qupath再度更新：使用WSInfer进行深度学习

已于 2024-03-30 22:37:06 修改 · 2k 阅读 · 19
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#深度学习 #人工智能 #图像处理

于 2024-03-30 22:36:02 首次发布
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Qupath软件的安装与使用
热门推荐
qq_40662074的博客
03-19 2万+
Qupath软件的安装与使用软件安装软件下载软件安装【windows版】简单使用文件打开人工标注标注导出和导入 Qupath是一款开源的医学图像标注软件，适合放射影像及数字病理切片等的查看。同时，其自带的标注功能使得医生可以直接通过该软件进行病变区域的标注和分类。跟进一步的，该软件提供groovy脚本运行接口，可供操作者编写和运行脚本，将标注信息转换为xml或者json格式的数据进行进一步的后序处...
数字病理图像分析的开源软件qupath学习 ①
hx2024的博客
12-14 7514
通过添加 3x% 强染色的肿瘤细胞核、2x% 中度染色的肿瘤细胞核和 1x% 弱染色的肿瘤细胞核来计算每个组织核心的 H 评分，给出的结果范围为 0（所有肿瘤核阴性）到 300（所有肿瘤核强阳性）。最重要的是，QuPath提供了一系列新颖的算法，不仅为病理学中常见的、具有挑战性的分析问题提供现成的、用户友好的解决方案，而且还提供了创建自定义工作流程的构建块，并将它们链接在一起，通过强大的脚本功能进行批处理。绿色表示被归类为基质的区域，深红色表示肿瘤上皮，而黄色表示其他分类的组织或空白。
QuPath学习 ② H&E scripts
hx2024的博客
12-15 3211
文献中详细介绍了处理H&E scripts的详细过程，计算H&E染色的全切片中的肿瘤基质百分比。步骤：1.将相关幻灯片添加到QuPath项目中。2.对于项目中的每张幻灯片，围绕一个有代表性的肿瘤区域绘制一个注释。3.运行“Estimate _ background _ values . groovy”来自动确定适当的“白色”值，以改进光学计算 密度。这是可选的，但可能对较暗的扫描有帮助；它预先假定背景区域在图像中的某处是可用的。
图像分割标注工具——QuPath使用说明
AI数据工厂
05-17 1万+
提供了QuPath工具的介绍，其可用于裂缝等难以人工直接标注的分割任务的数据标注。
病理AI领域必备的标注工具QuPath系列推文1：QuPath基础功能介绍｜24-08-10
罗小罗同学的博客
08-10 8491
第一篇推文将引导您完成使用QuPath的初步步骤，并介绍您开始使用时需要了解的主要功能、按钮和概念。QuPath欢迎窗口：这是用户首次启动QuPath时见到的界面，通常提供了一些基本的引导信息或快捷入口。打开整个切片图像：用户将学习如何导入并加载数字病理切片的全貌图像，这是进行图像分析的第一步。查看图像属性：了解如何查看和管理图像的基本信息，如分辨率、尺寸等，这对于后续的图像分析至关重要。在图像间导航：用户将掌握在图像上移动视图，缩放和平移等基本操作，以便更好地观察和分析图像。手动标注区域。
matlab哈密尔顿代码-QuPath_multiplex:QuPath_Multiplex
05-28
总而言之，QuPath旨在为研究人员提供一套新的工具，以对用户和开发人员友好的方式帮助进行生物图像分析。 QuPath是使用GPLv3的免费开放源代码。 要下载要安装的QuPath版本，请转到页面。 有关文档和更多信息，请参见...
精选资源
qupath-extension-tunel:QuPath扩展用于主动学习
05-08
该方法比使用标准QuPath版本的机器学习功能快得多，因为要获得相同的性能，必须注释的样本要少得多。 安装 该扩展的安装过程与其他QuPath扩展的安装过程完全相同。 用户应将.jar文件拖到QuPath主窗口上，或将其直接...
QuPath学习：H&E脚本深度解析与细胞计数实践
2. **图像分割与标记**：学习如何使用QuPath的区域分割工具，识别和标记组织结构以及免疫细胞。 3. **计数和测量**：掌握计数功能，如计数特定区域内的阳性细胞数量，以及计算密度（如每平方毫米的细胞数）。 4. *...
QuPath脚本集：图像注释导入导出解决方案
2. 导入注释到QuPath：与此相对应，也可以将ImageScope XML格式的注释文件导入到QuPath中。这使得用户可以在不同的项目或不同的分析之间重用注释，或者使用他人创建的注释。该功能对于校验、教育和协作等多种场景都...
