Slicer中编写模块-Scriptedcli

原创已于 2022-08-29 15:07:08 修改 · 207 阅读

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#python #开发语言

于 2021-03-07 17:02:41 首次发布

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这篇博客介绍了如何使用Python的SimpleITK库进行图像处理。通过编写ScriptedCLI，实现了界面交互，用户可以指定输入图像、平滑滤波的sigma值和输出文件名。示例代码展示了读取图像、应用高斯滤波和保存处理后的图像的过程。

部署运行你感兴趣的模型镜像

前言

Scriptedcli类型是python语言编写
html文件作为界面

编写界面

在这里插入图片描述

关于如何编写界面可以参考Slicer编写界面规则

在这里插入图片描述再选择图中的那个紫色XML Schema

编写处理

在testScriptedcli.py

#!/usr/bin/env python-real

import os
import sys

def main(input, sigma, output):
    
    print("=================")
    print(input)
    print(sigma)
    print(output)
     
    import SimpleITK as sitk

    reader = sitk.ImageFileReader()
    #input等于文件名字
    #通过文件的名字来读取文件
    reader.SetFileName(input)
    image = reader.Execute()

    pixelID = image.GetPixelID()

    gaussian = sitk.SmoothingRecursiveGaussianImageFilter()
    gaussian.SetSigma(sigma)
    image = gaussian.Execute(image)

    caster = sitk.CastImageFilter()
    caster.SetOutputPixelType(pixelID)
    image = caster.Execute(image)

    writer = sitk.ImageFileWriter()
    writer.SetFileName (output)
    writer.Execute (image)


if __name__ == "__main__":
    if len (sys.argv) < 4:
        print("Usage: testScriptedcli <input> <sigma> <output>")
        sys.exit (1)
    #sys.argv[1]对应的是<index>0</index>那个变量
    #sys.argv[2]对应的是<index>1</index>那个变量
    #sys.argv[3]对应的是<index>2</index>那个变量
    #在scriptedcli中，界面向算法传递变量的方法就是上面那样的
    main(sys.argv[1], float(sys.argv[2]), sys.argv[3])

实验

在这里插入图片描述可以看到print的结果是

=================
#input文件的名字
/tmp/Slicer-jack/HDIG_vtkMRMLScalarVolumeNodeB.nrrd
#sigma的值
1.7
#output文件的名字
/tmp/Slicer-jack/HDIG_vtkMRMLScalarVolumeNodeC.nrrd