几种clean data的软件用法

最新推荐文章于 2025-04-18 19:43:00 发布

huangliangbo0805

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分类专栏： RNA-seq分析

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/huangliangbo0805/article/details/41984375

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本文详细介绍了几种用于数据清洗的软件，包括FastQC、PRINSEQ、trimmomatic和cutadapt。FastQC用于质量控制，PRINSEQ进行预处理和过滤操作，trimmomatic则提供了多线程和多种修剪策略，cutadapt支持PE数据的修剪。文章中给出了具体的操作命令和应用场景。

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#几种clean data的软件用法：
==============================================================
一、read quality control and preprocessing----FastQC、PRINSEQ
1、FastQC（输入文件可以是fastq(压缩和未压缩均可)，sam、bam文件。）
fastqc *.fq

2、PRINSEQ(耗时！)
#In order to create an html report, you need two commands.
#step 1、生成一个临时的graph文件：
prinseq-lite.pl -fastq Xoo-wild_1.fq -phred64 -out_good null -out_bad null -graph_data graph
#step 2、生成图形
prinseq-graphs.pl -i graph -html_all -o QCreport

二、过滤软件---PRINSEQ、trimmomatic、Fastx-tools、Cutadapt
1、PRINSEQ（可处理PE）
#过滤掉PE中平均质量低于20的reads命令：
prinseq-lite.pl -f