【WSI/QuPath】如何使用QuPath导出切片（patch/tile）
Harvey的博客
11-08 4562
Qupath是病理领域常用的阅片和标注软件，本教程通过演示一个简单的QuPath支持的Groovy脚本，展示如何将高分辨率全视野切片（WSI，whole slide images）导出为不同分辨倍率下的patch（或称Tile），同时单张slide的导出平均耗时在15s以内。
【免费下载】 QuPath 安装和配置指南
gitblog_07748的博客
09-13 1784
### 项目基础介绍 QuPath 是一个开源的生物图像分析软件，主要用于数字病理学和生物图像分析。它提供了丰富的工具来注释和查看图像，包括全切片和显微镜图像。QuPath 支持明场和荧光图像分析，并包含用于细胞分割、组织微阵列解码等常见任务的新算法。此外，QuPath 还支持通过脚本进行自定义、批处理和数据查询，并易于与其他工具（如 ImageJ）集成。 ### 主要编程语言 QuPath 主...
QuPath学习④ 脚本使用
hx2024的博客
01-02 4593
介绍qupath部分函数以下是 QuPath 中一般概念的概述：您的图像可能（并且可能应该）组织在一个Project项目中的每个图像都由当您打开一个 时，您会在查看器中显示一个ImageDataImageData（例如明场、荧光）ImageType任何必需的（如果是明场）一个 ，用于访问像素和元数据A ，包含树状结构每个都包含一个和当您在 QuPath 中分析图像时，您需要从 中获取 ，访问像素，并尝试表示图像包含在 .然后，查询对象层次结构以提取某种汇总度量。
【亲测免费】 QuPath：一款强大的开源图像分析工具
gitblog_00051的博客
04-10 1776
是一个免费且开源的软件项目，专为生物医学图像分析而设计，尤其是针对显微镜下的组织病理学图像。它结合了先进的算法和直观的用户界面，旨在帮助研究人员和科学家进行精确、高效的数据分析。 ## 技术分析 QuPath 基于 Java 开发，这使得它具有跨平台的能力，可以在Windows、Mac OS X和Linux等操作系统上运行。该项目采用了模块化的设计，允许用户根据需要扩展其功能。其核心是基于图像...
QuPath病理流程学习 ③ IHC、H&E （WSI的处理）实战
hx2024的博客
12-26 6167
H&E代表了Hematoxylin and Eosin（苏木精和伊红）染色技术，而DAB代表了3,3'-Diaminobenzidine（二氨基苯基丁二酮）染色技术。H&E染色是最常用的组织染色技术之一，它使用苏木精染色细胞核（呈蓝色）和伊红染色细胞质（呈粉红色）。H&E病理切片呈现出细胞核为蓝色，细胞质为粉红色的特征，而DAB病理切片呈现出棕色或棕黑色的显色结果。这些差异使得研究人员能够利用不同的染色方式来观察和分析组织中的不同结构和分子，从而更好地理解生物学和疾病机制。
《零基础入门！手把手教你用QuPath分析空间单细胞蛋白组图像（附全流程详解）》
sh_Wayen的博客
02-26 3391
空间蛋白组技术能“看见”组织中蛋白分子的精准定位，但海量图像数据如何高效分析？QuPath——这款免费开源的病理图像分析神器，正在成为空间多组学研究的“黄金搭档”！
QuPath从源头构建实例
Xi1yang的博客
03-26 2479
进行 QuPath 开发，在官方的另一份技术文档中，他推荐使用的是eclipse，但是本人结合上面的文档使用的是IDEA。注意，先按debug之后从弹出来的框中找Edit Configurations。具体的构建有多种方式，我这里使用从IDE运行，道理和从命令行是一样的，具体参考来源官方文档。目前踩坑的记录就是java的版本一定不能低，其他的大部分按照官方文档来就行。如果您使用此方法下载代码，则应确保在继续操作之前已安装 Java JDK。java17，理论来讲大于java8即，实际应大于java18。
掌握QuPath：从零搭建专业生物图像分析平台的完整攻略
最新发布
gitblog_00134的博客
11-09 567
在数字病理学和生物医学研究中，高效处理全切片图像和复杂生物数据成为关键挑战。本文将带你从零开始，通过"功能解析→环境搭建→实战启动"三步法，掌握开源生物图像分析软件QuPath的安装配置全过程，打造属于你的专业级图像分析工作站。 ## 一、功能解析：为什么选择QuPath？ ### 核心优势解析 **1. 全切片图像智能分析引擎** 🧠 QuPath提供业界领先的全切片图像(WSI)处
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