定。整合结果与 v4 工作流程略有不同，但用户仍可在 v5 中运行 v4 整合工作流程。引入了分层结构来存储数据，例如原始计数、标准化数据和 z 得分/方差稳定数据。函数进行伪批量分析，以降低噪音、提高低表达基因的定量并减少数据矩阵的大小。
安装seurat v5,与seurat v4共存
生信小博士的博客
12-28 3520
我要更高级点，学习y叔，安装v5时，同时不要删除我已经存在的v4。本文技术不难，更多的是一种思想方法，帮助大家去开拓自己的思路。虽然是红色的warning，但是顺利安装成功啦！安装suerat v5,同时不删除之前的v4。可以看到作者已经贴心的告诉我怎么安装啦。交流更多，加交流群，备注 姓名 学校。
Seurat | 多数据集预处理校正标准化及整合流程 | 大数据集处理
weixin_57699783的博客
07-12 1612
多数据集预处理校正标准化及整合流程 | 大数据集处理 以Seurat 4为基础。
④分析胃癌组蛋白脱乙酰酶HDS模型-Seurat V5标准流程
hx2024的博客
08-13 1008
前面有数据的整理和创建Seurat V4数据整理，数据的获取方式一致。
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