在SimpleITK形式下，将RAS和IJK坐标系互转

我的辉

于 2022-08-30 16:39:30 发布

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分类专栏： slicer 文章标签： python 开发语言

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本文介绍如何使用Python的SimpleITK库在Slicer软件中实现从RAS坐标到像素坐标的转换方法。首先读取了nrrd格式的医学图像文件，并通过调整方向矩阵和原点坐标来适配Slicer的坐标系。接着定义了两个函数：一个用于将RAS坐标转换为IJK像素坐标，另一个则实现了逆向转换。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

参考文章slicer软件中RAS转换为像素坐标方法

import SimpleITK as sitk    
import numpy as np            

itkimage=sitk.ReadImage("MRBrainTumor1.nrrd")

#先转成list,再由list转为numpy
numpyOrigin = np.array(list(itkimage.GetOrigin()))
numpyOrigin[0]=-numpyOrigin[0]
numpyOrigin[1]=-numpyOrigin[1]


numpySpacing= np.array(list(itkimage.GetSpacing()))

numpyDirection= np.array(list(itkimage.GetDirection())).reshape(3,3)
numpyDirection[0,0]=-numpyDirection[0,0]
numpyDirection[1,1]=-numpyDirection[1,1]

def RAS_to_IJK(ras, origin, direction, spacing):
    ras = ras - origin
    ras = np.matmul(np.linalg.inv(direction), ras)
    ijk = ras / spacing

    return ijk


def IJK_to_RAS(ijk, origin, direction, spacing):

    ras = ijk * spacing
    ras = np.matmul(direction, ras)
    ras = ras + origin
    
    return ras